[醫(yī)學(xué)]第四章bioedit多序列比較的實(shí)際應(yīng)用(編輯修改稿)
2025-02-12 04:53 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 |467621|emb|| matrix metalloproteinase 9 [Bos taurus] ? MSPLQPLVLALLVLACCSAVPRRRQPTVVVFPGEPRTNLTNRQLAEEYLYRYGYTPGAELSEDGQSLQRALLRFQRRLSLPETGELDSTTLNAMRAPRCGVPDVGRFQTFEGELKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYGPEADIVIQFGVREHGDGYPFDGKNGLLAHAFPPGKGIQGDAHFDDEELWSLGKGVVIPTYFGNAKGAACHFPFTFEGRSYSACTTDGRSDDMLWCSTTADYDADRQFGFCPSERLYTQDGNADGKPCVFPFTFQGRTYSACTSDGRSDGYRWCATTANYDQDKLYGFCPTRVDATVTGGNAAGELCVFPFTFLGKEYSACTREGRNDGHLWCATTSNFDKDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHTSVPEALMYPMYRFTEEHPLHRDDVQGIQHLYGPRPEPEPRPPTTTTTTTTEPQPTAPPTVCVTGPPTARPSEGPTTGPTGPPAAGPTGPPTAGPSAAPTESPDPAEDVCNVDIFDAIAEIRNRLHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGRQVWVYTGASLLGPRRLDKLGLGPEVAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQMFPGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNQVDYVGYVTFDLLKCPED ? 這四種輸入序列放在一個(gè)單獨(dú)的文件中，作成 7種可以接受的格式中的一種， ? ClustalW currently supports 7 multiple sequence formats. These are: ? NBRF/PIR ? EMBL / UniProtKB/SwissProt ? Pearson (Fasta) ? GDE ? ALN/ClustalW ? GCG/MSF ? RSF ?然后進(jìn)入 站點(diǎn)，將需要比較的序列輸入工具程序中 ，在圖 “序列輸入窗口”輸入或粘貼需要比較的序列，也可以在“文件輸入窗口”將含有需要比較序列的文件名輸入Clustalw運(yùn)行程序中，進(jìn)行多序列比較。 結(jié)果輸出可以在網(wǎng)頁(yè)中獲得，也可以通過(guò)電子郵件發(fā)到用戶(hù)的信箱。 通過(guò)改變輸出結(jié)果下拉菜單，用戶(hù)可以根據(jù)需要獲得多種形式的輸出結(jié)果。用戶(hù)在執(zhí)行多序列比較時(shí)有很多選擇的自由，用戶(hù)可以設(shè)定空位開(kāi)放和擴(kuò)展的罰分，指出在組建輔助樹(shù)時(shí)分歧到什么程度證明可以跳過(guò)一個(gè)序列，選擇一個(gè)分值矩陣（ BLOSUM或 PAM），并且可以選擇當(dāng)一個(gè)親水殘基出現(xiàn)（或缺失）在一個(gè)特異位點(diǎn)時(shí)，是否要執(zhí)行特異性罰分，如果需要，要罰多少分。 程序會(huì)在屏幕上顯示構(gòu)建輔助樹(shù)的過(guò)程，然后開(kāi)始真正的多序列比較。 G 7 P 2 9 D 1 1 7 E 2 0 2 6 N 0 2 2 0 6 H 2 2 0 0 1 10 Q 2 1 0 2 0 1 6 K 2 1 0 1 0 1 1 5 R 2 2 1 0 0 0 1 3 7 S 0 1 0 0 1 1 0 1 1 4 T 2 1 1 1 0 2 1 1 1 2 5 A 0 1 2 1 1 2 1 1 2 1 0 5 M 2 2 3 2 2 0 0 1 1 2 1
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