第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測-閱讀頁
2024-11-06 12:50本頁面
【正文】 化性質(zhì)對二級結(jié)構(gòu)影響較大 ? 在進行結(jié)構(gòu)預(yù)測時考慮氨基酸殘基的物理化學(xué)性質(zhì) – 如疏水性、極性、側(cè)鏈基團的大小等，根據(jù)殘基各方面的性質(zhì)及殘基之間的組合預(yù)測可能形成的二級結(jié)構(gòu)。 α螺旋的形成規(guī)律： ?在一段序列中發(fā)現(xiàn)第 i、 i+ i+4位（如 5）是疏水殘基時，這一片段就被預(yù)測為 α螺旋； ? 當發(fā)現(xiàn)第 i、 i+ i+4位（如 7， 8， 11）為疏水殘基時，這一片段也被預(yù)測為 α螺旋。 ?原則上，通過在序列中搜尋特殊的親疏水殘基間隔模式，就可以預(yù)測 α螺旋和 β折疊。 這樣，八殘基片段的親疏水模式可用 0?255的數(shù)值來表示 ? α螺旋的特征模式對應(yīng)的值為： 9， 12， 13， 17， …… ， 201， 205， 217， 219， 237。 疏水性定量計算 (4) 同源分析法 ? 將待預(yù)測的片段與數(shù)據(jù)庫中已知二級結(jié)構(gòu)的片段進行相似性比較，利用打分矩陣計算出相似性得分，根據(jù)相似性得分以及數(shù)據(jù)庫中的構(gòu)象態(tài)，構(gòu)建出待預(yù)測片段的二級結(jié)構(gòu)。 假設(shè)已知二級結(jié)構(gòu)的氨基酸片段 T=STNGIYW T的二級結(jié)構(gòu)為 CHHHHHT H代表 ?螺旋， T代表轉(zhuǎn)角， C代表無規(guī)卷曲 待預(yù)測二級結(jié)構(gòu)的氨基酸片段 U=ATSGVFL 序列比對： T = S T N G I Y W U = A T S G V F L 直接將 T的構(gòu)象態(tài)賦予 U ? 更為合理的方法： 是將待預(yù)測二級結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì) U與多個同源序列進行多重比對，對于 U的每個殘基位置，其構(gòu)象態(tài)由多個同源序列對應(yīng)位置的構(gòu)象態(tài)決定，或取出現(xiàn)次數(shù)最多的構(gòu)象態(tài)，或?qū)Ω鞣N可能的構(gòu)象態(tài)給出得分值。 –多個程序同時預(yù)測，綜合評判 ?一致結(jié)果 –序列比對與二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 –雙重預(yù)測 首先預(yù)測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)類型 然后再預(yù)測二級結(jié)構(gòu) 利用進化信息預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu) ? 蛋白質(zhì)序列家族中氨基酸的替換模式是高度特異的，如何利用這樣的進化信息是二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的關(guān)鍵。 RNA二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測 ? RNA的結(jié)構(gòu)可以分為三個層次 – 一級結(jié)構(gòu) – 二級結(jié)構(gòu) – 空間結(jié)構(gòu) ? ＲＮＡ二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測方法 –點矩陣法作圖 –動態(tài)規(guī)劃法 –最大匹配法 –最小自由能法等。 ? 預(yù)測殘基之間距離
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