分子標(biāo)記ssr標(biāo)記ppt課件-資料下載頁
2025-05-06 08:13本頁面
【正文】 在一個載體上串聯(lián)有平均 25個左右的標(biāo)簽，所以一個克隆就可以鑒定出多個微衛(wèi)星位點(diǎn) .在串聯(lián)體中標(biāo)簽和標(biāo)簽間由一段序列 (內(nèi)切酶識別序列 )來標(biāo)志，這樣就可以分辨每個標(biāo)簽和標(biāo)簽的方向 .每個標(biāo)簽長度足夠設(shè)計(jì)引物可以用在基因組 DNA或在酶切的基因組 DNA擴(kuò)增片段池中分離 SSR標(biāo)記了 .它包括 :雙酶切、加接頭經(jīng) PCR擴(kuò)增產(chǎn)生帶有 PstI,M seI頭的擴(kuò)增片段、用接頭引物與微衛(wèi)星錨定引物擴(kuò)增帶有微衛(wèi)星序列的片段、富積帶有微衛(wèi)星序列的擴(kuò)增片段、用且 s型限制性內(nèi)切酶酶切產(chǎn)生標(biāo)簽序列(啤 )、在 339。一端加上 B sgl接頭并擴(kuò)增、用單酶切 (EcoRl)在標(biāo)簽兩端產(chǎn)生粘端、連接標(biāo)簽形成串聯(lián)序列、克隆及測序 . 前景 — 計(jì)算機(jī)自動化 ? 以前尋找 SSR的方法是通過構(gòu)建文庫，合成短重復(fù)序列分子標(biāo)記做 Southem雜交，然后將 SSR兩端序列測出來，再設(shè)計(jì)引物，篩選多態(tài)性，將分子標(biāo)記整合到遺傳圖譜上 .周期長 ， 費(fèi)用大 ，所以有必要在以后基因組時(shí)代使用基于全基因組的 計(jì)算機(jī)自動化SSR標(biāo)記篩選方法 。因而有必要充分的利用不斷增加的基因組序列數(shù)據(jù)資源。通過這個項(xiàng)目能夠建立一整套的 SSR分析方法及軟件開發(fā)的流程，并且繪制出水稻全基因組的遺傳圖譜。 SSR標(biāo)記與 AFLP、 RAPD等標(biāo)記均是以 PCR為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記，但 SSR標(biāo)記的特殊之處在于其具有針對性的微衛(wèi)星結(jié)構(gòu)域，不象其他屬于隨機(jī)多態(tài)性標(biāo)記，重復(fù)率要受到影響，所以尋找 SSR標(biāo)記的方法也是不一樣的。這樣就可以在進(jìn)行 SSR在基因組中的分布及其與基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)化關(guān)系的研究的同時(shí)，得到一套反映等位基因片段多態(tài)性極高的 SSR標(biāo)記 :從另一個角度，這又為其他特異 PCR標(biāo)記的研究和開發(fā)提供了許多借鑒和有價(jià)值的參考。 SNP具有比 SSR更高的多態(tài)性，大約高 10一 100倍，但尋找和研究 SNP的技術(shù)和方法還在發(fā)展之中，一般需要依賴 DNA芯片等設(shè)備，近階段還不能象 SSR一樣在普通實(shí)驗(yàn)室中得到應(yīng)用，也不現(xiàn)實(shí) .如果要完整開發(fā)、研究 SNP，和 STS、 sCAR、 EsT、 AFLP一樣，至少需要具有兩套同源全基因組數(shù)據(jù)，并且排除測序上可能存在的錯誤，這在目前背景中是難于實(shí)現(xiàn)的。而 SSR在具有一個全基因組時(shí)，就可以著手進(jìn)行全面的研究了。如果有兩套基因組，則可以通過電子 PCR方法找出多態(tài)性，這樣還可以減少做多態(tài)性篩選的費(fèi)用。 ? 由于目前對這方面的研究基于傳統(tǒng)的方法比較多，積累起了很多資料，但基于全基因組的 SSR自動化尋找只在國外有所報(bào)道。這項(xiàng)研究能夠填補(bǔ)國內(nèi)在這方面研究的空白，根據(jù)目前掌握的方法，開發(fā)這樣的大規(guī)模的 ssR標(biāo)記及連鎖圖的繪制已經(jīng)不是問題不是不可能的事。 THANK YOU ~~ 作物 081 班
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