分子標(biāo)記ssr標(biāo)記ppt課件(編輯修改稿)
2025-06-02 08:13 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 切片段的基因組文庫(kù)中擴(kuò)增，直至獲得微衛(wèi)星序列的另外一側(cè)的序列，再設(shè)計(jì)微衛(wèi)星位點(diǎn)另一端的引物。 539。錨定 PCR 分離 SSR標(biāo)記 ? （ 3）采用 539。錨定 PCR ( 5’anchored PCR)分離 SSR標(biāo)記 ? 采用的 5’帶有 六個(gè)簡(jiǎn)并堿基 錨定的微衛(wèi)星序列引物 .這種引物錨定效果要比 1SSR技術(shù)中的隨機(jī)錨定引物的特異性好，避免了引物在微衛(wèi)星序列上的滑動(dòng) .然后用這個(gè)單引物在基因組 DNA中 擴(kuò)增 ，得到兩端帶有 反向 微衛(wèi)星序列 DNA片段，用 T載體 克隆 PCR產(chǎn)物，然后用Southern雜交 的方法，在高嚴(yán)謹(jǐn)度的條件下，獲得含微衛(wèi)星序列的克隆，然后對(duì)這些陽(yáng)性克隆進(jìn)行 測(cè)序 ，根據(jù)獲得的序列，在微衛(wèi)星序列的側(cè)翼 設(shè)計(jì)引物 ，用 5‘錨定簡(jiǎn)并引物結(jié)合微衛(wèi)星特異性引物，經(jīng)擴(kuò)增后獲得 單位點(diǎn)的 SSR標(biāo)記 . ? 也可以通過(guò)步查獲得微衛(wèi)星序列另一側(cè)的序列，并設(shè)計(jì)另一個(gè)引物，然后用成對(duì)的特異性引物來(lái)擴(kuò)增單個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn) . 5’錨 定 PCR技術(shù)有兩個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)，其一，可以簡(jiǎn)單而快捷地建立 SSR富集文庫(kù) .第二，對(duì)于大多數(shù)位點(diǎn)僅僅需要一個(gè)特異性引物就可以獲得位點(diǎn)特異的共顯性標(biāo)記。因此在以后開(kāi)發(fā)的分離單位點(diǎn)微衛(wèi)星序列的方法中很多都運(yùn)用了這種引物 . SAM PL技術(shù)分離 SSR標(biāo)記 ? SAMP是 Witsenboer等 1997創(chuàng)立的一種分離微衛(wèi)星標(biāo)記的技術(shù) .它同 AFLP一樣具有擇性堿基的 AFLP引物 接頭的連接 和 預(yù)擴(kuò)增 的過(guò)程 .但是在第二步選擇性擴(kuò)增時(shí)，運(yùn)用的是一個(gè) 末端 帶有 3個(gè)選物和 539。錨定微衛(wèi)星引物的組合進(jìn)行 PCR擴(kuò)增 ，通過(guò) 電泳 獲得多位點(diǎn)的微衛(wèi)星圖，通過(guò)不同的 A FLP引物和 539。錨定引物的組合，可以揭示基因組 DNA的所有微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)性 . ? 然而用這種方法獲得的 大多是顯性標(biāo)記 ，共顯性標(biāo)記占少數(shù)，因此有必要把具有重要信息的位點(diǎn)轉(zhuǎn)化為帶有有用信息的微衛(wèi)星標(biāo)記，基于這種想法 H ayden Sharp( 2022)發(fā)表了一種改良 SAM PL程序，獲得 SAM PL圖譜，在分了標(biāo)記連鎖圖上定位 SAIVI(seectively anplified m isatellite)位點(diǎn)選擇有興趣的 SAP位點(diǎn)，然后有選擇的克隆、測(cè)序，根據(jù)這個(gè)微衛(wèi)星序列一側(cè)設(shè)計(jì)一個(gè)特異性引物，用與 F fisher( 1996)相同的方法來(lái)獲得單位點(diǎn)的共顯性的微衛(wèi)星標(biāo)記 . 構(gòu)建富集微衛(wèi)星序列的基因組文庫(kù) ? 構(gòu)建富集微衛(wèi)星序列的基因組文庫(kù)是現(xiàn)在分離單微衛(wèi)星位點(diǎn)的主要方法，它與傳統(tǒng)方法不同在于有一個(gè)富集微衛(wèi)星序列的步驟，按照富集方法的不同，主要有兩種方法 : ? 引物延伸反應(yīng)富集微衛(wèi)星序列 ? 它的大致步驟為 :首先建立以噬菌粒或 M13噬菌體為載體的小片段基因組文庫(kù)這種文庫(kù)叫初級(jí)文庫(kù) .然后用輔助
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