基因組學(xué)二趙利峰ppt課件-資料下載頁(yè)
2025-04-28 22:56本頁(yè)面
【正文】 pCV BAC (Bacterial Artificial Chromosome) 環(huán)狀 ≈300 kb Pel oBAC系列 PAC (P1derived Artificial chromosome) 環(huán)狀 100 2022 kb PCYPAC1 YAC (Yeast Artificial chromosome ) 酵母細(xì)胞 線性染色體 100 2022 kb MAC (Mammalian Artificial Chromosome) 哺乳類細(xì)胞 線性染色體 〉 1000 kb 病毒載體 動(dòng)物細(xì)胞 環(huán)狀 SV40 載體，昆蟲 桿狀病毒載體 穿梭載體 動(dòng)物細(xì)胞 和細(xì)菌 環(huán)狀 pSVK3質(zhì)粒， PBV, Ti質(zhì)粒 60 重疊群組建 ? 重疊群 contig：相互間存在重疊順序的一組克隆。 ? 最早組建重疊群方法 — 染色體步移 ：從基因組文庫(kù)中挑取一個(gè)指定的或隨機(jī)的克隆，然后在文庫(kù)中尋找與之重疊的第二個(gè)克隆。在此基礎(chǔ)上再尋找第三個(gè)克隆，依次延伸。 ? 染色體步移的速度緩慢，僅適合于小基因組及小區(qū)段染色體的物理圖繪制。 61 染色體步移 62 ? 指紋作圖 ? 指紋 fingerprinting： DNA樣品所具有的特定 DNA片段 組成，限定的 序列特征 。指紋重疊，表明 2個(gè)克隆具有共同的區(qū)段。 ? 限制性帶型指紋 ：用不同限制性酶處理樣品，凝膠分析，DNA條帶有部分相同，說(shuō)明它們含有重疊的序列。 ? 重復(fù)序列 DNA指紋 ：不同克隆酶解電泳，轉(zhuǎn)移到雜交膜中，用一種或幾種基因組范圍的重復(fù)序列作為 探針雜交 ，出現(xiàn)相同的雜交帶型，說(shuō)明克隆重疊。 ? 重復(fù)序列 DNA PCR：設(shè)計(jì)與重復(fù)序列互補(bǔ)的引物，對(duì)檢測(cè)的克隆進(jìn)行 PCR擴(kuò)增，相同的產(chǎn)物，說(shuō)明克隆重疊。 ? STS作圖指紋 ： STS是已知的單一序列。設(shè)計(jì)引物，對(duì)大量的單個(gè)克隆進(jìn)行 PCR擴(kuò)增。 63 3種克隆指紋分析方法 64 染色體細(xì)胞圖 ? 熒光標(biāo)記原位雜交（ FISH）：與同位素雜交的原理相同， DNA熒光染料。熒光標(biāo)記信號(hào)在顯微鏡下觀測(cè)，直接顯示探針與染色體雜交的位置。 ? 雜交技術(shù)的一種延伸，雜交靶子是完整的染色體，由雜交信號(hào)提供作圖信息。將樣品涂抹在載玻片上自然干燥，然后用甲酰胺處理使其變性。 ? 中期染色體：主要用于確定新發(fā)現(xiàn)的分子標(biāo)記屬于哪條染色體，給出十分粗略的染色體定位。 ? 機(jī)械伸展的染色體：分離與制備中期細(xì)胞核，離心，獲得伸展的染色體，長(zhǎng)度增加 20倍。 ? 間期染色體：已獲得基本的位置信息，極度松馳的染色體可用于小區(qū)段分子標(biāo)記排序研究。 65 輻射雜種作圖 ? 主流技術(shù)的缺點(diǎn) ? 限制性作圖：快速，信息詳細(xì)，但不適合大基因組。 ? 重疊群構(gòu)建程序復(fù)雜，費(fèi)時(shí)費(fèi)力。 ? 指紋作圖：對(duì)大基因組存在不少問(wèn)題，如選用的限制酶不當(dāng)或重復(fù)順序干擾，會(huì)出現(xiàn)誤排。 ? 原位雜交：操作困難，資料積累慢，一次實(shí)驗(yàn)定位的分子標(biāo)記不超過(guò) 34 個(gè)。 66 ? STS： sequence tagged site，一小段長(zhǎng)度100500bp的 DNA序列，每個(gè)基因組僅一份拷貝，易分辨。 ? 利用 PCR/雜交分析 STS位置，自動(dòng)操作。 ? 表達(dá)序列標(biāo)簽 EST： cDNA。 ? SSLP：具有多態(tài)性并已在連鎖分析中定位。 ? 隨機(jī)基因組序列：在數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找所感興趣的某些序列。 67 68 ? STS定位：定位在染色體或基因組中的DNA區(qū)段。 ? 輻射雜種 ：含有另一種生物染色體片段的嚙齒類細(xì)胞。 ? 克隆作圖 ：基因組測(cè)序計(jì)劃的準(zhǔn)備工作之一，將基因組或分離的染色體打斷，并將這些片段克隆到高容量的載體中，構(gòu)建全基因組文庫(kù)。 ? PCR方法檢測(cè)含有標(biāo)記的 STS克隆，根據(jù)重疊的 STS標(biāo)記可繪制克隆連鎖圖。 69 70 人類基因組圖 ? 1987年，發(fā)表了第一份人類 RFLP連鎖圖，含有393 RFLP和 10個(gè)其他多態(tài)性標(biāo)記，來(lái)自 21個(gè)家庭，平均密度為 10Mb。 ? 1996年，遺傳圖 5250個(gè) SSLP， 。 ? 1993年， 33000個(gè) YAC。 ? 采取輻射雜種進(jìn)行 STS標(biāo)記作圖，對(duì) YAC物理圖進(jìn)行校正。 ? 1996年 STS圖，含有 7000個(gè) SSLP。 ? 物理圖與遺傳圖彼此銜接，產(chǎn)生一份具綜合性的完全整合的基因組圖，成為人類基因組計(jì)劃測(cè)序階段的工作框架 。 71 Thanks
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