蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)網(wǎng)址(編輯修改稿)
2024-11-19 04:29 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 白預(yù)測(cè)服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測(cè)Topology prediction of membrane proteins在線工具SOSUI東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分類(lèi)和二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線工具。PSIpred MEMSAT2本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。HMMTOP預(yù)測(cè)蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器TMpred預(yù)測(cè)蛋白序列跨膜區(qū)TMHMM預(yù)測(cè)蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server提供蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)，預(yù)測(cè)蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)SMART提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢(xún)，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等SPLIT膜蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器PREDTMR提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)分析的預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)CoPreThi基于INTERNET的JAVA程序，預(yù)測(cè)蛋白的跨膜區(qū)TMAP提供預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)multalin蛋白序列對(duì)照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。Protein Sequence Analysis巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具，絕對(duì)精選。PSAProtein Sequence Analysis 服務(wù)器為美國(guó)波士頓大學(xué)生物分子工程研究中心（the BioMolecular Engineering Research Center ）開(kāi)發(fā)，提交氨基酸序列，預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)及折疊區(qū)域。PRSEMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸組成而非氨基酸序列順序進(jìn)行蛋白家族及各種特性預(yù)測(cè)的服務(wù)器，并將結(jié)果通過(guò)EMAIL發(fā)給您。AAAEMBL氨基酸分析服務(wù)器，與上一個(gè)服務(wù)類(lèi)似，以氨基酸殘基組成為蛋白分析基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析。物理性質(zhì)預(yù)測(cè)：Compute PI/MW Peptidemass://SAPS 基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè)AACompIdent ://二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類(lèi)預(yù)測(cè)nnpredict ~nomi/nnpredictPredictprotein ://SSPRED 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)COILS MacStripe 與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)下載到本地檢索和通過(guò)國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列可聯(lián)網(wǎng)到：“:80/entrz/?db=protein”進(jìn)行檢索。利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列聯(lián)網(wǎng)到：”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。通過(guò)EMAIL進(jìn)行序列檢索當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號(hào)肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來(lái)預(yù)測(cè)跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細(xì)胞用來(lái)將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類(lèi)資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能。疏水性分析位于ExPASy的ProtScale程序（ ）可被用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)的序列接受號(hào)。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大小（n）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等。跨膜區(qū)分析有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法，最簡(jiǎn)單的是直接，觀察
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