【正文】 、高效的序列數(shù)據(jù)庫。盡管如此，OWL數(shù)據(jù)庫仍然有許多與 NRDB相同的問題，即在該數(shù)據(jù)庫中仍然有一些錯誤的序列和對 GenBank中不正確序列的重翻譯。由于 OWL數(shù)據(jù)庫的更新周期是 68周，因此與其它數(shù)據(jù)庫相比， OWL不是最新的數(shù)據(jù)庫。 51 ? MIPSX:是一個由 Martinsried的 MaxPlanck研究所創(chuàng)建的合成數(shù)據(jù)庫 (Mewes et al., 1998)。MIPSX包含如下數(shù)據(jù)庫的信息： PIR1 MIPS的一級數(shù)據(jù)庫 ——MIPSOwn、 MIPS/PIR一級數(shù)據(jù)庫 ——PIRMOD、 MIPS一級翻譯數(shù)據(jù)庫 ——MIPSTrn、 MIPS酵母數(shù)據(jù)庫 ——MIPSH、 NRL3D、 SWISSPROT、 EMTrans——EMBL的自動翻譯數(shù)據(jù)庫、 GBTrans——翻譯的 GenBank數(shù)據(jù)庫、 Kabat 和 PseqIP。 MIPSX數(shù)據(jù)庫按照表 中所列的上述數(shù)據(jù)庫的順序賦予優(yōu)先級，并將這些數(shù)據(jù)庫中和數(shù)據(jù)庫間的重復序列刪除，只保留該序列的一個相關(guān)信息。另外，也將那些信息完全包含于其它序列中的序列刪除。 52 NRDB OWL MIPSX SP+TrEMBL PDB SWISSPROT PIR GenPept SWISSPROT PIR GenBank NRL3D PIR14 MIPSOwn MIPSTrn MIPSH PIRMOD NRL3D SWISSPROT EMTrans GBTrans Kabat PseqIP SWISSPROT TrEMBL 53 ? NRDB： NRDB(非冗余數(shù)據(jù)庫 )是由 NCBI創(chuàng)建的。該數(shù)據(jù)庫是由 Genpept（來源于 GenBank CDS自動翻譯數(shù)據(jù)庫）、 PDB序列數(shù)據(jù)庫、 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫、 PIR數(shù)據(jù)庫復合而成。因此該數(shù)據(jù)庫是一個較完全的，包含最新信息的數(shù)據(jù)庫。但是，嚴格地來說，這個數(shù)據(jù)庫中包含有冗余的信息，但不包含相同的信息，即在該數(shù)據(jù)庫中已將那些與某一序列相同的序列信息剔除。由于 NRDB是通過簡單的比較方法生成的，因此就會帶來一些問題：例如，一些相同蛋白質(zhì)的相關(guān)重復信息仍然保留在數(shù)據(jù)庫中，在 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫中的一些錯誤序列仍然被引入 NRDB數(shù)據(jù)庫，以及眾多序列與已存在的序列片段重復等。所以，盡管 NRDB數(shù)據(jù)庫被稱作非冗余數(shù)據(jù)庫，但其實是名不副實的。另外， NRDB數(shù)據(jù)庫也被作為 NCBI提供的 BLAST服務的默認數(shù)據(jù)庫。 54 生物大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 PDB： PDB是全世界公認的收錄，處理和發(fā)布生物大分子（主要是蛋白質(zhì)）結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫，是生物大分子結(jié)構(gòu)處理的一級數(shù)據(jù)庫。 1971年創(chuàng)建 ,1998年 10月 1日 RCSB（ The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics）成為 PDB新的管家，至 2022年 3月 12日共收錄有 35460個結(jié)構(gòu)。 PDB僅收錄經(jīng) X－ Ray和 NMR(核磁共振 )實驗方法確定的結(jié)構(gòu)，也就是說預測的結(jié)構(gòu)不能通過 RCSB的法眼。 目前， PDB提供了一系列的研究生物大分子結(jié)構(gòu)以及結(jié)構(gòu)與功能，序列，疾病關(guān)系的資源和工具。毫無疑問，PDB將是您進行生物大分子三維結(jié)構(gòu)研究的入門網(wǎng)站。 ? Pfam : The Pfam protein families database,是蛋白質(zhì)多重序列比對及隱馬爾可夫模型的一個大的集合，包含蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域或蛋白保守區(qū)的多重比對資訊，該資料庫提供了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、多重比對、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域構(gòu)建和物種分布等資訊。其搜索工具，包含分類搜索及結(jié)構(gòu)域查詢，極大地提高了 PFAM資源的功能性和運用。 ? BioMagResBank數(shù)據(jù)庫： NMR實驗的分子 ? MMDB分子模型數(shù)據(jù)庫： MMDB（ The Molecular Modeling Database）隸屬于 NCBI大旗下的分子模型數(shù)據(jù)庫，包含有超過 28 000個的蛋白質(zhì)和核酸三維結(jié)構(gòu)。也許與我們前面介紹的 PDB相比， MMDB利用 Entrez這個強大的工具，把搜索的結(jié)構(gòu)直接鏈接到相關(guān)的序列，引文記錄，分類，結(jié)構(gòu)鄰居等，這真是大大的便利 ,數(shù)據(jù)來自 PDB，但排除理論模型，只收錄實驗記錄 55 56 57 基因組數(shù)據(jù)庫 ? 人類基因組數(shù)據(jù)庫 GDB ? 酵母基因組數(shù)據(jù)庫（ SGD） ? 同源脊椎動物基因組數(shù)據(jù)庫 HOVERGEN ? 擬南芥數(shù)據(jù)庫（ AtDB） ? 在線人類孟德爾遺傳信息數(shù)據(jù)庫（ OMIM） ? 線蟲數(shù)據(jù)庫（ ACEDB） 58 其它數(shù)據(jù)庫： ? 代謝數(shù)據(jù)庫： KEGG、 WIT、 EcoCyc ? 綜合數(shù)據(jù)庫： TDB ? 基因表達數(shù)據(jù)庫 ? 基于分類的二級數(shù)據(jù)庫： SCOP、 CATH、 COGs 59 四、生物信息學數(shù)據(jù)庫工具和分析軟件 (一）、數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡檢索工具： 同源性搜索和序列比對工具： BLAST、 FASTA、 ClustalW 檢索工具： Entrez、 SRS (二）、網(wǎng)絡預測工具： (三）、分子生物學分析本地軟件： DNA分析軟件 RNA結(jié)構(gòu)預測工具 蛋白分析軟件 質(zhì)粒繪圖軟件 引物設計軟件 序列綜合分析軟件 其它軟件：文獻管理軟件、統(tǒng)計軟件、格式轉(zhuǎn)換軟件、序列提交軟件、代謝途徑分析軟件 60 ? SRS:是 Sequence Retrieval System的縮寫，是目前分子生物學最重要的序列和其他數(shù)據(jù)檢索工具之一。由歐洲分子生物學實驗室開發(fā)，最初是為核酸序列數(shù)據(jù)庫EMBL和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫 SwissProt的查詢開發(fā)的。通過輸入關(guān)鍵詞，你就可以對各類數(shù)據(jù)庫關(guān)鍵詞匹配查找，并輸出相關(guān)信息．例如，對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫SwissProt輸入關(guān)鍵詞 insulin(胰島素 )，即可找出該數(shù)據(jù)庫所有胰島素或與胰島素有關(guān)的序列條目(Entry)。 SRS是一個開放的數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)，即不同的SRS查詢系統(tǒng)可以根據(jù)需要安裝不同的數(shù)據(jù)庫，目前共有300多個數(shù)據(jù)庫安裝在世界各地的 SRS服務器上。 SRS可以直接從 LION公司的網(wǎng)頁上查到這些數(shù)據(jù)庫的名稱，并知道它們分別安裝在何處。國內(nèi)北京大學生物信息中心 、微生物所、上海生命科學院、中南大學等單位安裝 SRS系統(tǒng)。你可以打開網(wǎng)頁 SRS數(shù)據(jù)庫查尋系統(tǒng)。進入 SRS主頁，點擊 “ Start”按鈕即可進入 SRS數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)。 61 ? BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)NCBI采用的一套對蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或 DNA數(shù)據(jù)庫中進行相似性比較的分析工具 (當然很多其它生物學數(shù)據(jù)庫都提供了BLAST檢索入口 )。您只需提交您的序列，通過 BLAST查詢就頃刻間從公開數(shù)據(jù)庫中無數(shù)的的序列里找到相似序列。 BLAST結(jié)果中的得分是對一種對相似性的統(tǒng)計說明。 BLAST 采用一種局部的算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。 62 63 64 65 66 67