實驗四蛋白質序列、結構的獲取和顯示-資料下載頁
2025-08-05 05:29本頁面
【正文】 分 16 “ ATOM 或 HETATM” 711 原子序列號 1316 原子名稱 1820 殘基名 22 鏈標識符 2326 殘基序列號 3138 X坐標 3946 Y坐標 4754 Z坐標 5560 位置 6166 溫度因子 7980 原子帶的電荷 7778 元素符號 三 結構顯示軟件 PyMOL簡介 All指所有的對象， 3ODU指剛才打開的文件， (sele)是選擇的對象 按鈕 A:代表對這個對象的各種action， S：顯示這個對象的某種樣式， H：隱藏某種樣式， L：顯示某種 label， C：顯示的顏色 點擊 all中的 H，選擇 everything，隱藏所有 點擊 3ODU中的 S，選擇 cartoon，以 cartoon形式顯示蛋白質 點擊 3ODU 中的 C ， 選擇 by ss ， 以二級結構分配顏色， 選擇 點擊右下角的 S，窗口上面出現蛋白質氨基酸序列，找到 1164位 ITD，是配體 點擊選擇 ITD ，此時 sele中就包含 ITD這個殘基，點擊（ sele）行的 A，選擇rename selection，窗口中出現 更改 sele為 IDT，點擊（ IDT）行的 S選擇 sticks，點擊 C，選擇 by element，選擇，調整窗口使此分子清楚顯示。 IDT行點擊 A 選擇 find，選擇 polar contacts，再根據需要選擇，這里選擇 to other atoms in object ,分子顯示窗口中出現幾個黃色的虛線，這就是氫鍵的對象，點擊這一行的 C，選擇 red，把氫鍵顯示為紅色。 接著再顯示跟 IDT形成氫鍵的殘基 點擊 3ODU行的 S，選擇 lines，顯示出所有殘基的側鏈，使用鼠標轉動蛋白質尋找與 IDT以紅色虛線相連的殘基，分別點擊選擇這些殘基。注意此時 selecting 要是 residures 55 3. 在 PDB結構數據庫中查詢 （ 1） 擬南芥茉莉酸受體 、（ 2） 擬南芥油菜素內酯受體 、 （ 3） 水稻獨角金內酯水解酶的結構 ， 每個蛋白共搜索到幾個 PDB結構 ？用 Pymol軟件觀察下載到的結構 ， 對每個蛋白的幾個結構有何區(qū)別 ？ 4. 利用 Pymol， 做出擬南芥茉莉酸受體與茉莉酸結合的作用圖 ， 背景白色 ， 分子顯示成棍狀模型 ， 蛋白顯示為 cartoon模型 。 作 業(yè) 實驗報告 ? 到網絡教學平臺 基因與蛋白質組學數據分析B2100029教學材料 實驗課件 ? 下載基因與蛋白質組學數據分析實驗報告模版 ? 將上述問題答案整理到實驗報告中，正反打印放在1張紙上（ 不超過 1張 ），下次實驗課上交。 56 復旦大學 謝謝大家！
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