解讀基因組序列ppt課件-免費(fèi)閱讀
【正文】 對于基因功能的確定： ，因?yàn)橥椿蛟谶M(jìn)化上是相關(guān)的并經(jīng)常具有相似功能。另外約占總數(shù) 33%的 2022個基因是根據(jù)同源性分析而確定功能的。 現(xiàn)在面臨的挑戰(zhàn)是發(fā)展能篩選大量突變體的方法，以找到能表明失活基因功能的特異表性特征。 cDNA進(jìn)行測序?qū)ふ肄D(zhuǎn)錄的證據(jù)，包括表達(dá)序列標(biāo)簽的文庫，基因表達(dá)系列分析，微陣列研究。 10%在數(shù)據(jù)庫中有同源基因，但這些同源基因的功能未知。（如圖 ）。比較可靠地指示出待測基因表達(dá)的時(shí)間和空間，就必須使報(bào)道使報(bào)道基因與待測基因一樣受同樣的信號調(diào)節(jié)。每個 siRNA的一條鏈與靶mRNA堿基配對，后被 RDE1核酸酶降解 需要區(qū)分兩種情況： ①表型變化是由于過表達(dá)的特異功能造成的； ②特異性比較小的表現(xiàn)變化反映了異常情況。這些片段與要被失活的酵母基因的部分序列相同。 ⒉同源重組可以使單個基因失活 ?使特定基因失活的最簡單方法是用一段無關(guān) DNA片段將其破壞 （如圖 ） 。雖然基因本身沒有共同的祖先，結(jié)構(gòu)域卻有共同的祖先。 最先進(jìn)的方法是運(yùn)用不相同氨基酸之間的化學(xué)相關(guān)性為比對中的每個位點(diǎn)進(jìn)行評分，相同或很近的氨基酸（ eg:leu和 ile）分?jǐn)?shù)就高，不相關(guān)的氨基酸（ eg:phe和 ser）分?jǐn)?shù)就低。 圖 當(dāng)在氨基酸水平進(jìn)行比較，更明顯。 同源性 ≠ 相似性 (如圖 ) 如果一對相關(guān)基因的序列有 80%的核苷酸是相同生物，就描述它們是“ 80%同源”是不正確的。 ▲ 同源性反映出進(jìn)化關(guān)系 同源基因具有共同的進(jìn)化祖先，是通過基因之間的序列相似性而發(fā)現(xiàn)的。 ?雜交試驗(yàn)可以判斷某一片段是否含有轉(zhuǎn)錄序列 ?cDNA測序有助于在 DNA片段中進(jìn)行基因作圖 ?精確定位轉(zhuǎn)錄物末端 ?可以準(zhǔn)確定位外顯子 —— 內(nèi)含子邊界 如果用標(biāo)記的基因組片段與細(xì)胞 RNA進(jìn)行northern雜交，就可以檢測到那個片段上的基因所轉(zhuǎn)錄出的 RNA。 ?外顯子 —— 內(nèi)含子邊界 ：因?yàn)橛刑囟ǖ男蛄刑卣鞫鴧^(qū)分開 ?上游調(diào)控序列 ：調(diào)控序列有明顯特點(diǎn)，可用來定位基因起始區(qū) ?搜尋編碼 RNA二級結(jié)構(gòu)的特征堿基序列 ?搜尋 DNA編碼莖環(huán)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)的程序 ?搜索與功能 RNA基因相關(guān)的調(diào)控序列 ?搜尋 緊湊的較小基因組中 蛋白質(zhì)編碼基因間的空位置 ?同源性搜索：查詢 DNA數(shù)據(jù)庫來判斷所檢測序列是否與已知基因的序列相同或者是相似 ?比較基因組學(xué) ： 當(dāng)相關(guān)基因組進(jìn)行比較時(shí)，同源基因由于它們的序列相似性很高就容易被鑒別出來，而在第二個基因組中沒有明確同源物的任何ORF都可以很肯定的認(rèn)為 不是基因 計(jì)算機(jī)方法從序列分析開始，運(yùn)用能掃描 ORF、外顯子 內(nèi)含子邊界及上游調(diào)控區(qū)并能在數(shù)據(jù)庫中檢測同源基因 ORF的程序進(jìn)行序列分析 。 像基因定位一樣，也嘗試著用計(jì)算機(jī)分析和實(shí)驗(yàn)研究來確定未知基因的功能。 eg：人類肌紅蛋白和 β – 球蛋白基因是平行基因：它們起源于 。 同源性搜索程序時(shí)通過在查找序列和數(shù)據(jù)庫序列之間進(jìn)行比較而開始的。 AA序列之間進(jìn)行比較就表明基因不是同源的，核苷酸水平的相似性是偶然的。 ⅰ 同源基因具有非常不同的生物功能，一個例子是眼晶狀體的晶體蛋白，其中一些與代謝酶同源。 ?同源性搜索在疾病基因的研究中發(fā)揮很重要的作用，因?yàn)樵诹硪环N生物體中發(fā)現(xiàn)人類疾病基因的同源基因經(jīng)常是理解人類基因生物化學(xué)功能的關(guān)鍵。 圖 酵母缺失盒的應(yīng)用 缺失盒包括抗生素抗性基因和該基因前面在酵母中表達(dá)所需的啟動子
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