16s-rrna靶向變性梯度凝膠電泳指紋圖譜分析微生物菌群-資料下載頁
2025-08-04 07:48本頁面
【正文】 135036131350371313503813135039131350401313504113135042131350431313504413135045131350461313504713135048131350491313505013135051131350521313505313135054131350551313505613135057131350581313505913135060131350。，以便緩沖液在60達(dá)到平衡。，輕輕拔出梳子。，并輕敲“三明治”。，打開蓋子?！叭髦巍?，放入電泳槽中。，直至上緩沖室充滿緩沖液。，打開蓋子。（見注釋10）。，后打開Dcode。，200V電泳10min，調(diào)至85V再電泳16h。 凝膠染色（見注釋11和12）。，放入托盤中進(jìn)行染色觀察和干燥。 DGGE凝膠的統(tǒng)計(jì)分析DGGE凝膠經(jīng)過染色和過夜干燥后用400DPI分辨率掃描，（Applied Maths BVBA，比利時(shí)）進(jìn)行分析。有很多方法用于評(píng)價(jià)DGGE圖譜之間的相似性，主要是通過計(jì)算條帶的有無或者用Pearson積差相關(guān)法比較圖譜的光密度曲線等方法得到相似相指標(biāo)（13,14）。UPGMA算法可以在繪制聚類樹狀圖分析軟件中應(yīng)用。多變量數(shù)據(jù)分析（如CANOCO軟件）也可用于DGGE圖譜分析，關(guān)于其他用于分析微生物群落指紋圖譜的數(shù)據(jù)分析方法在Fromin等的文章中有所討論。4. 注釋1. 其他公司的聚合酶和PCR儀也可使用。2. ，其他染色無需加入。3. GC夾可以連到上游和下游引物，但是通常連到5’端。4. 注意：在DGGE凝膠的電泳和顯影過程中所用的是高毒和致癌物質(zhì)，使用時(shí)，請(qǐng) 佩戴手套，而且當(dāng)被污染時(shí)，及時(shí)更換。5. 玻板的仔細(xì)清洗對(duì)凝膠配制非常關(guān)鍵，油脂點(diǎn)會(huì)導(dǎo)致聚丙烯酰胺凝膠表面扭曲。6. 膠貼如果比大玻璃板還大則無法制備凝膠。7. 避免出現(xiàn)氣泡。8. 使用通風(fēng)柜。9. 將空的三明治放在盒架的另一邊，構(gòu)成一個(gè)封閉上緩沖室。10. 記住上樣是按照鏡面方向。11. 按照Snaguinetti等（16）稍作修改。12. 凝膠也可以用SYBR GOLD或EB及其他染液染色。13. 步驟5~8的溶液按化學(xué)廢棄物處理。參考文獻(xiàn)（
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