[醫(yī)學(xué)]第四章 bioedit多序列比較的實(shí)際應(yīng)用-預(yù)覽頁
【正文】 GKPCVFPFTFQGRTYSACTSDGRSDGYRWCATTANYDQDKLYGFCPTRVDATVTGGNAAGELCVFPFTFLGKEYSACTREGRNDGHLWCATTSNFDKDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHTSVPEALMYPMYRFTEEHPLHRDDVQGIQHLYGPRPEPEPRPPTTTTTTTTEPQPTAPPTVCVTGPPTARPSEGPTTGPTGPPAAGPTGPPTAGPSAAPTESPDPAEDVCNVDIFDAIAEIRNRLHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGRQVWVYTGASLLGPRRLDKLGLGPEVAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQMFPGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNQVDYVGYVTFDLLKCPED ? 這四種輸入序列放在一個(gè)單獨(dú)的文件中，作成 7種可以接受的格式中的一種， ? ClustalW currently supports 7 multiple sequence formats. These are: ? NBRF/PIR ? EMBL / UniProtKB/SwissProt ? Pearson (Fasta) ? GDE ? ALN/ClustalW ? GCG/MSF ? RSF ?然后進(jìn)入 站點(diǎn)，將需要比較的序列輸入工具程序中 ，在圖 “序列輸入窗口”輸入或粘貼需要比較的序列，也可以在“文件輸入窗口”將含有需要比較序列的文件名輸入Clustalw運(yùn)行程序中，進(jìn)行多序列比較。 程序會(huì)在屏幕上顯示構(gòu)建輔助樹的過程，然后開始真正的多序列比較。如果返回的比較出現(xiàn)太多的空位或是不考慮這些蛋白的任何已知信息，用戶就可以再修正參數(shù)，然后返回程序，看它是否影響最終的比較。 ? MultAlin（ 在 INRA Toulouse的一個(gè)環(huán)球網(wǎng)點(diǎn)上很容易地執(zhí)行，要比較的序列按照 FASTA的格式被粘貼到序列輸入框內(nèi)，也可以在文件輸入窗口輸入文件名 , 將序列提交給服務(wù)器。舉例來說，如圖 所示的用 CLUSTAL W比較的同樣的序列被提交給 MultAlin服務(wù)器，接受缺省的比較參數(shù)。 第二節(jié) 基序和模式比較 ? 上述的方法對于多序列比較是非常有用的，缺點(diǎn)是用戶必須事先搜集好需要比較的輸入序列，要么通過一系列的 BLAST或其它的數(shù)據(jù)庫搜索，要么在實(shí)驗(yàn)室里直接作出決定。 ? ProfileScan ?基于經(jīng)典的模式分析的 Gribskov方法 ,ProfileScan使用一種稱為 pfscan的方法尋找一個(gè)蛋白質(zhì)或核酸的查詢序列同一個(gè)模式庫的相似性 ,因此 ,在搜索中需要有模式庫 ?第一個(gè)是 PROSITE（ ExPASy（ ： //）數(shù)據(jù)庫，通過使用基序和序列模式（諸如指紋）將生物學(xué)意義重大的位點(diǎn)收集分類； ?第二個(gè)是 Pfam（ tml） ,收集了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族，與其它收集方法有很大不同的是，最初的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的比較完全是用手工完成的，而不是依靠自動(dòng)化的處理方法，正因?yàn)檫@樣， Pfam幾年前 ,只擁有 500多條款目，但這些款目的質(zhì)量極好。返回的 PROSITE條目顯示蛋白的功能區(qū)，數(shù)字“ Start”和“ End”是顯示出查詢序列和匹配的模式重疊的位點(diǎn) , Bits是序列比較可靠性評分， Evalue是序列比較錯(cuò)誤概率。很明顯，任何一個(gè)獨(dú)立的蛋白都可以包含一個(gè)或者更多個(gè)部件，對應(yīng)于它的每一個(gè)功能和結(jié)構(gòu)基序。所有基于這種形式的方法的核心思想都是觀測殘基占據(jù)比較蛋白質(zhì)部件中的一個(gè)特異位點(diǎn)的幾率， ? BLOCKS（ 搜索可以通過訪問西雅圖的 Fred Hutchinson腫瘤研究中心的 BLOCKS主頁完成 ， 這個(gè)網(wǎng)點(diǎn)很直接 ，允許執(zhí)行基于序列或者關(guān)鍵詞的檢索 。
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