第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)-資料下載頁(yè)
【導(dǎo)讀】任何一對(duì)蛋白質(zhì)，如果兩者的序列等同部分超過(guò)30%，假設(shè)待預(yù)測(cè)三維結(jié)構(gòu)的目標(biāo)蛋白質(zhì)為U. 對(duì)于具有60%等同的序列，用上述方法所建。立的三維模型非常準(zhǔn)確。期望得到比較好的預(yù)測(cè)結(jié)果。的序列等同部分小于25%，即遠(yuǎn)程同源。對(duì)于這類(lèi)蛋白質(zhì)，很難通過(guò)序列比對(duì)找出它。們之間的關(guān)系，必須設(shè)計(jì)新的分析方法。檢測(cè)遠(yuǎn)程同源蛋白質(zhì)；U和T的序列必須被正確地對(duì)比排列；建立序列到結(jié)構(gòu)的線索的過(guò)程稱(chēng)為線索化，線索技術(shù)又稱(chēng)折疊識(shí)別技術(shù)。疊信息的表示方法；結(jié)構(gòu)比對(duì)的策略；核心折疊實(shí)際上是構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基。g1(v,t)評(píng)價(jià)氨基酸殘基v所處的位置。g2評(píng)價(jià)殘基u和v的相對(duì)位置，如果u和v鍵合，則得。,t)評(píng)價(jià)環(huán)區(qū)，根據(jù)環(huán)區(qū)的大小進(jìn)行打分。值最小，即尋找一個(gè)從S到C的最佳映射。在既沒(méi)有已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)、也沒(méi)有已。從頭預(yù)測(cè)方法一般由下列3個(gè)部分組成：。基于疏水殘基之間的接觸進(jìn)行打分。每一個(gè)H和H的接觸對(duì)能量的貢獻(xiàn)都為－1
【正文】 等。 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較有兩個(gè)主要的任務(wù)： ? 檢測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特征 ? 在已知兩個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)結(jié)構(gòu)特征的條件下，尋找將兩個(gè)蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)重疊的幾何變換，進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)的比對(duì)（ alignment）。 ? 如果用數(shù)學(xué)語(yǔ)言來(lái)描述，就是給定兩個(gè)三維點(diǎn)集 P={pi}和 Q={qi} （ i=1,2,…,n ），尋找一個(gè)空間變換矩陣 T，使得 最小，即： ? 這個(gè)問(wèn)題可以用最小二乘法解決 2)(? ?iii qpT})(39。m i na r g { 239。 ???iiiT qpTT空間點(diǎn)三元組幾何變換 目標(biāo)： 尋找兩個(gè)蛋白質(zhì)空間點(diǎn)三元組重疊最多的幾何變換。 解決這個(gè)問(wèn)題的直接算法是如下： （ 1）對(duì)于每一對(duì)空間點(diǎn)三元組（分別來(lái)自不同的蛋白質(zhì)），計(jì)算能使這兩個(gè)對(duì)象重疊的幾何變換； （ 2）統(tǒng)計(jì)在各種變換中，能夠同時(shí)重疊、或者基本重疊的空間點(diǎn)三元組個(gè)數(shù)，并作為對(duì)應(yīng)變換的得分； （ 3）選擇得分比較高的變換，改進(jìn)這些變換，使其得分進(jìn)一步提高。 ? 基于幾何哈希（ geometric hashing）技術(shù)的三維結(jié)構(gòu)比對(duì)方法 ? 將目標(biāo)分子與數(shù)據(jù)庫(kù)中模型分子匹配 ? 數(shù)據(jù)庫(kù)中的模型分子是預(yù)先建立的。對(duì)于每個(gè)模型分子，按照下述步驟進(jìn)行預(yù)處理： （ 1）挑選參考框架，即挑選模型分子中非共線的三個(gè)點(diǎn)； （ 2）計(jì)算參考框架的三維正交基及其形狀特征（例如，三角形邊的長(zhǎng)度）； （ 3）計(jì)算參考框架一定范圍內(nèi)所有其它點(diǎn)的坐標(biāo)； （ 4）以每個(gè)坐標(biāo)作為哈希查找表的地址，在哈希表相應(yīng)的位置存貯蛋白質(zhì)的有關(guān)信息，如蛋白質(zhì)的標(biāo)識(shí)符，參考文獻(xiàn)、形狀特征等； （ 5）對(duì)于每個(gè)參考框架（模型分子中非共線的三個(gè)點(diǎn)）重復(fù)上述過(guò)程。 識(shí)別階段 利用前面預(yù)處理所得到的哈希表進(jìn)行識(shí)別 ， 過(guò)程如下： ? 對(duì)于每個(gè)目標(biāo)分子的參考框架 ， 計(jì)算參考框架的三維正交基及其形狀特征 ， 計(jì)算參考框架內(nèi)其它點(diǎn)的坐標(biāo) ， 將每個(gè)坐標(biāo)作為哈希查找表的地址 ， 在哈希表相應(yīng)的位置取出有關(guān)的信息 ， 找出形狀特征匹配的記錄 ， 然后針對(duì)那些匹配好的記錄計(jì)算相應(yīng)的空間變換 ， 保存匹配的點(diǎn) 。 ? 計(jì)算不同空間變換下匹配點(diǎn)對(duì)的個(gè)數(shù) ， 形成匹配表 。選擇匹配點(diǎn)對(duì)多的匹配表作為進(jìn)一步匹配的出發(fā)點(diǎn) ，這樣的匹配表中所包含的匹配又稱(chēng)為 “ 種子匹配 ” 。其基本思路與序列快速比較算法 BLAST相似 。
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