第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)-資料下載頁
【導(dǎo)讀】蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要有兩大類方法：。映射模型直接從氨基酸序列預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)。判斷每一段中心的殘基是否處于?二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法大體分為三代：。從有限的數(shù)據(jù)集中提取各種殘基形成特定二級(jí)結(jié)構(gòu)的。統(tǒng)計(jì)的對(duì)象是氨基酸片段。片段的長(zhǎng)度通常為11-21. 在預(yù)測(cè)中心殘基的二級(jí)結(jié)構(gòu)時(shí)，以殘基在特定環(huán)境形。這些算法可以歸為幾類：。第一代和第二代預(yù)測(cè)方法對(duì)三態(tài)預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確。折疊預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率僅為。蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的組成規(guī)律性比較強(qiáng)。三種基本二級(jí)結(jié)構(gòu)平均占氨基酸殘基的。–有些蛋白質(zhì)中含有大量的?–而一些蛋白質(zhì)中則不含或者僅含很少的?Pro也常出現(xiàn)在轉(zhuǎn)角中，但是絕不會(huì)出現(xiàn)在?通過統(tǒng)計(jì)分析，獲得的每個(gè)殘基出現(xiàn)。用這些傾向性因子預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)。Ti是所有被統(tǒng)計(jì)殘基處于構(gòu)象態(tài)i的比例；位點(diǎn)和終止位點(diǎn)。掃描輸入的氨基酸序列，利用一組規(guī)則發(fā)現(xiàn)可能成。將螺旋兩端各去掉3個(gè)殘基。則認(rèn)為是折疊核。GOR將蛋白質(zhì)序列當(dāng)作一連串的信息值來處。若R的發(fā)生有利于S的發(fā)生，則I(S;R)>0
【正文】 ， 201， 205， 217， 219， 237。 ? β折疊的特征模式： 由連續(xù)的 1或交替的 01構(gòu)成。 疏水性定量計(jì)算 (4) 同源分析法 ? 將待預(yù)測(cè)的片段與數(shù)據(jù)庫中已知二級(jí)結(jié)構(gòu)的片段進(jìn)行相似性比較，利用打分矩陣計(jì)算出相似性得分，根據(jù)相似性得分以及數(shù)據(jù)庫中的構(gòu)象態(tài)，構(gòu)建出待預(yù)測(cè)片段的二級(jí)結(jié)構(gòu)。 ? 該方法對(duì)數(shù)據(jù)庫中同源序列的存在非常敏感，若數(shù)據(jù)庫中有相似性大于 30%的序列，則預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率可大大上升。 假設(shè)已知二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片段 T=STNGIYW T的二級(jí)結(jié)構(gòu)為 CHHHHHT H代表 ?螺旋， T代表轉(zhuǎn)角， C代表無規(guī)卷曲 待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸片段 U=ATSGVFL 序列比對(duì)： T = S T N G I Y W U = A T S G V F L 直接將 T的構(gòu)象態(tài)賦予 U ? 更為合理的方法： 是將待預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì) U與多個(gè)同源序列進(jìn)行多重比對(duì)，對(duì)于 U的每個(gè)殘基位置，其構(gòu)象態(tài)由多個(gè)同源序列對(duì)應(yīng)位置的構(gòu)象態(tài)決定，或取出現(xiàn)次數(shù)最多的構(gòu)象態(tài)，或?qū)Ω鞣N可能的構(gòu)象態(tài)給出得分值。 (5) 人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法 (6) 綜合方法 ? 綜合方法不僅包括各種預(yù)測(cè)方法的綜合，而且也包括結(jié)構(gòu)實(shí)驗(yàn)結(jié)果、序列對(duì)比結(jié)果、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類預(yù)測(cè)結(jié)果等信息的綜合。 –多個(gè)程序同時(shí)預(yù)測(cè)，綜合評(píng)判 ?一致結(jié)果 –序列比對(duì)與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) –雙重預(yù)測(cè) 首先預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)類型 然后再預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu) 利用進(jìn)化信息預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu) ? 蛋白質(zhì)序列家族中氨基酸的替換模式是高度特異的，如何利用這樣的進(jìn)化信息是二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的關(guān)鍵。 ? 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件系統(tǒng) PHD –第一步工作是形成同源序列的多重對(duì)比排列 –第二步工作是將得到的多重比對(duì)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果送到一個(gè)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中計(jì)算。 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè) ? RNA的結(jié)構(gòu)可以分為三個(gè)層次 – 一級(jí)結(jié)構(gòu) – 二級(jí)結(jié)構(gòu) – 空間結(jié)構(gòu) ? ＲＮＡ二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)方法 –點(diǎn)矩陣法作圖 –動(dòng)態(tài)規(guī)劃法 –最大匹配法 –最小自由能法等。 第三節(jié) 二維結(jié)構(gòu)中的預(yù)測(cè) 殘基之間的距離 ? 只要給出所有殘基之間的距離，就可以利用距離幾何或分子動(dòng)力學(xué)方法構(gòu)建蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。 ? 預(yù)測(cè)殘基之間距離
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