第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)(已修改)
2024-11-02 12:50 本頁面
【正文】 第七章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 主講人：孫 嘯 制作人 : 劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實(shí)驗(yàn)室 第一節(jié) 引言 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題 序列 ——結(jié)構(gòu) ——功能 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION 結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ? 解決方法 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ！ 尋找一種從蛋白質(zhì)的氨基酸線性序列到蛋白質(zhì)所有原子三維坐標(biāo)的一種映射 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要有兩大類方法： （ 1）理論分析方法 –通過理論計(jì)算（如分子力學(xué)、分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算）進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。 （ 2）統(tǒng)計(jì)的方法 –對(duì)已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，建立序列到結(jié)構(gòu)的映射模型，進(jìn)而對(duì)未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)根據(jù)映射模型直接從氨基酸序列預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)。 –包括： ? 經(jīng)驗(yàn)性方法 ? 結(jié)構(gòu)規(guī)律提取方法 ? 同源模型化方法 第二節(jié) 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì) 序列： ↓ 二級(jí)結(jié)構(gòu)： 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì) 序列： 二級(jí)結(jié)構(gòu)： QLMGERIRARRKKLK → STHHHHHHHHHHHHT 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)概述 –蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的基本依據(jù)是： 每一段相鄰的氨基酸殘基具有形成一定二級(jí)結(jié)構(gòu)的傾向。 –二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題是模式分類問題 –二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的目標(biāo)： ? 判斷每一段中心的殘基是否處于 ?螺旋、 ?折疊、轉(zhuǎn)角（或其它狀態(tài)）之一的二級(jí)結(jié)構(gòu)態(tài)，即三態(tài)。 基本策略（ 1） 相似序列 → 相似結(jié)構(gòu) QLMGERIRARRKKLK QLMGAERIRARRKKLK 結(jié)構(gòu)？ 基本策略（ 2） 分類分析 α 螺旋 提取樣本 聚類分析 學(xué)習(xí)分類規(guī)則 預(yù)測(cè) …. GlyAlaGluPhe…. ? 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法大體分為三代： –第一代是基于單個(gè)氨基酸殘基統(tǒng)計(jì)分析 ? 從有限的數(shù)據(jù)集中提取各種殘基形成特定二級(jí)結(jié)構(gòu)的傾向，以此作為二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的依據(jù)。 –第二代預(yù)測(cè)方法是基于氨基酸片段的統(tǒng)計(jì)分析 ? 統(tǒng)計(jì)的對(duì)象是氨基酸片段 ? 片段的長(zhǎng)度通常為 1121 ? 片段體現(xiàn)了中心殘基所處的環(huán)境 ? 在預(yù)
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