全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)分析-資料下載頁(yè)
2025-06-25 04:23本頁(yè)面
【正文】 影響的網(wǎng)絡(luò)子結(jié)構(gòu)進(jìn)行功能注釋分析和聚類富分析。我們采用網(wǎng)絡(luò)分析算法對(duì)由于各種突變所受到影響的子網(wǎng)絡(luò)（subnetwork）進(jìn)行功能富集度的分析；(10). 順式基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模塊（CRM）分析(a) 啟動(dòng)子序列分析包括動(dòng)子區(qū)域上的Motif預(yù)測(cè)，并與已知轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)TRANSFAC和JASPAR中的TFBS結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行比對(duì)；啟動(dòng)子區(qū)域上保守性分析，分析突變位置和保守性區(qū)域的關(guān)聯(lián)；(b) 計(jì)算全基因組保守性。確定TFBS的保守性以及mutation位置的保守性；（11）重排（arrangements）與突變（mutation）的全基因組統(tǒng)計(jì)（a）. 體細(xì)胞(somatic)和生殖系（germline）重排（arrangements）體細(xì)胞突變是相對(duì)于germ line 突變的一類需要重要分析的內(nèi)容，我們針對(duì)Casecontrol設(shè)計(jì)的測(cè)序方案可以分別分析突變的情況，包括SNV，indel，以及CNV；如果僅在tumor/disease(Case組)出現(xiàn)而不在normal（對(duì)照組）出現(xiàn)的突變我們可以認(rèn)為是somatic體細(xì)胞突變。將somatic mutation 與dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)可以發(fā)現(xiàn)潛在的全新的突變和有記錄的突變位置。然后，將突變分別比對(duì)到基因區(qū)域和非基因區(qū)域?；騾^(qū)域具體包括：內(nèi)含子區(qū)，UTR，剪接位點(diǎn)區(qū)和外顯子區(qū)。其中外顯子區(qū)分別統(tǒng)計(jì)：同義（synonymous），缺失（deletion），閱讀框移位（frameshift），插入（insertion）,錯(cuò)義（missense）,無(wú)義（nonsense）以及非編碼蛋白外顯子（nonprotein coding exon）等不同類型。綜合不同方面分析的結(jié)果，并按照突變分類給出各重排(arrangements)類型：SNV，CNV的數(shù)目統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)表（參見(jiàn)下圖） 。對(duì)每一測(cè)序樣本分別進(jìn)行標(biāo)注，包括體細(xì)胞突變和生殖系突變。（b） 全基因組全局重排分布特征分析主要將（a）染色體間和染色體內(nèi)部的結(jié)構(gòu)變異，（b）雜合體缺失（LOH）與等位基因不平衡的狀況，（c）拷貝數(shù)變異（增益或者缺失）以及高可信度的SNV（在1Mb間隔區(qū)間統(tǒng)計(jì)）等不同情況配合染色體核型在環(huán)狀圖的不同層次上分別的表示出來(lái)（參見(jiàn)下圖例對(duì)應(yīng)ad）(c) 單核苷酸突變趨勢(shì)與模式分析分別統(tǒng)計(jì)在體細(xì)胞和生殖系細(xì)胞水平上的transversion的主要形式與各自所占比重（a）；如果有表達(dá)譜數(shù)據(jù)，可以分析表達(dá)基因與非表達(dá)基因所分別具有的突變重排數(shù)目或者種類（b）；轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游區(qū)域的體細(xì)胞變異，生殖系germline變異以及隨機(jī)變異的各自數(shù)目統(tǒng)計(jì)（c）和已知210種的不同腫瘤疾病的突變譜進(jìn)行比較.11自然選擇分析我們通過(guò)測(cè)序所觀測(cè)到的體細(xì)胞突變可能是經(jīng)歷了復(fù)雜的過(guò)程所成的。因此，我們?cè)谘芯窟@些突變的起源，突變?nèi)绾问艿紻NA修復(fù)機(jī)制的影響，以及在疾病發(fā)展與進(jìn)化過(guò)程中突變的規(guī)律方面需要做深入的分析。自然選擇一般在兩個(gè)方面發(fā)揮作用，即保留有利于疾病發(fā)展進(jìn)化的突變的同時(shí)限制其在基因組中重要功能區(qū)域發(fā)生突變，例如轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域和編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域。因此，（1）如果實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是將primary disease與normal control做比較的話，系統(tǒng)的分析可以解析復(fù)雜疾病在形成突變過(guò)程中可能的機(jī)制和自然選擇的因素。（2）如果實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是基于病灶及其轉(zhuǎn)移位置或者鄰接位置樣本作測(cè)序，我們可以構(gòu)建突變進(jìn)化與轉(zhuǎn)移的模型解析突變的動(dòng)態(tài)模式和基因組中不穩(wěn)定態(tài)變異的模式。正向選擇的判定:分析SNP，SNV區(qū)域的正向選擇趨勢(shì)，在進(jìn)化和群體遺傳水平解釋SNV，SNP的功能性；對(duì)待control與case 組樣本,我們分別采用不同統(tǒng)計(jì)算法計(jì)算SNP，CNV在各自樣本中的差異，進(jìn)而從中發(fā)現(xiàn)具有正向選擇特征的SV。
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