ch2蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)-資料下載頁
2025-04-26 08:57本頁面
【正文】 被多個(gè)研究小組分別獨(dú)立提出。 肽質(zhì)量指紋鑒定的依據(jù)：第一種蛋白質(zhì)都有特定的氨基酸序列，被特定的蛋白質(zhì)酶水解可以得到一套特定肽鏈片斷（肽片段質(zhì)量圖譜） 。由于每種蛋白質(zhì)的氨基酸序列都不同，蛋白質(zhì)被酶水解后，產(chǎn)生的肽片段序列也各不相同，肽片段質(zhì)量圖譜可用于蛋白質(zhì)的鑒定。 （ 三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 由于在 ESI條件下待分析物可能帶上一個(gè)或多個(gè)電荷，而 MALDITOF ( MatrixAssisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry, 基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜 )分析中的離子一般只帶一個(gè)電荷，比較容易計(jì)算。另外，由于 MALDITOF質(zhì)譜儀產(chǎn)生的質(zhì)譜圖精度較高，而由 ESI質(zhì)譜儀產(chǎn)生的質(zhì)譜圖精度相對(duì)較低。 目前一級(jí)質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)的算法（肽質(zhì)量紋）主要用在 MALDITOF產(chǎn)生的質(zhì)譜圖上。多肽質(zhì)量紋一般都是在 MALDITOF儀器的結(jié)果上進(jìn)行。 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 Bovine Carbonic anhydraseand human Hsp70s protein （ 一級(jí)質(zhì)譜） （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 PMF中的問題 （ 1）質(zhì)量相近的多肽怎么處理？ 限制用來搜索的數(shù)據(jù)庫，如果做的試驗(yàn)用的是小白鼠的組織，那么你可以只在鼠類的數(shù)據(jù)庫中搜索；要求必須有多個(gè)多肽和數(shù)據(jù)庫相匹配，才做出最后的蛋白質(zhì)鑒定。 （ 2）一張質(zhì)譜圖中可能有多個(gè)蛋白存在？ 通常， MALDITOF是與雙向電泳連接使用。雙向電泳的一個(gè)電泳點(diǎn)上可能有 23個(gè)蛋白。 （ 三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 肽氨基酸序列法 在一級(jí)質(zhì)譜圖中，選擇其中的一個(gè)峰，對(duì)其進(jìn)行CID（ Collisioninduced Dissociation），使其在特定的部位斷裂就得到一張二級(jí)質(zhì)譜圖。 這里的假設(shè)是一級(jí)質(zhì)譜中的一個(gè)峰就對(duì)應(yīng)了一個(gè)多肽，實(shí)際情況可能并不是這樣。 對(duì)于一張一級(jí)質(zhì)譜圖，可以選擇多個(gè)峰進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜的操作。這樣就可以適應(yīng)一張質(zhì)譜圖里有多個(gè)蛋白的情況。 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 二級(jí)質(zhì)譜圖 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 多肽在質(zhì)譜分析中的可能斷裂方式 Peptide Sequences and Mass Measurements （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 Fregmentation of Peptide Ions （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 Typical Peptide MS/MS Spectrum （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 數(shù)據(jù)庫搜索的流程 常用的二級(jí)質(zhì)譜的數(shù)據(jù)庫搜索算法包括： Sequest；Mascot； Sonar, GutenTag, OLAV, ProbID。 數(shù)據(jù)庫搜索算法一般包括兩個(gè)步驟： 第一個(gè)步驟是篩選數(shù)據(jù)庫里的多肽，找出所有可能與質(zhì)譜圖匹配的多肽。 第二個(gè)步驟就是拿這些選出來的多肽去和質(zhì)譜圖進(jìn)行比對(duì)，并輸出最高分值的多肽作為一個(gè) PSM（ PeptideSpectrum Match）。 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 MS for Characterization of Proteins and peptide Peptide mass fingerprinting (MALDITOF) Database theoretical digestion Digestion Matching amp。 Scoring Digestion MS for Characterization of Proteins and peptide Peptide Mass Database identification Sequencespecific MS/MS GHVASTYK Digestion （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用 參考文獻(xiàn)：肽質(zhì)量指紋譜鑒定蛋白質(zhì)時(shí)生物信息學(xué)分析條件的優(yōu)化 （三）質(zhì)譜在蛋白質(zhì)鑒定中的應(yīng)用
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