腫瘤基因組和基因芯-資料下載頁
2025-04-30 07:24本頁面
【正文】 enoptimized primer assays for a thoroughly researched panel of relevant, pathway or diseasefocused genes. PCR Arrays can also be customized to contain a panel of genes tailored to your specific research interests. 比較基因組雜交芯片 CGH array 雜合性缺失（ loss of heterozygosity） ? 雜合性指同源染色體中不同等位基因存在于一個或多個基因位點(diǎn)中的現(xiàn)象；野生型拷貝或等位基因發(fā)生缺失就稱為雜合性缺失（ LOH）， LOH通常是由染色體缺失或重組引起。絕大多數(shù)人類腫瘤都存在非隨機(jī)性的染色體片段丟失。雜合性缺失在腫瘤細(xì)胞中是一種非常常見的 DNA變異。 ? 腫瘤中存在基因的擴(kuò)增 ? 通過比較腫瘤組織與體細(xì)胞組織中野生型和突變 DNA的比值可以檢測 LOH以及基因的擴(kuò)增； 比較基因組雜交（ parative genomic hybridization， CGH ） ? 一種分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)，能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是 采用經(jīng)過熒光標(biāo)記的腫瘤基因組 DNA和正常基因組 DNA為探針，與正常人中期染色體標(biāo)本進(jìn)行原位雜交，根據(jù)兩種探針熒光信號的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 DNA Extraction amp。 Label Hyb Metaphase Chromosome Scan Image aCGH (Array Comparative Genomic Hybridization) ?比較基因組雜交（簡稱 CGH）的方法被用來監(jiān)測染色體基因組的改變。 CGH最突出的優(yōu)點(diǎn)在于：通過一次實驗就能完成對整個基因組中所有遺傳物質(zhì)增加或丟失的分析，實驗所使用的 DNA可以是從新鮮凍存的組織中提取的，也可以提取自福爾馬林固定石蠟包埋的保存材料。 ?CGH主要用于腫瘤細(xì)胞染色體 DNA片段的缺失和增加的檢測 ,同時對其它與染色體拷貝數(shù)變化有關(guān)的疾病也能進(jìn)行分析和檢測，如小兒自閉癥，先天性發(fā)育遲緩等一系列遺傳病癥。 ? Array CGH就是一種新的用于檢測腫瘤細(xì)胞染色體拷貝數(shù)變化的技術(shù)，該項技術(shù)能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是采用經(jīng)過不同顏色熒光標(biāo)記的腫瘤基因組DNA和正常基因組 DNA與芯片上結(jié)合的覆蓋全部人類基因組的寡核苷酸探針雜交，根據(jù)雜交后兩種探針熒光信號的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 ? aCGH的特點(diǎn) : 高通量（覆蓋人類全基因組的探針設(shè)計，包括針對基因外顯子、內(nèi)含子和基因間序列的探針，一張芯片上探針的數(shù)量接近 24萬個探針），高分辨率（ 24萬個探針的平均分辯率在 ,對目前較為了解的基因來說，可以檢測到這些具體的基因的單個拷貝數(shù)的變化 Agilent， Nimblegen分辨率為 6KB）。 利用基因芯片并行檢測前列腺癌 染色體畸變和基因表達(dá)譜 ? 研究所用 48例前列腺癌樣本和 10例正常樣本（ 9例前列腺組織和 1例腎臟組織）由北京大學(xué)附屬第一醫(yī)院提供 表達(dá)譜分析 25例前列腺癌樣本和 3例正常前列腺組織進(jìn)行了表達(dá)譜芯片實驗，以混合的人類胚胎組織為通用參照。運(yùn)用平均 ratio值（ R ≥ or R ≤ ）和非參數(shù) t檢驗（ p ≤ ）雙重標(biāo)準(zhǔn)篩選前列腺癌差異表達(dá)基因，并對差異表達(dá)基因進(jìn)行 EASE分析。 arrayCGH 18例前列腺癌樣本和 1例腎臟組織（正常對照）進(jìn)行了 arrayCGH實驗。運(yùn)用ACE算法分析實驗數(shù)據(jù)，尋找前列腺癌染色體擴(kuò)增和缺失。 整合分析 11例前列腺癌樣本同時進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實驗。 芯片類型：博星基因芯片有限公司的 8000點(diǎn)的基因芯片（ cDNA芯片） ? 整合分析 11例前列腺癌樣本同時進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實驗。我們對這 11個樣本的每個樣本計算了余弦相關(guān)系數(shù)以考察 CGH和表達(dá)譜的一致性。 為了尋找表達(dá)受到染色體畸變影響的基因，挑選處于染色體擴(kuò)增區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)上調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因和處于染色體缺失區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)下調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因。 對每個挑選出來的基因計算了 Jackknife相關(guān)系數(shù)來評估其表達(dá)水平和 DNA拷貝數(shù)的關(guān)系。 ? 53個基因表達(dá)可能受到染色體畸變影響 ? 本研究發(fā)現(xiàn)的常見染色體畸變區(qū)域大部分在以前的研究中報道過，但是與前人的研究結(jié)果相比也存在畸變區(qū)域和畸變頻率方面的一些差異。究其原因，可能有如下幾個方面：①運(yùn)用不同的實驗手段、不同的分析算法和不同的判斷標(biāo)準(zhǔn)都有可能造成研究報道之間的差異；②前列腺癌存在種族差異。 ? 發(fā)現(xiàn)新的染色體畸變，如 。 ? 染色體畸變是一個很重要的癌變機(jī)制，可能導(dǎo)致位于其上的原癌基因激活或者抑癌基因丟失。 ? 我們的研究發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)水平和染色體拷貝數(shù)呈弱的正相關(guān)。余弦相關(guān)是線性相關(guān)，考慮到DNA， mRNA和蛋白質(zhì)之間復(fù)雜的相互作用，我們不能夠期待 CGH和表達(dá)譜呈現(xiàn)一種強(qiáng)的正相關(guān)。 ? 我們推測染色體拷貝數(shù)變化不是影響基因表達(dá)水平的主導(dǎo)因素。很多其它的機(jī)制如 DNA突變、表觀遺傳學(xué)變化、 RNA干擾等都在調(diào)控基因表達(dá)上起著重要作用。 小結(jié) ? 不同類型的芯片應(yīng)用于腫瘤分子分型 下一講內(nèi)容 ? Tiling array ? Exon array
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