【正文】 目 錄 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ ...................................................... 4 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對相同環(huán)境原子分 配不同力場類型？ ............................................... 4 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ ...................................................................... 4 Q4：在安裝新的 MS 時(shí)，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的 License Server無法正常啟動(dòng)。 ............................................................................................................................................ 5 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號： .................................................................................. 5 Q6：如何使用 DMol3 進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ ................................................................................................. 6 Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ ................................................................................................ 7 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ ......................................................................... 7 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ .................................................................................... 7 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ ..................................................................................................... 7 Q12，如何以 Standalone 方式運(yùn)行 Discover 作業(yè)？ ................................................................................. 8 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ ....................................... 8 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進(jìn)行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ ...... 8 Q15：如果 CASTEP計(jì)算過程中斷電，怎么能夠重新開始計(jì)算呢？在 Keywords中有兩個(gè)關(guān)鍵詞 Reuse和 Continuation，它們有什么差異呢？ ...................................................................................................... 8 Q16：如果我在 Cleave 一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長方形的表面來呢？ .................................................................................................... 9 Q17：在使用 DMol 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ ........................................................................ 9 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。 ........................................................................... 9 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應(yīng)？ ............................................................................................... 10 Q20：如何使用 MS 軟件計(jì)算高分子的玻璃化溫度？ ........................................................................... 11 Q21：在使用 MS 進(jìn)行計(jì)算的時(shí)候，中間的 xcd 文件無法及時(shí)更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ ......................................................................................................................................................... 12 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ ............................................................................. 12 Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ .............................................. 12 Q24：怎么樣能讓 CASTEP 在并行計(jì)算時(shí)更有效？ .............................................................................. 12 Q25：在使用 DMol 計(jì)算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時(shí)，經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個(gè)虛頻，怎么回事？ .................... 13 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補(bǔ)丁加速運(yùn)算速度？ ................................... 13 Q27：為什么我在 Linux 下安裝 license 的時(shí)候，總是報(bào)錯(cuò)呢？ .......................................................... 13 Q28：在使用 SGI Altix350，打補(bǔ)丁后運(yùn)行 –np n seedname 的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤：MPI： asgetinfo_array(39。(null)39。) failed : array services not available，怎么解決？ ............................... 14 Q29： MS 的 GFA 是怎么對參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān) 系？ ....................................... 14 Q30： DFT 方法對計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ .......................................................................... 15 Q31：為什么當(dāng) DMol3 在我機(jī)器上運(yùn)行過的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤： floatingpoint assist fault？ ..................................................................................................................................................................... 16 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ .................................. 16 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ ..................................................................................................................................... 17 Q34：如何從 Discover 的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ ............................... 17 Q35：我使用的是 Standalone 方式進(jìn)行 Castep 和 DMol3 計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ ............................................................................................................................................................. 17 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來搜索過渡態(tài)？ ........... 17 Q37：在使用 CASTEP 進(jìn)行過渡態(tài)（ TS）搜索時(shí)，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對該軌跡文件進(jìn)行 TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行 save files 時(shí)，卻無法完成提 示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. ......................................................................... 18 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ .................................................. 18 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語言進(jìn)行多步 MD 計(jì)算 ？ .......................................................... 18 Q40：如何用 Dmol3 計(jì)算 Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ ................................................................ 21 Q41：如何使用 Castep 程序計(jì)算 IR 振動(dòng)，為什么計(jì)算老是說不收斂？ ............................................ 22 Q42：為什么我在手工使用 Castep 計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒有Check 文件？ .............................................................................................................................................. 22 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ ................................................. 22 Q44： Castep 中的 Empty Band 有何用處？怎么設(shè)置？ ......................................................................... 25 Q45： CASTEP 中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ ............................................................................... 25 Q46：如何在 MS 中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ ....................................... 26 Q47：如何在 DMol3 中顯示大于 999 號軌道的 Homo 和 Lumo 軌道？ .............................................