第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(已修改)
2024-11-02 12:52 本頁面
【正文】 第七章 2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 主講人：孫 嘯 制作人： 劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實(shí)驗(yàn)室 結(jié)構(gòu)預(yù)測流程 Protein sequence Database similarity search Does sequence align with protein of known 3D structure? Protein family, domain, cluster analysis Relationship to known structure? Structural analysis 3D parative modeling Predicted three dimensional structure Is there a predicted structure? 3D analysis in laboratory yes no no no 第四節(jié) 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測 同源模型化方法 ? 主要思想： 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，找到一個已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)，以該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板，為未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)建立結(jié)構(gòu)模型。 ? 依據(jù)： 任何一對蛋白質(zhì)，如果兩者的序列等同部分超過 30%，則它們具有相似的三維結(jié)構(gòu)，即兩個蛋白質(zhì)的基本折疊相同，只是在非螺旋和非折疊區(qū)域的一些細(xì)節(jié)部分有所不同。 ? 假設(shè)待預(yù)測三維結(jié)構(gòu)的目標(biāo)蛋白質(zhì)為 U（ Unknown），利用同源模型化方法建立結(jié)構(gòu)模型的過程包括下述 6個步驟： （ 1）搜索結(jié)構(gòu)模型的模板 (T) （ 2）序列比對 （ 3）建立骨架 （ 4）構(gòu)建目標(biāo)蛋白質(zhì)的側(cè)鏈 （ 5）構(gòu)建目標(biāo)蛋白質(zhì)的環(huán)區(qū) （ 6）優(yōu)化模型 U ? T 構(gòu)建目標(biāo)蛋白質(zhì)的側(cè)鏈 預(yù)測結(jié)果準(zhǔn)確率： ? 對于具有 60%等同的序列 ， 用上述方法所建立的三維模型非常準(zhǔn)確 。 若序列的等同部分超過 60%， 則預(yù)測結(jié)果將接近于實(shí)驗(yàn)得到的測試結(jié)果 。 ? 一般如果序列的等同部分大于 30%， 則可以期望得到比較好的預(yù)測結(jié)果 。 線索化方法（折疊識別方法） ? 有很多蛋白質(zhì)具有相似的空間結(jié)構(gòu) ， 但它們的序列等同部分小于 25%， 即遠(yuǎn)程同源 。 ? 對于這類蛋白質(zhì) ， 很難通過序列比對找出它們之間的關(guān)系 ， 必須設(shè)計(jì)新的分析方法 。 ? 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)（ U）， 如果
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