第七章蛋白質結構預測-全文預覽
【正文】 以一個二進制位代表一個殘基，疏水為 1，親水為 0，共八位。 ? “疏水性”是氨基酸的一種重要性質，疏水性的氨基酸傾向于遠離周圍水分子，將自己包埋進蛋白質的內部。????AHAHHHffff))1830/780/()1830/1050l o g ( ())390/150/()390/240l o g ( ()/l o g (/l o g ()。 R)在二級結構預測中的含義 –R代表中心氨基酸及其所處環(huán)境 –S代表二級結構類型 –I(S。 R)=0 ? 若 R的發(fā)生有利于 S的發(fā)生，則 I(S。 （ iii）轉角規(guī)則 ? 轉角的模型為四肽 四肽片段 Pt的平均值大于 100，并且 Pt 的均值同時大于 P? 的均值以及 P? 的均值，則可以預測這樣連續(xù)的 4個殘基形成轉角。 ? 將螺旋兩端各去掉 3個殘基 –剩余部分若長于 6個殘基，而且 {P?} ，則預測為螺旋。 發(fā)現(xiàn)關于二級結構的經(jīng)驗規(guī)則 基本思想是在序列中尋找規(guī)則二級結構的成核位點和終止位點。 基本策略（ 1） 相似序列 → 相似結構 QLMGERIRARRKKLK QLMGAERIRARRKKLK 結構？ 基本策略（ 2） 分類分析 α 螺旋 提取樣本 聚類分析 學習分類規(guī)則 預測 …. GlyAlaGluPhe…. ? 二級結構預測的方法大體分為三代： –第一代是基于單個氨基酸殘基統(tǒng)計分析 ? 從有限的數(shù)據(jù)集中提取各種殘基形成特定二級結構的傾向，以此作為二級結構預測的依據(jù)。第七章 蛋白質結構預測 主講人：孫 嘯 制作人 : 劉志華 東南大學 吳健雄實驗室 第一節(jié) 引言 ? 蛋白質結構預測問題 序列 ——結構 ——功能 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION 結構預測問題 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ? 解決方法 …. GlyAlaGluPhe…. FUNCTION ！ 尋找一種從蛋白質的氨基酸線性序列到蛋白質所有原子三維坐標的一種映射 ? 蛋白質結構預測主要有兩大類方法： （ 1）理論分析方法 –通過理論計算（如分子力學、分子動力學計算）進行
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