三代基因組測(cè)序技術(shù)原理簡介-資料下載頁
2025-07-13 20:59本頁面
【正文】 系統(tǒng)焦磷酸測(cè)序法光學(xué)230400在第二代中最高讀長；比第一代的測(cè)序通量大樣品制備較難；難于處理重復(fù)和同種堿基多聚區(qū)域；試劑沖洗帶來錯(cuò)誤累積；儀器昂貴第二代IlluminaHiSeq2000,HiSeq2500/MiSeq可逆鏈終止物和合成測(cè)序法熒光/光學(xué)2x150很高測(cè)序通量儀器昂貴；用于數(shù)據(jù)刪節(jié)和分析的費(fèi)用很高第二代ABI/Solid5500xlSolid系統(tǒng)連接測(cè)序法熒光/光學(xué)2535很高測(cè)序通量；在廣為接受的幾種第二代平臺(tái)中，所要拼接出人類基因組的試劑成本最低測(cè)序運(yùn)行時(shí)間長；讀長短，造成成本高，數(shù)據(jù)分析困難和基因組拼接困難；儀器昂貴第二代赫利克斯Heliscope單分子合成測(cè)序法熒光/光學(xué)2530高通量；在第二代中屬于單分子性質(zhì)的測(cè)序技術(shù)讀長短，推高了測(cè)序成本，降低了基因組拼接的質(zhì)量；儀器非常昂貴第三代太平洋生物科學(xué)公司PacBio RS實(shí)時(shí)單分子DNA測(cè)序熒光/光學(xué)~1000高平均讀長，比第一代的測(cè)序時(shí)間降低；不需要擴(kuò)增；最長單個(gè)讀長接近3000堿基并不能高效地將DNA聚合酶加到測(cè)序陣列中；準(zhǔn)確性一次性達(dá)標(biāo)的機(jī)會(huì)低（8183%）；DNA聚合酶在陣列中降解；總體上每個(gè)堿基測(cè)序成本高（儀器昂貴）；第三代全基因組學(xué)公司GeXP遺傳分析系統(tǒng)復(fù)合探針錨雜交和連接技術(shù)熒光/光學(xué)10在第三代中通量最高；在所有測(cè)序技術(shù)中，用于拼接一個(gè)人基因組的試劑成本最低；每個(gè)測(cè)序步驟獨(dú)立，使錯(cuò)誤的累積變得最低低讀長；模板制備妨礙長重復(fù)序列區(qū)域測(cè)序；樣品制備費(fèi)事；尚無商業(yè)化供應(yīng)的儀器第三代Ion Torrent/生命技術(shù)公司個(gè)人基因組測(cè)序儀（PGM）合成測(cè)序法以離子敏感場效應(yīng)晶體管檢測(cè)pH值變化100200對(duì)核酸堿基的摻入可直接測(cè)定；在自然條件下進(jìn)行DNA合成（不需要使用修飾過的堿基）一步步的洗脫過程可導(dǎo)致錯(cuò)誤累積；閱讀高重復(fù)和同種多聚序列時(shí)有潛在困難；第三代牛津納米孔公司gridION納米孔外切酶測(cè)序電流尚未定量有潛力達(dá)到高讀長；可以成本生產(chǎn)納米孔；無需熒光標(biāo)記或光學(xué)手段切斷的核苷酸可能被讀錯(cuò)方向；難于生產(chǎn)出帶多重平行孔的裝置 表2：主流測(cè)序機(jī)器的成本測(cè)序比較以下圖10展示了當(dāng)前全球測(cè)序儀的分布情況。圖中的幾個(gè)熱點(diǎn)區(qū)主要分布在中國的深圳（主要是華大），南歐，西歐和美國。圖10. 測(cè)序儀全球分布參考文獻(xiàn)1. Sanger, F. amp。 Nicklen, S. DNA sequencing with chainterminating.74, 5463–5467 (1977).2. Mardis, E. R. Nextgeneration DNA sequencing methods.Annual review of genomics and human genetics9, 387–402 (2008).3. Shendure, J. amp。 Ji, H. Nextgeneration DNA sequencing.Nature biotechnology26, 1135–45 (2008).4. Metzker, M. L. Sequencing technologies the next generation.Nature reviews. Genetics11, 31–46 (2010).5. Niedringhaus, T. P., Milanova, D., Kerby, M. B., Snyder, M. P. amp。 Barron, A. E. Landscape of NextGeneration Sequencing Technologies. 4327–4341 (2011).6. Rothberg, J. M.et al.An integrated semiconductor device enabling nonoptical genome sequencing.Nature475, 348–52 (2011).
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