分子標記ssr標記ppt課件-wenkub.com
2025-05-03 08:13 本頁面
【正文】 ? 由于目前對這方面的研究基于傳統(tǒng)的方法比較多，積累起了很多資料，但基于全基因組的 SSR自動化尋找只在國外有所報道。這樣就可以在進行 SSR在基因組中的分布及其與基因組結(jié)構(gòu)進化關(guān)系的研究的同時，得到一套反映等位基因片段多態(tài)性極高的 SSR標記 :從另一個角度，這又為其他特異 PCR標記的研究和開發(fā)提供了許多借鑒和有價值的參考。一端加上 B sgl接頭并擴增、用單酶切 (EcoRl)在標簽兩端產(chǎn)生粘端、連接標簽形成串聯(lián)序列、克隆及測序 . 前景 — 計算機自動化 ? 以前尋找 SSR的方法是通過構(gòu)建文庫，合成短重復(fù)序列分子標記做 Southem雜交，然后將 SSR兩端序列測出來，再設(shè)計引物，篩選多態(tài)性，將分子標記整合到遺傳圖譜上 .周期長 ， 費用大 ，所以有必要在以后基因組時代使用基于全基因組的 計算機自動化SSR標記篩選方法 。TP摻入 DNA中而不會被修復(fù)系統(tǒng)修復(fù)，因此可以積累含 (IUTP的 DNA. ? （ 2）用 M13輔助 }I體超感染初級文庫，產(chǎn)生富含 (IUTP的單鏈環(huán)狀 DNA，并分離出這種單鏈環(huán)狀 DNA. ? （ 3）以單鏈環(huán)狀 DNA為模板，以微衛(wèi)星序列為引物用 PCR方法對含微衛(wèi)星序列的 DNA進行延仲，這樣雙鏈 DNA大多數(shù)是含微衛(wèi)星序列的 . ? （ 4）轉(zhuǎn)化這種反應(yīng)產(chǎn)物到 (dut ung的野生型菌株，由于單鏈 DNA的轉(zhuǎn)化率低，轉(zhuǎn)化得到的克隆大部分為雙鏈 (IUTPase和 U DG,可以利用自身的修復(fù)系統(tǒng)以雙鏈 DNA n1:39。錨定 PCR ( 5’anchored PCR)分離 SSR標記 ? 采用的 5’帶有 六個簡并堿基 錨定的微衛(wèi)星序列引物 .這種引物錨定效果要比 1SSR技術(shù)中的隨機錨定引物的特異性好，避免了引物在微衛(wèi)星序列上的滑動 .然后用這個單引物在基因組 DNA中 擴增 ，得到兩端帶有 反向 微衛(wèi)星序列 DNA片段，用 T載體 克隆 PCR產(chǎn)物，然后用Southern雜交 的方法，在高嚴謹度的條件下，獲得含微衛(wèi)星序列的克隆，然后對這些陽性克隆進行 測序 ，根據(jù)獲得的序列，在微衛(wèi)星序列的側(cè)翼 設(shè)計引物 ，用 5‘錨定簡并引物結(jié)合微衛(wèi)星特異性引物，經(jīng)擴增后獲得 單位點的 SSR標記 . ? 也可以通過步查獲得微衛(wèi)星序列另一側(cè)的序列，并設(shè)計另一個引物，然后用成對的特異性引物來擴增單個微衛(wèi)星位點 . 5’錨 定 PCR技術(shù)有兩個明顯的優(yōu)勢，其一，可以簡單而快捷地建立 SSR富集文庫 .第二，對于大多數(shù)位點僅僅需要一個特異性引物就可以獲得位點特異的共顯性標記。 微衛(wèi)星標記分離技術(shù) ? 為 了避免篩選文庫，現(xiàn)在有一些與其他成熟技術(shù)結(jié)合的分離微衛(wèi)星標記的方法，包括 : ? （ 1）運用 RAM P和 RA PD技術(shù)分離單位點微衛(wèi)星標記 ? RAM P 利用 5’含有四個錨定堿基的微衛(wèi)星引物結(jié)合
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