【正文】 點(diǎn)電荷實(shí)際上反映了分子中不同原子的電負(fù)性。當(dāng)原子對間距離在 Cut Off 半徑附近變化時(shí)，由于前一步考慮了原子對之間的相互作用，而后一步不考慮，由此會導(dǎo)致能量發(fā)生跳躍。如果在 50 步范圍之內(nèi)未收斂，可以通過在 SCF 中調(diào)大迭代步數(shù)，或者將 Density Mixing 的 Spin 值調(diào)大的方式來幫助體系收斂。根據(jù)以上規(guī)則，我們可以得到 O、 H 之間的電子密度值。 如果要考察不同原子，如 O 原子本身的重疊電子密度以及 OH 間的重疊電子密度，則需要考慮不同軌道重疊的具體情況。在“電子重疊矩陣”部分，所有數(shù)據(jù)反映各軌道上的電子數(shù)目，其數(shù)據(jù)為真實(shí)值乘以 1000，在處理時(shí)需要注意一下。 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語言進(jìn)行多步 MD 計(jì)算？ A39： 如果只是進(jìn)行 MD 計(jì)算，可以仿照下列格式進(jìn)行： Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ 溫度選項(xiàng) deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 保存 文件為 .his，文件名稱為 readFile history file = frame = 11 讀入 histroy 文件， 文件名稱為 ，第 11 楨 Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 保存文件為 .his， 文件名稱為 注意， 完成后由于后面的 his 文件沒有 .car 文件，需要手動生成 car 文件。 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ A38： Castep 的 Check 文件是一個(gè)二進(jìn)制文件，打開也是亂碼文件了。如果優(yōu)化出來的過渡態(tài)與反應(yīng)物分子非常相近，那么有可能是因?yàn)閯菽苊孑^為復(fù)雜，在反應(yīng)物附近就有能量較低的一階鞍點(diǎn)，造 成優(yōu)化失敗。 Q35：我使用的是 Standalone 方式進(jìn)行 Castep 和 DMol3 計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ A35： 可以按照以下方式處理此類問題： 1. 建立模型，并在設(shè)置計(jì)算參數(shù)； 2. 保存文件，會生成一個(gè)新的目錄（ 該目錄不能夠刪除，否則會影響以后的計(jì)算 ） ； 3. 以 standalone 方式進(jìn)行運(yùn)算，完成后將所有生成文件拷貝并覆蓋原有文件夾中的文件； 4. 在 Project Explorer 上選擇 Refresh，并雙擊激活原有的 xsd 文件； 5. 打開 Analysis 對話框，選擇 Structure，按下 Update 按鈕可以更新結(jié)構(gòu)文件，按下 Create按鈕可以產(chǎn)生軌跡文件。 內(nèi)存 /原子數(shù)平方 硬盤 /原子數(shù)平方 計(jì)算量 /原子數(shù)立 方 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和Reciprocal space，如何取舍？ A33： Real Space 對于大體系計(jì)算，性能提升比較大。 備注： 對于 CASTEP 程序而言，除了和原子的數(shù)量有關(guān)外，還和 空體積數(shù)有關(guān)。 體系所需要的內(nèi)存和硬盤與體系的電子密度的平方倍成正比，如果是同一體系，簡單來講計(jì)算量和原子數(shù)目的平方成正比。此時(shí)，應(yīng)該已經(jīng)達(dá)到了 GFA 在 1G 內(nèi)存機(jī)器上處理體系的上限值。(null)39。 MAC 地址可 以通過 ifconfig –a (windows 下使用 ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現(xiàn) License 文件出錯，則可使用 ~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe 下使用mshostid 來查看 MAC 地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。進(jìn)入 ~msi/ms/share/bin 下，修改 文件，找到 mpiroot=/opt/hpmpi mpimand=/opt/hpmpi/bin/mpirun np ，并改為 mpiroot=/usr/bin/ mpimand=/usr/bin/mpirun np 重新啟動 gateway，并在 Windows 的 server console 中對 mpi 路徑作相關(guān)修改，修改完成后即可順利運(yùn)行。 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補(bǔ)丁加速運(yùn)算速度？ A26： 首先，正常安裝 ，這時(shí)候，一定要確保 CASTEP 和 DMol 可以正常進(jìn)行并行計(jì)算。在 MS 中， CASTEP 程序是使用 GK 也就是綜合考慮兩者的比例來確定并行數(shù)的，所以，在分配 CPU 前一定要認(rèn)真考慮。 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ A22：在 MesoDyn 的隱含文件 中，能看到一個(gè)三維矩陣，該矩陣定義了mask 的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種 mask 結(jié)構(gòu)，該文件的格式為： X1 {Y Z} X2 {Y Z} ???? Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ A23：可以，首先使用 MS 做出 Band Structure 和 DOS 圖，并在圖上單擊右鍵選擇 Copy，打開Excel 就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格 。對于陰離子計(jì)算特別重要。在更短距離內(nèi)的格點(diǎn)計(jì)算方法將提供更高的精確度。 COSMO_Solvent_Radius （指定溶劑探針的半徑，允許的值在 到 之間） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。 ） COSMO_Segments 92 （指定了每個(gè)原子表面的最大片段數(shù)。默認(rèn)設(shè)置為，表示導(dǎo)體，水在室溫下為 ） COSMO_Grid_Size 1082 （程序?qū)γ總€(gè)原子考慮選取多少個(gè)格點(diǎn)來進(jìn)行計(jì)算。 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應(yīng)？ A19：建立好模型后不要急著計(jì)算，請選擇 Save Files，然后在 input 文件中加入相關(guān)語句。 Number of atoms Title Coordinate （ A1 X1 Y1 Z1 A2 X2 Y2 Z2） 使用 MS 打開該 .xyz 文件，會顯示出相關(guān)的原子來。 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。 小技巧 ： 可以先剪切平面，選擇要重新定義 u、 v 軸所對應(yīng)的原子，然后到原來的晶體中去找該原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，直接輸入 mesh 即可。 注意：使用 reuse 和 continuation 關(guān)鍵詞都會使用到 .chk 文件，如果工作計(jì)算失敗，并且沒有得到 .chk 文件，那么只能使用第一種方法開始重新計(jì)算。 Q15：如果 CASTEP 計(jì)算過程中斷電，怎么能夠重新開始計(jì)算呢？在 Keywords 中有兩個(gè)關(guān)鍵詞 Reuse 和 Continuation，它們有什么差異呢？ A15： 這兩個(gè)關(guān)鍵詞都是為了在上一步成功計(jì)算的基礎(chǔ)上，使用最終結(jié)構(gòu)和輸入?yún)?shù)進(jìn)行更進(jìn)一步的計(jì)算的，無法在斷電未生成 check 文件時(shí)重新開始計(jì)算。通過文本編輯器，可以打開相關(guān)的文件，從中可以看到相關(guān)的描述說明。上傳時(shí)請采用 ftp 工具，不要使用 MS 自帶 FTP 工具。 通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結(jié)構(gòu)。 WTR 為水分子的類型，注意 WTR 后有一個(gè)空 格，為四字符格式。一個(gè)簡單的例子如下所示： Task parameters Calculate Molecular_Dynamics Opt_energy_convergence Opt_gradient_convergence A Opt_displacement_convergence A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement A Symmetry on MD and Simulated Annealing Keywords MD_Time_Step MD_Velocity Random 0 MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnd Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid medium Occupation fermi Cutoff_Global angstrom Scf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay Print options Print eigval_last_it Calculated properties Frequency_analysis on Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ A7： 打開 .inp 文件，在文件最后能夠看到 {print history}，將其改為 {print archive}即可，如果只要輸出坐標(biāo)，那么可以采用 + coordinates 關(guān)鍵詞。 如果要改變 Gateway 的端口 18888，在 Linux 下請執(zhí)行以下幾個(gè)命令： 1．進(jìn)入 MS/Gateway 2．運(yùn)行 ./msgateway_control_18888 stop (18888 是程序默認(rèn)端口號 ) 3．運(yùn) 行 ./deconfigureall (刪除已有的 Gateway 信息 ) 4．進(jìn)入 MS/Gateway/config/，找到并修改 ，找到下面這一行： $defs{gw_port} = 18888。 A4： 在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到 Accelrys License Server 啟動，首 先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開始 | 運(yùn)行”中鍵入“ Regedit”命令，查找“ License Server”，多選項(xiàng)只選擇“項(xiàng)”，然后進(jìn)行查找，將“ Server”目錄下的“ Accelrys License Server”全部刪除。如果要限制第二個(gè) Al 原子不能沿著 X 方向移動，那么在該部分的設(shè)置如下： 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 2 5 Al 2 6 Al 3 7 Al 3 8 Al 3