第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測-文庫吧
2024-09-27 12:52 本頁面
【正文】 找到一個已知結(jié)構(gòu)的遠程同源蛋白質(zhì)（ T）， 那么可以根據(jù) T的結(jié)構(gòu)模板通過遠程同源模型化方法建立 U的三維結(jié)構(gòu)模型。 U ? T（遠程同源） 一個遠程同源模型化方法要解決三個問題： （ 1）檢測遠程同源蛋白質(zhì)（ T）； （ 2） U和 T的序列必須被正確地對比排列； （ 3）修改一般的同源模型化過程，以應(yīng)用于相似度非常低的情況，即處理更多的環(huán)區(qū)，建立合理的三維結(jié)構(gòu)模型。 如何解決第一個和第二個問題？ ? 基本思想是建立一個從 U到已知結(jié)構(gòu) T的線索，并通過一些基于環(huán)境或基于知識的勢，評價序列與結(jié)構(gòu)的適應(yīng)性。 至于最后建立三維結(jié)構(gòu)模型則是非常困難的 序列 → 結(jié)構(gòu)比對 ? 線索化的主要思想： 利用氨基酸的結(jié)構(gòu)傾向（如形成二級結(jié)構(gòu)的傾向、疏水性、極性等），評價一個序列所對應(yīng)的結(jié)構(gòu)是否能夠適配到一個給定的結(jié)構(gòu)環(huán)境中。 ? 建立序列到結(jié)構(gòu)的線索的過程稱為線索化，線索技術(shù)又稱折疊識別技術(shù)。 ? 線索化或者折疊識別的目標是為目標蛋白質(zhì)U尋找合適的蛋白質(zhì)模板，這些模板蛋白質(zhì)與 U沒有顯著的序列相似性，但卻是遠程同源的。 ? 線索化方法一般有 5個基本組成部分： （ 1）已知三維折疊結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫； （ 2）一種適合于進行序列 結(jié)構(gòu)比對的三維折疊信息的表示方法； （ 3）一個序列 結(jié)構(gòu)匹配函數(shù)，該函數(shù)對匹配程度進行打分； （ 4）建立最優(yōu)線索的策略，或者是進行序列 結(jié)構(gòu)比對的策略； （ 5）一種評價序列 結(jié)構(gòu)比對顯著性的方法。 假設(shè)存在有限數(shù)目的核心折疊 （ core folds） ? 核心折疊實際上是構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基本模式 。 ? 建立核心折疊數(shù)據(jù)庫 ? 預(yù)測 建立線索 U序列 與數(shù)據(jù)庫核心折疊 比對 取最佳核心折疊 U結(jié)構(gòu)模型 ? 一種基于序列與結(jié)構(gòu)比對的最優(yōu)線索化算法 令 : s1, s2,? , sn為蛋白質(zhì)序列 S的 n個元素 C1, C2,? , Cm為數(shù)據(jù)庫中核心折疊 C的 m個核心區(qū)域 Cij為第 i個核心區(qū)域第 j個氨基酸位置 每一個核心區(qū)域由若干個氨基酸殘基構(gòu)成 ? 設(shè) t是一個從序列到核心折疊的線索，那么 t說明了序列 S的哪些元素 si,sj,sk,… 代表核心區(qū)域 C1, C2, C3,… 的起始位置。 這實際上是一種從序列 S到核心折疊 C的比對 ? 令 ?代表核心折疊 C中的環(huán)到序
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