第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(存儲(chǔ)版)
【正文】 式 ? 以一個(gè)二進(jìn)制位代表一個(gè)殘基，疏水為 1，親水為 0，共八位。 ? 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件系統(tǒng) PHD –第一步工作是形成同源序列的多重對(duì)比排列 –第二步工作是將得到的多重比對(duì)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果送到一個(gè)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中計(jì)算。 (5) 人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法 (6) 綜合方法 ? 綜合方法不僅包括各種預(yù)測方法的綜合，而且也包括結(jié)構(gòu)實(shí)驗(yàn)結(jié)果、序列對(duì)比結(jié)果、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類預(yù)測結(jié)果等信息的綜合。 對(duì)于 β折疊的形成規(guī)律： ? 對(duì)于 β折疊，也存在著一些特征的親疏水殘基間隔模式，埋藏的 β折疊通常由連續(xù)的疏水殘基組成，一側(cè)暴露的 β折疊則通常具有親水 疏水的兩殘基重復(fù)模式。 可得： 390/150390/2401830/10501830/780,39。 54321 ????? ????? jjjj ffff (iv) 重疊規(guī)則 ? 對(duì)于螺旋和折疊的重疊區(qū)域，按 {Pa}和 {P?}的相對(duì)大小進(jìn)行預(yù)測 ? 若 {Pa}大于 {P?}，則預(yù)測為螺旋； ? 反之，預(yù)測為折疊。 ? 規(guī)則： – （ i） α螺旋規(guī)則 – （ ii） β折疊規(guī)則 – （ iii）轉(zhuǎn)角規(guī)則 – (iv) 重疊規(guī)則 延伸 成核區(qū) 延伸 （ i） α螺旋規(guī)則 ? 沿蛋白質(zhì)序列尋找 α螺旋核 –相鄰的 6個(gè)殘基中如果有至少 4個(gè)殘基傾向于形成α螺旋，則認(rèn)為是螺旋核。 –包括： ? 經(jīng)驗(yàn)性方法 ? 結(jié)構(gòu)規(guī)律提取方法 ? 同源模型化方法 第二節(jié) 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測 蛋白質(zhì) 序列： ↓ 二級(jí)結(jié)構(gòu)： 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測 蛋白質(zhì) 序列： 二級(jí)結(jié)構(gòu)： QLMGERIRARRKKLK → STHHHHHHHHHHHHT 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測概述 –蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測的基本依據(jù)是： 每一段相鄰的氨基酸殘基具有形成一定二級(jí)結(jié)構(gòu)的傾向。 –第二代預(yù)測方法是基于氨基酸片段的統(tǒng)計(jì)分析 ? 統(tǒng)計(jì)的對(duì)象是氨基酸片段 ? 片段的長度通常為 1121 ? 片段體現(xiàn)了中心殘基所處的環(huán)境 ? 在預(yù)測中心殘基的二級(jí)結(jié)構(gòu)時(shí)，以殘基在特定環(huán)境形成特定二級(jí)結(jié)構(gòu)的傾向作為預(yù)測依據(jù) ? 這些算法可以歸為幾類： （ 1）基于統(tǒng)計(jì)信息 （ 2）基
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