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正文內(nèi)容

第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)(編輯修改稿)

2024-11-22 12:50 本頁面
 

【文章內(nèi)容簡介】 級(jí)結(jié)構(gòu)的成核位點(diǎn)和終止位點(diǎn)。 ? 掃描輸入的氨基酸序列,利用一組規(guī)則發(fā)現(xiàn)可能成為特定二級(jí)結(jié)構(gòu)成核區(qū)域的短序列,然后對(duì)于成核區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)展,不斷擴(kuò)大成核區(qū)域,直到傾向性因子小于 。 ? 規(guī)則: – ( i) α螺旋規(guī)則 – ( ii) β折疊規(guī)則 – ( iii)轉(zhuǎn)角規(guī)則 – (iv) 重疊規(guī)則 延伸 成核區(qū) 延伸 ( i) α螺旋規(guī)則 ? 沿蛋白質(zhì)序列尋找 α螺旋核 –相鄰的 6個(gè)殘基中如果有至少 4個(gè)殘基傾向于形成α螺旋,則認(rèn)為是螺旋核。 ? 從螺旋核向兩端延伸 –直至四肽片段的 α螺旋傾向性因子的平均值{P?}。 ? 將螺旋兩端各去掉 3個(gè)殘基 –剩余部分若長于 6個(gè)殘基,而且 {P?} ,則預(yù)測(cè)為螺旋。 延伸 螺旋核 延伸 ( ii) β折疊規(guī)則 ? 相鄰 6個(gè)殘基中若有 4個(gè)傾向于形成 β折疊,則認(rèn)為是折疊核。 ? 折疊核向兩端延伸直至 4個(gè)殘基的平均折疊傾向性因子 {P?}。 ? 若延伸后的片段的 {P?},則預(yù)測(cè)為 β折疊。 ( iii)轉(zhuǎn)角規(guī)則 ? 轉(zhuǎn)角的模型為四肽 四肽片段 Pt的平均值大于 100,并且 Pt 的均值同時(shí)大于 P? 的均值以及 P? 的均值,則可以預(yù)測(cè)這樣連續(xù)的 4個(gè)殘基形成轉(zhuǎn)角。 則可以預(yù)測(cè)這樣連續(xù)的 4個(gè)氨基酸形成轉(zhuǎn)角。 54321 ????? ????? jjjj ffff (iv) 重疊規(guī)則 ? 對(duì)于螺旋和折疊的重疊區(qū)域,按 {Pa}和 {P?}的相對(duì)大小進(jìn)行預(yù)測(cè) ? 若 {Pa}大于 {P?},則預(yù)測(cè)為螺旋; ? 反之,預(yù)測(cè)為折疊。 (2) GOR方法 ? 是一種基于信息論和貝葉斯統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法 ? GOR將蛋白質(zhì)序列當(dāng)作一連串的信息值來處理 ? GOR方法不僅考慮被預(yù)測(cè)位置本身氨基酸殘基種類的影響,而且考慮相鄰殘基種類對(duì)該位置構(gòu)象的影響 序列窗口 中心殘基 窗口中各個(gè)殘基對(duì)中心殘基二級(jí)結(jié)構(gòu)的支持程度 兩個(gè)事件 S和 R的條件概率 P(S|R) 即在 R發(fā)生的條件下, S發(fā)生的概率 定義信息為: ? 若 S和 R無關(guān),則 I(S。 R)=0 ? 若 R的發(fā)生有利于 S的發(fā)生,則 I(S。 R
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