腫瘤基因組和基因芯(參考版)
2025-05-03 07:24本頁面
【正文】 小結(jié) ? 不同類型的芯片應(yīng)用于腫瘤分子分型 下一講內(nèi)容 ? Tiling array ? Exon array 。 ? 我們推測染色體拷貝數(shù)變化不是影響基因表達(dá)水平的主導(dǎo)因素。 ? 我們的研究發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)水平和染色體拷貝數(shù)呈弱的正相關(guān)。 ? 發(fā)現(xiàn)新的染色體畸變，如 。 ? 53個基因表達(dá)可能受到染色體畸變影響 ? 本研究發(fā)現(xiàn)的常見染色體畸變區(qū)域大部分在以前的研究中報道過，但是與前人的研究結(jié)果相比也存在畸變區(qū)域和畸變頻率方面的一些差異。 為了尋找表達(dá)受到染色體畸變影響的基因，挑選處于染色體擴(kuò)增區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)上調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因和處于染色體缺失區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)下調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因。 芯片類型：博星基因芯片有限公司的 8000點的基因芯片（ cDNA芯片） ? 整合分析 11例前列腺癌樣本同時進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實驗。運用ACE算法分析實驗數(shù)據(jù)，尋找前列腺癌染色體擴(kuò)增和缺失。運用平均 ratio值（ R ≥ or R ≤ ）和非參數(shù) t檢驗（ p ≤ ）雙重標(biāo)準(zhǔn)篩選前列腺癌差異表達(dá)基因，并對差異表達(dá)基因進(jìn)行 EASE分析。 ? aCGH的特點 : 高通量（覆蓋人類全基因組的探針設(shè)計，包括針對基因外顯子、內(nèi)含子和基因間序列的探針，一張芯片上探針的數(shù)量接近 24萬個探針），高分辨率（ 24萬個探針的平均分辯率在 ,對目前較為了解的基因來說，可以檢測到這些具體的基因的單個拷貝數(shù)的變化 Agilent， Nimblegen分辨率為 6KB）。 ? Array CGH就是一種新的用于檢測腫瘤細(xì)胞染色體拷貝數(shù)變化的技術(shù)，該項技術(shù)能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。 CGH最突出的優(yōu)點在于：通過一次實驗就能完成對整個基因組中所有遺傳物質(zhì)增加或丟失的分析，實驗所使用的 DNA可以是從新鮮凍存的組織中提取的，也可以提取自福爾馬林固定石蠟包埋的保存材料。 DNA Extraction amp。 ? 腫瘤中存在基因的擴(kuò)增 ? 通過比較腫瘤組織與體細(xì)胞組織中野生型和突變 DNA的比值可以檢測 LOH以及基因的擴(kuò)增； 比較基因組雜交（ parative genomic hybridization， CGH ） ? 一種分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)，能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。絕大多數(shù)人類腫瘤都存在非隨機(jī)性的染色體片段丟失。 green, downregulated miRNA。 ? 使用純化的小 RNA進(jìn)行實驗可能會引入錯誤：目前無法測量小 RNA在總 RNA中的比例情況，如果癌癥與良性組織含有不同比例的小 RNA，那么純化小 RNA實驗的前提（同樣量的 miRNA被純化得出）則會受到根本的影響。如果 miRNA成熟受阻，則可以解釋此矛盾。 miRNA在癌癥中的作用 1. miRNA處于基因組中的脆性位點，在癌癥中常常缺失或擴(kuò)增 2. miRNA基因所在位點在癌癥中在表觀遺傳層面上被修飾調(diào)控 3. miRNA發(fā)生相關(guān)基因如 Drosha,Dicer在癌癥中表達(dá)失調(diào) Remains largely a mestery! 探針 ? 寡核苷酸探針 ? Sanger mirBase 中已知的 Human, Mouse, Rat, Drosophila , C. elegans 和zebrafish 的探針rna/ ? 前體和成熟的 miRNA都可以設(shè)計探針點于芯片上 Case 1433 was initially diagnosed as ERMS based on its histology and reactivity for desmin, smooth muscle actin and CD99， this case clustered tightly with the other ARMS included in the study. Subsequent demonstration of the fusion transcript PAX3FKHR by reverse transcription (RT)–PCR and sequencing in this sample confirms that this case is indeed an ARMS case 5918 was initially diagnosed as a GIST based on its origin in the wall of the colon and reactivity for CD34. However this case clustered away from the eight other GISTs and instead clustered loosely with PRMS . Both KIT and DOG1 are highly expressed in the vast majority of GIST. Case 5918 did not have immunoreactivity for KIT or DOG1 and no mutations were found in KIT exon 11, the most mon mutation in GIST. Histologic review of the tumor suggested a new diagnosis of dedifferentiated liposara. 27 saras, 5normal smooth muscle and 2 normal skeletal muscle tissu
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