16s-rrna靶向變性梯度凝膠電泳指紋圖譜分析微生物菌群-全文預(yù)覽
【正文】 c ggg gcg ggg gca cgg ggg ggc aca agc ggt gga gca tgt gg3’（18）Bact1369R5’gcc cgg gaa cgt att cac cg3’（18）古細(xì)菌Arch109F5’act gct cag taa cac gt3’（19）Uni515GCR5’cgc ccg ggg cgc gcc ccg ggc ggg gcg ggg gca cgg ggg gat cgt att acc gcg gct gct ggc ac3’（20）真核生物Euk1A5’ctg gtt gat cct gcc ag3’（21）Euk516rGC5’cgc ccg ggg cgc gcc ccg ggc ggg gcg ggg gca cgg ggg gac cag act tgc cct cc3’（21） DGGE 凝膠“三明治”制備（見注釋4）、小玻璃板，干燥后用95%乙醇清洗（見注釋5）。 DNA分離DNA可用Fast DNA SPIN Kit（用于土壤）（Q BIOgene，Cambs，United Kingdom）直接從土壤中（或其他樣本）按照說明書進(jìn)行分離。DNA在電場中向正極移動，在特意向序列（兩條核苷酸鏈解離）決定的特定位置溶解。DGGE技術(shù)可以迅速地分析微生物群落。試劑保證不能配錯。將離心管放入PCR儀中，開始按設(shè)定的反應(yīng)擴(kuò)增。根據(jù)大多數(shù)文獻(xiàn)采用的量和濃度去加。2. 材料 利用試劑盒（Fast DNA SPIN Kit）分離DNAFast DNA SPIN Kit（用于土壤）（Q BIOgene，Cambs，United Kingdom）是商品話的DNA分離試劑盒，在實驗室中常用于廣泛的環(huán)境介質(zhì)檢測，包括土壤、沉積物、排泄物。凝膠電泳技術(shù)在快速比較不同環(huán)境中個微生物群落和檢測某一特定的群落在不同時間多個成員內(nèi)的組成變化的研究中非常有效。多以SSU rRNA基因檢測作為普遍的系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記物的分子指紋圖譜方法，常被用于在分子微生物生態(tài)學(xué)中快速檢測不同時間或空間中微生物群落組分的變化，結(jié)合數(shù)理統(tǒng)計分析，這些技術(shù)是研究不斷變化的環(huán)境因子如何影響微生物群落構(gòu)成的有力工具（6,7）。即使細(xì)胞死亡后這些分子仍可以被檢測到。目前已經(jīng)建立了幾種應(yīng)用于環(huán)境樣本中的微生物群落的指紋特征分析方法，其中最常用的方法是PCR擴(kuò)增片段的變性梯度凝膠電泳（denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE），DGGE可以根據(jù)序列將相同長度的DNA片段混合物分開，分離的原理使基于DNA片段在含有梯度變性化合物（通常是尿素和甲酰胺的混合物）配置的聚丙烯酰胺凝膠中的序列特異性融點不同實現(xiàn)的。最近看到一本書《環(huán)境基因組學(xué)實驗指南》其中第十七章題目為“16S rRNA靶向變性梯度凝膠電泳指紋圖譜分析微生物菌群”，它作為一個實驗技術(shù)寫進(jìn)實
教學(xué)教案相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1