第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測-文庫吧資料
2024-10-25 12:52本頁面
【正文】 所有原子和溶劑環(huán)境的計算開銷非常大，因此需要對蛋白質(zhì)和溶劑的表示形式作近似處理。 線索化問題： 對于給定的序列 S和核心折疊 C，選擇一個線索 t，使得 f(t)的值最小，即尋找一個從 S到 C的最佳映射。 這實際上是一種從序列 S到核心折疊 C的比對 ? 令 ?代表核心折疊 C中的環(huán)到序列 S中空位的映射，顯然 ?是通過線索化而確定的。 假設存在有限數(shù)目的核心折疊 （ core folds） ? 核心折疊實際上是構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基本模式 。 ? 線索化或者折疊識別的目標是為目標蛋白質(zhì)U尋找合適的蛋白質(zhì)模板，這些模板蛋白質(zhì)與 U沒有顯著的序列相似性，但卻是遠程同源的。 至于最后建立三維結(jié)構(gòu)模型則是非常困難的 序列 → 結(jié)構(gòu)比對 ? 線索化的主要思想： 利用氨基酸的結(jié)構(gòu)傾向（如形成二級結(jié)構(gòu)的傾向、疏水性、極性等），評價一個序列所對應的結(jié)構(gòu)是否能夠適配到一個給定的結(jié)構(gòu)環(huán)境中。 U ? T（遠程同源） 一個遠程同源模型化方法要解決三個問題： （ 1）檢測遠程同源蛋白質(zhì)（ T）； （ 2） U和 T的序列必須被正確地對比排列； （ 3）修改一般的同源模型化過程，以應用于相似度非常低的情況，即處理更多的環(huán)區(qū)，建立合理的三維結(jié)構(gòu)模型。 ? 對于這類蛋白質(zhì) ， 很難通過序列比對找出它們之間的關系 ， 必須設計新的分析方法 。 ? 一般如果序列的等同部分大于 30%， 則可以期望得到比較好的預測結(jié)果 。 ? 假設待預測三維結(jié)構(gòu)的目標蛋白質(zhì)為 U（ Unknown），利用同源模型化方法建立結(jié)構(gòu)模型的過程包括下述 6個步驟： （ 1）搜索結(jié)構(gòu)模型的模板 (T) （ 2）序列比對 （ 3）建立骨架 （ 4）構(gòu)建目標蛋白質(zhì)的側(cè)鏈 （ 5）構(gòu)建目標蛋白質(zhì)的環(huán)區(qū) （ 6）優(yōu)化模型 U ? T 構(gòu)建目標蛋白質(zhì)的側(cè)鏈 預測結(jié)果準確率： ? 對于具有 60%等同的序列 ， 用上述方法所建立的三維模型非常準確 。第七章 2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測 主講人：孫 嘯 制作人： 劉志華 東南大學 吳健雄實驗室 結(jié)構(gòu)預測流程 Protein sequence Database similarity search Does sequence align with protein of known 3D stru
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