[理學(xué)]多序列比對(duì)(編輯修改稿)
2025-02-17 20:41 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 ”號(hào)表示保守性極高的殘基位點(diǎn)；“ .” 號(hào)代表保守性略低的殘基位點(diǎn)。 Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? ClustalW 算法 ?ClustalW是一種漸進(jìn)的比對(duì)方法 (Progressive Alignment Method)（ see next） ?先將多個(gè)序列兩兩比對(duì)構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系； ?然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹，對(duì)關(guān)系密切的序列進(jìn)行加權(quán)； ?然后從最緊密的兩條序列開始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構(gòu)建比對(duì)，直到所有序列都被加入為止。 Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 global alignment 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? Clustal W 使用 ? 輸入地址： ? 設(shè)置選項(xiàng) （ next） Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 郵件或交互式在線獲取結(jié)果 比對(duì)嚴(yán)謹(jǐn)性：full比 fast嚴(yán)謹(jǐn)?shù)M(fèi)時(shí) 系統(tǒng)發(fā)育樹輸出選項(xiàng) 序列輸入 注意格式 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? Clustal W 使用 ?一些選項(xiàng)說明 ?PHYLOGENETIC TREE有三個(gè)選項(xiàng) ? TREE TYPE：構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的算法，有四個(gè)個(gè)選擇 none、 nj（ neighbour joining）、 phylip、 dist ?CORRECT DIST：決定是否做距離修正。對(duì)于小的序列歧異（＜10％），選擇與否不會(huì)產(chǎn)生差異；對(duì)于大的序列歧異，需做出修正。因?yàn)橛^察到的距離要比真實(shí)的進(jìn)化距離低。 ?IGNORE GAPS：選擇 on，序列中的任何空位將被忽視。 ?詳細(xì)說明參見 Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? Clustal W 使用 ? 輸入 5個(gè) 16S RNA 基因序列 ?AF310602 ?AF308147 ?AF283499 ?AF012090 ?AF447394 ? 點(diǎn)擊“ RUN” Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 比對(duì)結(jié)果頁面 調(diào)出“ jalview alignment edit”程序，對(duì)比對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 兩兩比對(duì)結(jié)果 點(diǎn)擊查看比對(duì)文件 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 比對(duì)結(jié)果 版本號(hào) 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 以系統(tǒng)發(fā)育圖顯示 The .dnd file is a file that describes the phylogeic tree 分支圖 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 jalview alignment edit程序，對(duì)比對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯 同一序列 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 系統(tǒng)樹構(gòu)建方法選擇 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 Progressive Alignment Method ? TCoffee (Treebased Consistency Objective Function for alignment Evaluation）： ? Progressive align
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