解讀基因組序列ppt課件-資料下載頁(yè)
2025-05-12 03:19本頁(yè)面
【正文】 似性，包括許多相似性僅限于個(gè)別結(jié)構(gòu)域的基因。 10%在數(shù)據(jù)庫(kù)中有同源基因，但這些同源基因的功能未知。因此同源性分析不能幫助確定這些酵母基因的功能。這些酵母基因及其同源基因稱作孤兒家族。 30%，在數(shù)據(jù)庫(kù)中沒有同源基因。其中大約總數(shù)的 7%是有疑問(wèn)的 ORF，其長(zhǎng)度很短或有異常的密碼子偏倚，可能不是真正的基因。另外的大約總數(shù)的 23%像基因但是唯一的，被稱為單一孤兒。 對(duì)酵母基因組序列進(jìn)行初步標(biāo)注后，有兩個(gè)重要的問(wèn)題： ？ 100個(gè)密碼子，所以不能通過(guò)最初分析鑒定出來(lái)？酵母基因組中長(zhǎng)度大于或等于 100個(gè)密碼子的 ORF只有 6274個(gè)，但長(zhǎng)度大于或等于 15個(gè)密碼子的 ORF有 100000多個(gè)，它們中的大多數(shù)表現(xiàn)出的密碼子選擇模式與真正的酵母基因無(wú)差別，因此發(fā)現(xiàn)新的小基因的潛力是很大的。 可以用前面介紹的三種方法來(lái)篩選酵母基因： 利用相關(guān)酵母物種的一組基因組序列，來(lái)評(píng)價(jià)許多小 ORF的真實(shí)性。 cDNA進(jìn)行測(cè)序?qū)ふ肄D(zhuǎn)錄的證據(jù)，包括表達(dá)序列標(biāo)簽的文庫(kù)，基因表達(dá)系列分析，微陣列研究。 像用來(lái)通過(guò)失活基因進(jìn)行功能分析一樣，也用來(lái)鑒定真正基因的 ORF。 在正常細(xì)胞中 lacZ基因是失活的，用 Xgal測(cè)試時(shí)，克隆顯白色。被激活后，克隆顯藍(lán)色。有疑問(wèn)的 ORF就可根據(jù)克隆的顏色鑒定出來(lái)。 2 確定酵母基因的功能 釀酒酵母有兩大特征可幫助確定其基因組中未知的基因功能。 ，這就比較容易運(yùn)用該方法來(lái)失活單個(gè)基因。 Ty家族，這就將轉(zhuǎn)座子標(biāo)記技術(shù)用作基因失活。 現(xiàn)在面臨的挑戰(zhàn)是發(fā)展能篩選大量突變體的方法，以找到能表明失活基因功能的特異表性特征。若同時(shí)進(jìn)行許多平行實(shí)驗(yàn)，需要大規(guī)模的篩選策略。 這些篩選方法中最成功的方法是條形碼刪除策略。 這是基本缺失盒系統(tǒng)的改進(jìn)形式，它們的區(qū)別是缺失盒同時(shí)還含兩個(gè) 20個(gè)核苷酸的“條形碼”序列，每種缺失的序列是不同的，因此可作為特異突變體的標(biāo)簽。 每個(gè)條形碼兩側(cè)的序列是相同的，因此可以通過(guò)單個(gè) PCR反應(yīng)進(jìn)行擴(kuò)增。這就表明，一群突變的酵母株可以混合在一起，每種酵母株含有一種不同的失活基因，就可以在單次實(shí)驗(yàn)中篩選它們的表型。 現(xiàn)在，大約有 55%的酵母基因已經(jīng)通過(guò)一種或多種實(shí)驗(yàn)方法明確了它們的功能。明確功能的基因有 1500多個(gè)，比基因組序列剛被測(cè)通過(guò)時(shí)的情況好得多。另外約占總數(shù) 33%的 2022個(gè)基因是根據(jù)同源性分析而確定功能的。只剩下 500個(gè) ORF被認(rèn)為是真正基因，但功能未定，另外 300個(gè)有疑問(wèn)的 ORF可能不是真正的基因。 3 總結(jié) 當(dāng)獲得基因組序列時(shí)，最初的目標(biāo)是對(duì)所有基因進(jìn)行定位。 以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的定位方法： ，可嘗試尋找 ORF進(jìn)行定位。 RNA基因的特征對(duì)它們的進(jìn)行定位，最基本的是 RNA折疊成二級(jí)結(jié)構(gòu)的能力是以堿基配對(duì)的頸環(huán)結(jié)構(gòu)信息為依據(jù)的。 同源性分析對(duì)基因進(jìn)行定位，同源性分析將第二種基因組中存在同源基因作為推測(cè)待測(cè)基因組中的假定基因是真正基因的依據(jù)。 用戶注冊(cè) 基因定位的實(shí)驗(yàn)方法是以檢測(cè)從基因組中轉(zhuǎn)錄出的 RNA分子為基礎(chǔ)的。 包括：通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄 PCR或異源雙鏈分析進(jìn)行 cDNA測(cè)序和轉(zhuǎn)錄物作圖。 對(duì)于基因功能的確定： ，因?yàn)橥椿蛟谶M(jìn)化上是相關(guān)的并經(jīng)常具有相似功能。 ?？梢杂貌煌姆椒▽?shí)現(xiàn)基因失活 ： a 用有缺陷的基因進(jìn)行同源重組 b 將轉(zhuǎn)座子插入到基因中 c RNA干擾 。 ，而且可以通過(guò)報(bào)道基因的表達(dá)或免疫細(xì)胞化學(xué)確定蛋白質(zhì)的細(xì)胞定位。
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