第七章蛋白質結構預測-文庫吧在線文庫
【正文】 于物理化學性質 （ 3）基于序列模式 （ 4）基于多層神經(jīng)網(wǎng)絡 （ 5）基于多元統(tǒng)計 （ 6）基于機器學習的專家規(guī)則 （ 7）最鄰近算法 ? 第一代和第二代預測方法對三態(tài)預測的準確率都小于 70%，而對 ?折疊預測的準確率僅為28?48% –其主要原因是只利用局部信息 ? 第三代方法（考慮多條序列） –運用長程信息和蛋白質序列的進化信息 –準確度有了比較大的提高 蛋白質二級結構預測方法 (1) 經(jīng)驗參數(shù)法 ? 蛋白質二級結構的組成規(guī)律性比較強 ? 三種基本二級結構平均占氨基酸殘基的85% ? 各種二級結構非均勻地分布在蛋白質中 –有些蛋白質中含有大量的 ?螺旋 ? 如血紅蛋白和肌紅蛋白 –而一些蛋白質中則不含或者僅含很少的 ?螺旋 ? 如鐵氧蛋白 –有些蛋白質的二級結構以 ?折疊為主 ? 如免疫球蛋白 例：肽鏈 Ala(A)Glu(E)Leu(L)Met(M) 傾向于形成 ?螺旋 肽鏈 Pro(P)Gly(G)Tyr(Y)Ser(S)則不會形成 ?螺旋 ? 每種氨基酸出現(xiàn)在各種二級結構中傾向或者頻率是不同的 例如： Glu主要出現(xiàn)在 ?螺旋中 Asp和 Gly主要分布在轉角中 Pro也常出現(xiàn)在轉角中，但是絕不會出現(xiàn)在 ?螺旋中 ? 可以根據(jù)每種氨基酸殘基形成二級結構的傾向性或者統(tǒng)計規(guī)律進行二級結構預測 ? 經(jīng)驗參數(shù)法 由 Chou 和 Fasman在 70年代提出來 ? 是一種基于單個氨基酸殘基統(tǒng)計的經(jīng)驗預測方法。 延伸 螺旋核 延伸 （ ii） β折疊規(guī)則 ? 相鄰 6個殘基中若有 4個傾向于形成 β折疊，則認為是折疊核。 R)0 ? 若 R的發(fā)生不利于 S的發(fā)生，則 I(S。( 39。 這樣，八殘基片段的親疏水模式可用 0?255的數(shù)值來表示 ? α螺旋的特征模式對應的值為： 9， 12， 13， 17， …… ， 201， 205， 217， 219， 237。 RNA二級結構的預測 ? RNA的結構可以分為三個層次 – 一級結構 – 二級結構 – 空間結構 ? ＲＮＡ二級結構的預測方法 –點矩陣法作圖 –動態(tài)規(guī)劃法 –最大匹配法
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