第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)-全文預(yù)覽
【正文】 以一個(gè)二進(jìn)制位代表一個(gè)殘基，疏水為 1，親水為 0，共八位。 ? “疏水性”是氨基酸的一種重要性質(zhì)，疏水性的氨基酸傾向于遠(yuǎn)離周?chē)肿?，將自己包埋進(jìn)蛋白質(zhì)的內(nèi)部。????AHAHHHffff))1830/780/()1830/1050l o g ( ())390/150/()390/240l o g ( ()/l o g (/l o g ()。 R)在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的含義 –R代表中心氨基酸及其所處環(huán)境 –S代表二級(jí)結(jié)構(gòu)類型 –I(S。 R)=0 ? 若 R的發(fā)生有利于 S的發(fā)生，則 I(S。 （ iii）轉(zhuǎn)角規(guī)則 ? 轉(zhuǎn)角的模型為四肽 四肽片段 Pt的平均值大于 100，并且 Pt 的均值同時(shí)大于 P? 的均值以及 P? 的均值，則可以預(yù)測(cè)這樣連續(xù)的 4個(gè)殘基形成轉(zhuǎn)角。 ? 將螺旋兩端各去掉 3個(gè)殘基 –剩余部分若長(zhǎng)于 6個(gè)殘基，而且 {P?} ，則預(yù)測(cè)為螺旋。 發(fā)現(xiàn)關(guān)于二級(jí)結(jié)構(gòu)的經(jīng)驗(yàn)規(guī)則 基本思想是在序列中尋找規(guī)則二級(jí)結(jié)構(gòu)的成核位點(diǎn)和終止位點(diǎn)。 基本策略（ 1） 相似序列 → 相似結(jié)構(gòu) QLMGERIRARRKKLK QLMGAERIRARRKKLK 結(jié)構(gòu)？ 基本策略（ 2） 分類分析 α 螺旋 提取樣本 聚類分析 學(xué)習(xí)分類規(guī)則 預(yù)測(cè) …. GlyAlaGluPhe…. ? 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法大體分為三代： –第一代是基于單個(gè)氨基酸殘基統(tǒng)計(jì)分析 ? 從有限的數(shù)據(jù)集中提取各種殘基形成特定二級(jí)結(jié)構(gòu)的傾向，以此作為二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的依據(jù)。第七章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 主講人：孫 嘯 制作人 : 劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實(shí)驗(yàn)室 第一節(jié) 引言 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問(wèn)題 序列 ——結(jié)構(gòu) ——功能 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION 結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問(wèn)題 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ? 解決方法 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ！ 尋找一種從蛋白質(zhì)的氨基酸線性序列到蛋白質(zhì)所有原子三維坐標(biāo)的一種映射 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要有兩大類方法： （ 1）理論分析方法 –通過(guò)理論計(jì)算（如分子力學(xué)、分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算）進(jìn)行
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