解讀基因組序列ppt課件-資料下載頁
2025-05-12 03:19本頁面
【正文】 似性，包括許多相似性僅限于個別結(jié)構(gòu)域的基因。 10%在數(shù)據(jù)庫中有同源基因，但這些同源基因的功能未知。因此同源性分析不能幫助確定這些酵母基因的功能。這些酵母基因及其同源基因稱作孤兒家族。 30%，在數(shù)據(jù)庫中沒有同源基因。其中大約總數(shù)的 7%是有疑問的 ORF，其長度很短或有異常的密碼子偏倚，可能不是真正的基因。另外的大約總數(shù)的 23%像基因但是唯一的，被稱為單一孤兒。 對酵母基因組序列進(jìn)行初步標(biāo)注后，有兩個重要的問題： ？ 100個密碼子，所以不能通過最初分析鑒定出來？酵母基因組中長度大于或等于 100個密碼子的 ORF只有 6274個，但長度大于或等于 15個密碼子的 ORF有 100000多個，它們中的大多數(shù)表現(xiàn)出的密碼子選擇模式與真正的酵母基因無差別，因此發(fā)現(xiàn)新的小基因的潛力是很大的。 可以用前面介紹的三種方法來篩選酵母基因： 利用相關(guān)酵母物種的一組基因組序列，來評價許多小 ORF的真實(shí)性。 cDNA進(jìn)行測序?qū)ふ肄D(zhuǎn)錄的證據(jù)，包括表達(dá)序列標(biāo)簽的文庫，基因表達(dá)系列分析，微陣列研究。 像用來通過失活基因進(jìn)行功能分析一樣，也用來鑒定真正基因的 ORF。 在正常細(xì)胞中 lacZ基因是失活的，用 Xgal測試時，克隆顯白色。被激活后，克隆顯藍(lán)色。有疑問的 ORF就可根據(jù)克隆的顏色鑒定出來。 2 確定酵母基因的功能 釀酒酵母有兩大特征可幫助確定其基因組中未知的基因功能。 ，這就比較容易運(yùn)用該方法來失活單個基因。 Ty家族，這就將轉(zhuǎn)座子標(biāo)記技術(shù)用作基因失活。 現(xiàn)在面臨的挑戰(zhàn)是發(fā)展能篩選大量突變體的方法，以找到能表明失活基因功能的特異表性特征。若同時進(jìn)行許多平行實(shí)驗，需要大規(guī)模的篩選策略。 這些篩選方法中最成功的方法是條形碼刪除策略。 這是基本缺失盒系統(tǒng)的改進(jìn)形式，它們的區(qū)別是缺失盒同時還含兩個 20個核苷酸的“條形碼”序列，每種缺失的序列是不同的，因此可作為特異突變體的標(biāo)簽。 每個條形碼兩側(cè)的序列是相同的，因此可以通過單個 PCR反應(yīng)進(jìn)行擴(kuò)增。這就表明，一群突變的酵母株可以混合在一起，每種酵母株含有一種不同的失活基因，就可以在單次實(shí)驗中篩選它們的表型。 現(xiàn)在，大約有 55%的酵母基因已經(jīng)通過一種或多種實(shí)驗方法明確了它們的功能。明確功能的基因有 1500多個，比基因組序列剛被測通過時的情況好得多。另外約占總數(shù) 33%的 2022個基因是根據(jù)同源性分析而確定功能的。只剩下 500個 ORF被認(rèn)為是真正基因，但功能未定，另外 300個有疑問的 ORF可能不是真正的基因。 3 總結(jié) 當(dāng)獲得基因組序列時，最初的目標(biāo)是對所有基因進(jìn)行定位。 以計算機(jī)為基礎(chǔ)的定位方法： ，可嘗試尋找 ORF進(jìn)行定位。 RNA基因的特征對它們的進(jìn)行定位，最基本的是 RNA折疊成二級結(jié)構(gòu)的能力是以堿基配對的頸環(huán)結(jié)構(gòu)信息為依據(jù)的。 同源性分析對基因進(jìn)行定位，同源性分析將第二種基因組中存在同源基因作為推測待測基因組中的假定基因是真正基因的依據(jù)。 用戶注冊 基因定位的實(shí)驗方法是以檢測從基因組中轉(zhuǎn)錄出的 RNA分子為基礎(chǔ)的。 包括：通過逆轉(zhuǎn)錄 PCR或異源雙鏈分析進(jìn)行 cDNA測序和轉(zhuǎn)錄物作圖。 對于基因功能的確定： ，因為同源基因在進(jìn)化上是相關(guān)的并經(jīng)常具有相似功能。 ?？梢杂貌煌姆椒▽?shí)現(xiàn)基因失活 ： a 用有缺陷的基因進(jìn)行同源重組 b 將轉(zhuǎn)座子插入到基因中 c RNA干擾 。 ，而且可以通過報道基因的表達(dá)或免疫細(xì)胞化學(xué)確定蛋白質(zhì)的細(xì)胞定位。
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