實驗四蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)的獲取和顯示(參考版)
2025-08-08 05:29本頁面
【正文】 56 復(fù)旦大學(xué) 謝謝大家！ 。注意此時 selecting 要是 residures 55 3. 在 PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中查詢 （ 1） 擬南芥茉莉酸受體 、（ 2） 擬南芥油菜素內(nèi)酯受體 、 （ 3） 水稻獨(dú)角金內(nèi)酯水解酶的結(jié)構(gòu) ， 每個蛋白共搜索到幾個 PDB結(jié)構(gòu) ？用 Pymol軟件觀察下載到的結(jié)構(gòu) ， 對每個蛋白的幾個結(jié)構(gòu)有何區(qū)別 ？ 4. 利用 Pymol， 做出擬南芥茉莉酸受體與茉莉酸結(jié)合的作用圖 ， 背景白色 ， 分子顯示成棍狀模型 ， 蛋白顯示為 cartoon模型 。 IDT行點擊 A 選擇 find，選擇 polar contacts，再根據(jù)需要選擇，這里選擇 to other atoms in object ,分子顯示窗口中出現(xiàn)幾個黃色的虛線，這就是氫鍵的對象，點擊這一行的 C，選擇 red，把氫鍵顯示為紅色。 在 PDB文件中 ， 以關(guān)鍵字 SEQRES作為顯式序列標(biāo)記 ， 以該關(guān)鍵字打頭的每一行都是關(guān)于序列的信息； PDB的隱式序列即為立體化學(xué)數(shù)據(jù) ， 包括每個原子的名稱和原子的三維坐標(biāo) 。 第三步：觀察數(shù)據(jù)信息 1XKI 第四步： 1XKI結(jié)構(gòu)展示圖 下載 PDB結(jié)構(gòu)文件 PDB中對于每一個結(jié)構(gòu)記錄 ， 包含名稱 、 參考文獻(xiàn) 、 序列 、 一級結(jié)構(gòu) 、 二級結(jié)構(gòu)和原子坐標(biāo)等信息 。 (4)回到 Summary標(biāo)簽，在右側(cè)的 Biological Assembly區(qū)域可以觀察蛋白的三維結(jié)構(gòu)。 第一步： 輸入關(guān)鍵字 “ HUMAN TEAR LIPOCALIN” 也可輸入 ID號 第二步： 選擇人類淚液載脂蛋白 1XKI 數(shù)據(jù)查看： (3)分別單擊標(biāo)簽 3D view， Sequence， Annotations，, 3D Similarity, Literature, Biol.amp。 PDB和它的鏡像站點提供每個 PDB記錄的查詢 ， 可按一些專門的查詢項目 （ 如提交數(shù)據(jù) 、 作者姓名 、 結(jié)構(gòu)表達(dá) ） 進(jìn)行檢索 。 截止 2022年 11月， PDB數(shù)據(jù)庫已含有95644 個結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，其中約 %是蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。 通過實驗 （ X射線晶體衍射 ， 核磁共振 ，電子顯微鏡方法等 ） 測定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu) 。 PDB數(shù)據(jù)庫 ( protein data bank ) 1. 簡介 美國 Brookhaven實驗室 1971年建立的 大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 PDB 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫 (Protein Data Bank)。 2. 在 Uniprot中查詢 （ 1） 擬南芥 油菜素內(nèi)酯受體gibberellin receptor GID1C 、 （ 2） 水稻 獨(dú)角金內(nèi)酯水解酶 strigolacton
范文總結(jié)相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1