腫瘤基因組和基因芯-閱讀頁(yè)
2025-05-15 07:24本頁(yè)面
【正文】 t represents a . regulatory milestone as the first In Vitro Diagnostic Multivariate Index Assay (IVDMIA) to acquire market clearance from the FDA, and is the agency39。 ? 利用芯片檢測(cè)腫瘤組織中基因表達(dá)譜將成為研究腫瘤的一種標(biāo)準(zhǔn)方法。 ? MicroRNA 一般通過(guò)堿基配對(duì)結(jié)合到 mRNA 的 3‘ 非翻譯區(qū)（ 3’ UTR ），從而抑制 mRNA的翻譯發(fā)揮功能，在細(xì)胞分化，生物發(fā)育過(guò)程中起到重要的作用，并且參與疾病發(fā)生發(fā)展 Differences in miRNA Mode of Action miRNA ? microRNA在動(dòng)植物中 廣泛并保守的存在 ； ? microRNA參與廣泛的生物學(xué)過(guò)程，尤其是 發(fā)育相關(guān)過(guò)程 和 組織特異性 維持； ? microRNA與 target基因的 交叉調(diào)控 關(guān)系； ? microRNA表達(dá)的基因芯片實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)在 癌癥組織中 miRNA廣泛失調(diào) ； ? microRNA的表達(dá)譜可以對(duì)不同癌癥甚至同種癌癥的不同亞型進(jìn)行 分類 。 ? RNA類型： 總 RNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)可能同時(shí)檢測(cè)了成熟的miRNA與前體 miRNA。這暗示，前體 miRNA可能含有獨(dú)立的，還未知的功能。 ? 樣本量對(duì)結(jié)果的影響 ? PC3 cells were transduced with adenovirus either encoding p53 or containing an empty vector. After 48 h, small RNA was characterized with PCR Arrays containing 376 human miRNAspecific assays. The heat map visualizes the folddifferences in miRNA expression upon p53 overexpression (red, upregulated miRNA。 black, no difference). ? PCR Arrays are the most reliable tools for analyzing the expression of a focused panel of genes. Each 96well or 384well plate includes SYBR Greenoptimized primer assays for a thoroughly researched panel of relevant, pathway or diseasefocused genes. PCR Arrays can also be customized to contain a panel of genes tailored to your specific research interests. 比較基因組雜交芯片 CGH array 雜合性缺失（ loss of heterozygosity） ? 雜合性指同源染色體中不同等位基因存在于一個(gè)或多個(gè)基因位點(diǎn)中的現(xiàn)象；野生型拷貝或等位基因發(fā)生缺失就稱為雜合性缺失（ LOH）， LOH通常是由染色體缺失或重組引起。雜合性缺失在腫瘤細(xì)胞中是一種非常常見(jiàn)的 DNA變異。主要原理是 采用經(jīng)過(guò)熒光標(biāo)記的腫瘤基因組 DNA和正?；蚪M DNA為探針，與正常人中期染色體標(biāo)本進(jìn)行原位雜交，根據(jù)兩種探針熒光信號(hào)的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 Label Hyb Metaphase Chromosome Scan Image aCGH (Array Comparative Genomic Hybridization) ?比較基因組雜交（簡(jiǎn)稱 CGH）的方法被用來(lái)監(jiān)測(cè)染色體基因組的改變。 ?CGH主要用于腫瘤細(xì)胞染色體 DNA片段的缺失和增加的檢測(cè) ,同時(shí)對(duì)其它與染色體拷貝數(shù)變化有關(guān)的疾病也能進(jìn)行分析和檢測(cè)，如小兒自閉癥，先天性發(fā)育遲緩等一系列遺傳病癥。主要原理是采用經(jīng)過(guò)不同顏色熒光標(biāo)記的腫瘤基因組DNA和正?；蚪M DNA與芯片上結(jié)合的覆蓋全部人類基因組的寡核苷酸探針雜交，根據(jù)雜交后兩種探針熒光信號(hào)的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 利用基因芯片并行檢測(cè)前列腺癌 染色體畸變和基因表達(dá)譜 ? 研究所用 48例前列腺癌樣本和 10例正常樣本（ 9例前列腺組織和 1例腎臟組織）由北京大學(xué)附屬第一醫(yī)院提供 表達(dá)譜分析 25例前列腺癌樣本和 3例正常前列腺組織進(jìn)行了表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)，以混合的人類胚胎組織為通用參照。 arrayCGH 18例前列腺癌樣本和 1例腎臟組織（正常對(duì)照）進(jìn)行了 arrayCGH實(shí)驗(yàn)。 整合分析 11例前列腺癌樣本同時(shí)進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實(shí)驗(yàn)。我們對(duì)這 11個(gè)樣本的每個(gè)樣本計(jì)算了余弦相關(guān)系數(shù)以考察 CGH和表達(dá)譜的一致性。 對(duì)每個(gè)挑選出來(lái)的基因計(jì)算了 Jackknife相關(guān)系數(shù)來(lái)評(píng)估其表達(dá)水平和 DNA拷貝數(shù)的關(guān)系。究其原因，可能有如下幾個(gè)方面：①運(yùn)用不同的實(shí)驗(yàn)手段、不同的分析算法和不同的判斷標(biāo)準(zhǔn)都有可能造成研究報(bào)道之間的差異；②前列腺癌存在種族差異。 ? 染色體畸變是一個(gè)很重要的癌變機(jī)制，可能導(dǎo)致位于其上的原癌基因激活或者抑癌基因丟失。余弦相關(guān)是線性相關(guān)，考慮到DNA， mRNA和蛋白質(zhì)之間復(fù)雜的相互作用，我們不能夠期待 CGH和表達(dá)譜呈現(xiàn)一種強(qiáng)的正相關(guān)。很多其它的機(jī)制如 DNA突變、表觀遺傳學(xué)變化、 RNA干擾等都在調(diào)控基因表達(dá)上起著重要作用
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