[理學(xué)]多序列比對(duì)-預(yù)覽頁(yè)
【正文】 g matrix. ? The purpose of most multiple sequence alignment algorithms is to achieve maximum SP scores. 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 其中， c1,c2,…,ck是一列中的 k個(gè)字符， p是關(guān)于一對(duì)字符相似性的打分函數(shù)。 ? 因此，正如我們不能對(duì)雙序列比對(duì)的結(jié)果得出“正確或錯(cuò)誤”的簡(jiǎn)單結(jié)論一樣，多序列比對(duì)的結(jié)果也沒(méi)有絕對(duì)正確和絕對(duì)錯(cuò)誤之分，而只能認(rèn)為所使用的模型在多大程度上反映了序列之間的相似性關(guān)系以及它們的生物學(xué)特征?；A(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用 李裕強(qiáng) 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 第 Ⅲ 部分 生物分子信息的分析 第七章 多序列比對(duì) 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ?本章內(nèi)容： ?多序列比對(duì) ?多序列比對(duì)程序及應(yīng)用 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 第一節(jié)、多序列比對(duì) （ Multiple sequence alignment） ?概念 ?多序列比對(duì)的意義 ?多序列比對(duì)的打分函數(shù) ?多序列比對(duì)的方法 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 概念 ? 多序列比對(duì)（ Multiple sequence alignment） ?align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. ? 為了便于描述，對(duì)多序列比對(duì)過(guò)程可以給出下面的定義：把多序列比對(duì)看作一張二維表，表中每一行代表一個(gè)序列，每一列代表一個(gè)殘基的位置。 通過(guò)插入空位 ， 使 5個(gè)序列中大多數(shù)相同或相似殘基放入同一列 ， 并保持每個(gè)序列殘基順序不變 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? 與雙序列比對(duì)一樣，多序列比對(duì)的方法建立在某個(gè)數(shù)學(xué)或生物學(xué)模型之上。 ?序列同源性分析 ：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來(lái)自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時(shí)比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。 ? 計(jì)算機(jī)程序自動(dòng)比對(duì) ? 通過(guò)特定的算法（如窮舉法，啟發(fā)式算法等），由計(jì)算機(jī)程序自動(dòng)搜索最佳的多序列比對(duì)狀態(tài)。 ?隨著序列數(shù)量的增加，算法復(fù)雜性也不斷增加。 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 第二節(jié) 多序列比對(duì)程序及應(yīng)用 ?Progressive Alignment Method ?Iterative Alignment ?BlockBased Alignment 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 Progressive Alignment Method ? Clustal: ?Clustal，是由 Feng和 Doolittle于 1987年提出的。 ? ?EBI的主頁(yè)還提供了基于 Web的 ClustalW服務(wù)，用戶可以把序列和各種要求通過(guò)表單提交到服務(wù)器上，服務(wù)器把計(jì)算的結(jié)果用 Email返回用戶（或在線交互使用）。 Progressive Alignment Method 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ? ClustalW 算法 ?ClustalW是一種漸進(jìn)的比對(duì)方法 (Progressive Alignment Method)（ see next） ?先將多個(gè)序列兩兩比對(duì)構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系； ?然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹(shù)，對(duì)關(guān)系密切的序列進(jìn)行加權(quán)； ?然后從最緊密的兩條序列開(kāi)始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構(gòu)建比對(duì)，直到所有序列都被加入為止。 ?IGNORE GAPS：選擇 on，序列中的任何空位將被忽視。
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