基因組序列詮釋ppt課件-資料下載頁
2025-05-07 00:16本頁面
【正文】 DNA樣品所具有的 DNA片段 。 一個(gè)克隆的指紋表示了該克隆所具有的限定的順序特征 . 常用的指紋分析方法 : A 限制性帶型 (restriction patterns)指紋 B 重復(fù)順序 DNA指紋 (repetitive DNA fingerprints) C STS目錄作圖 (STS content mapping) D 重復(fù) DNA PCR(repetitive DNA PCR)或分散重 復(fù)順序 PCR(interspersed repeat element PCR, IRE PCR)指紋 3. 熒光原位雜交 (Fish, Fluorescent in situ hybridization) 將探針用熒光標(biāo)記，與細(xì)胞分裂中期的染色體雜交，用熒光顯微鏡觀察信號(hào)所處的位置，將探針標(biāo)定在連鎖圖上。 用 DNA纖維分析水稻第 4號(hào)染色體 4. 序標(biāo)位作圖 (STS, Sequence Taged Site) 長度 : 100500 bp 序列已知 , 可以設(shè)計(jì) PCR反應(yīng) 單拷貝 , 在染色體上的位置是唯一的 EST(Expressed sequence tag) 大部分可以作 STS STS作圖原理 尋找 STS的方法 : ? 表達(dá)順序標(biāo)簽 (expressed sequence tag， EST) 從 cDNA中找到的小段順序 , 但基因家族成員間共有的序列不能用于 STS。 ? SSLP（ simple sequence length polymorphisrns， SSLPs） ? 隨機(jī)基因組順序 EST ?1990年， Brenneer等首先提出人類基因組大規(guī)模 cDNA測序計(jì)劃以來， Adams等最先采納并最早建立了表達(dá)序列標(biāo)記技術(shù)，他們隨機(jī)挑選 cDNA克隆進(jìn)行單向、一步大規(guī)模測序，將所獲得的部分 cDNA序列稱為ＥＳＴ。 ?EST是一個(gè) cDNA克隆快速大規(guī)模測序后所獲得的３’端和５’端部分 cDNA隨機(jī)片段，每個(gè) EST長度約 200～600bp,代表了一個(gè)單拷貝基因的部分 cDNA表達(dá)序列。 ?由于大多數(shù)ＥＳＴ的長度不足 400bp,說明一個(gè)基因轉(zhuǎn)錄本的 cDNA序列可能包含多個(gè)序列重疊的 EST，由于一個(gè)基因mRNA剪接點(diǎn)不同可以獲得多個(gè) cDNA克隆，因此 EST既可能對應(yīng)于一個(gè) cDNA的某一部分，又可能代表 mRNA的不同剪接方式 。 STS的物理圖定位 ? 輻射雜種 不能合成胸苷激酶 (TK)或次黃嘌呤磷酸轉(zhuǎn)移酶(HPRT)的缺陷性細(xì)胞 從人體細(xì)胞中獲得編碼 TK和 HPRT基因的細(xì)胞 培養(yǎng)基中添加次黃嘌呤、氨基蝶呤 輻射雜種群 PCR 檢測 STS標(biāo)記，根據(jù)STS出現(xiàn)頻率，判斷標(biāo)記是否連鎖及連鎖程度 ? 克隆作圖 構(gòu)建全基因組DNA 基因文庫 構(gòu)建指定單一染色體的基因文庫 PCR檢測 STS分子標(biāo)記 根據(jù)重疊 STS標(biāo)記繪制克隆連鎖圖 提取基因組 DNA 流式細(xì)胞儀分離染色體 打斷 打斷 用 STS構(gòu)建 Contig 本章主要內(nèi)容： ? 物理作圖法 ? 常用物理作圖法有那幾種 ? 常用的指紋分析方法有哪些，它們的分析機(jī)理是什么 ? 序標(biāo)位作圖如何作圖
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