基因組學(xué)二趙利峰ppt課件(參考版)
2025-05-01 22:56本頁面
【正文】 71 Thanks! 。 ? 1996年 STS圖，含有 7000個 SSLP。 ? 1993年， 33000個 YAC。 69 70 人類基因組圖 ? 1987年，發(fā)表了第一份人類 RFLP連鎖圖，含有393 RFLP和 10個其他多態(tài)性標(biāo)記，來自 21個家庭，平均密度為 10Mb。 ? 克隆作圖 ：基因組測序計劃的準(zhǔn)備工作之一，將基因組或分離的染色體打斷，并將這些片段克隆到高容量的載體中，構(gòu)建全基因組文庫。 67 68 ? STS定位：定位在染色體或基因組中的DNA區(qū)段。 ? SSLP：具有多態(tài)性并已在連鎖分析中定位。 ? 利用 PCR/雜交分析 STS位置，自動操作。 ? 原位雜交：操作困難，資料積累慢，一次實(shí)驗(yàn)定位的分子標(biāo)記不超過 34 個。 ? 重疊群構(gòu)建程序復(fù)雜，費(fèi)時費(fèi)力。 ? 間期染色體：已獲得基本的位置信息，極度松馳的染色體可用于小區(qū)段分子標(biāo)記排序研究。 ? 中期染色體：主要用于確定新發(fā)現(xiàn)的分子標(biāo)記屬于哪條染色體，給出十分粗略的染色體定位。 ? 雜交技術(shù)的一種延伸，雜交靶子是完整的染色體，由雜交信號提供作圖信息。 63 3種克隆指紋分析方法 64 染色體細(xì)胞圖 ? 熒光標(biāo)記原位雜交（ FISH）：與同位素雜交的原理相同， DNA熒光染料。 ? STS作圖指紋 ： STS是已知的單一序列。 ? 重復(fù)序列 DNA指紋 ：不同克隆酶解電泳，轉(zhuǎn)移到雜交膜中，用一種或幾種基因組范圍的重復(fù)序列作為 探針雜交 ，出現(xiàn)相同的雜交帶型，說明克隆重疊。指紋重疊，表明 2個克隆具有共同的區(qū)段。 ? 染色體步移的速度緩慢，僅適合于小基因組及小區(qū)段染色體的物理圖繪制。 ? 最早組建重疊群方法 — 染色體步移 ：從基因組文庫中挑取一個指定的或隨機(jī)的克隆，然后在文庫中尋找與之重疊的第二個克隆。 ? P1人工染色體 PAC：結(jié)合 P1載體和 BAC載體的優(yōu)點(diǎn)。 大分子 DNA的克隆載體 55 酵母人工染色體（ YAC）操作 56 ? 噬菌體 P1載體：與 λ載體相似，將天然噬菌體基因組中的一段區(qū)域缺失，容量達(dá) 125kb。 ? 自主復(fù)制起始點(diǎn)：在細(xì)胞中啟動染色體的復(fù)制。 YAC載體由三部分構(gòu)成： ? 著絲粒：在細(xì)胞分裂時負(fù)責(zé)染色體均等分配。 ? 人類基因組是擬南芥基因組的 33倍。 ? 稀有切點(diǎn)限制酶 51 ? 稀有切點(diǎn)限制酶 ? 特殊的凝膠電泳技術(shù)：脈沖凝膠電泳 PFGE（電場方向不斷變換） 52 53 基于克隆的基因組作圖 克隆載體： ? 質(zhì)粒、噬菌體、粘粒 …… ? 啤酒酵母基因組 主要是先構(gòu)建粘粒文庫，然后建立克隆重疊群完成測序。 ? 末端同位素標(biāo)記（或其他標(biāo)記）結(jié)合部分酶切：形成梯形分布帶。 48 ? 限制性作圖 ? 基于克隆的基因組作圖 ? 熒光原位雜交（ FISH） ? 序列標(biāo)記位點(diǎn)（ STS) 物理作圖常用的方法： 49 限制性作圖 ? 比較不同限制酶產(chǎn)生的 DNA片段的大小 ? 單酶切、雙酶切、對比組裝。 46 第三章 物理圖繪制 47 遺傳圖的局限性： ? 遺傳圖的分辨率有限。 ? 不久，另一份物理圖也隨之問世，其密度為每 100kb一個標(biāo)記。 ? 1994年完成，密度達(dá)到 600kb一個標(biāo)記。 ? ⑤ 將 SNPs定位于染色體特定位臵。 ? ③ 掃描 STSs或 ESTs確定候選 SNPs 。 43 44 SNP作圖的一般步驟包括： ? ① 獲取 DNA序列。它的位臵一般在染色體端粒部位。 42 簡單序列長度多態(tài)性 ? 小衛(wèi)星 DNA的核心序列一般為幾個到幾十個核苷酸，不同個體的不同基因座位重復(fù)次數(shù)不同，每個重復(fù)單位的組成可略有變異。如果比較患病者的和正常人的 DNA限制圖譜，可能發(fā)現(xiàn)一個特定的限制性位點(diǎn)通常出現(xiàn) (或者丟失 )在患者 DNA中，原因是限制性標(biāo)記與表型間 100%相關(guān)。 41 基因與分子標(biāo)記的共分離 ? 共分離 ： 如果限制酶多態(tài)性在基因組中自由發(fā)生，則有些會在特定基因附近產(chǎn)生。 ? 交換率： 39/（ 231+39） =14%； A與 B相距 14cM。 ? 由于限制酶的專一性，用不同的限制酶處理同一DNA樣品時，可以產(chǎn)生與之對應(yīng)的不同限制性片斷，從而提供大量位點(diǎn)多態(tài)性信息。 ? 基本設(shè)想： 由于同源染色體同一區(qū)段 DNA順序的差異，用限制酶消化時
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