【正文】 2：在 input 文件中使用 Vibration_Restart 關(guān)鍵詞， 就可以重新開始頻率計(jì)算了，文件的格式為： on 重新開始頻率計(jì)算，需要 文件 off 不重新開始頻率計(jì)算 file 重新開始頻率計(jì)算，需 要從下一行讀入數(shù)據(jù)。 如果要驗(yàn)證，有一個(gè)很簡單的方法，即將所有格點(diǎn)的電荷相加，再除以所取格點(diǎn)的總數(shù)，這樣得到的數(shù)目和體系的總價(jià)電子數(shù)目相等。 注意 ，在計(jì)算 IR 的時(shí)候， SCF 的收斂誤差雖然給的是 ，但在實(shí)際計(jì)算的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，只有當(dāng)兩次 SCF 之間的差值小于 以后，才能夠順利開始計(jì)算體系的 IR 值。當(dāng)然，對(duì)于較小的體系，則可以設(shè)置足夠大的 Cutoff半徑來保證所有的相互作用都被考慮進(jìn)來?！败壍馈币豁?xiàng)表明不同的分子軌道，例如 10 表示 1S 軌道， 21 則表示 2P 軌道。 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來搜索過渡態(tài)？ A36： 在做過渡態(tài)搜索時(shí)候，有幾種方法，一種是使用得 QST2 的方法，即知道了反應(yīng)物和產(chǎn)物，通過搜索反應(yīng)路徑上的一階鞍點(diǎn)來搜尋過渡態(tài)的方法，在 DMol3 里，即為 TS Search，另一種是直接從單個(gè)分子出發(fā)，搜索可能的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)，此方法單純計(jì)算能量的二階導(dǎo)數(shù)，看是否有只有一個(gè)虛頻點(diǎn)，在 DMol 中，即為 TS Optimization。 提示： 在實(shí)際進(jìn)行 QSAR 研究時(shí)， 160 個(gè)參數(shù)已經(jīng)是非常多的體系了，建議在進(jìn)行處理之前，先使用相關(guān)性矩陣將所有的參數(shù)進(jìn)行排序，剔除出那些相關(guān)性非常高的參數(shù)，這樣，在進(jìn)行 GFA分析時(shí)會(huì)大大降低參數(shù)的數(shù)目，同時(shí)，也會(huì)幫助我們對(duì)得到的回歸方程進(jìn)行分析。 注意 ：此時(shí)， CASTEP 和 DMol 可能在進(jìn)行超過 8CPUs 并行計(jì)算時(shí)出錯(cuò)，不用管它，只要能夠在 2CPUs 以上并行正常就可以打補(bǔ)丁了，打完補(bǔ)丁后，遇到的問題就可以解決了。 COSMO_Radius_Incr （ 指定構(gòu)造 Cosmo 孔穴時(shí)原子半徑的增量） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。 COSMO on （使用 COSMO 方法考慮溶劑化效應(yīng)） COnductorlike Screening Model 是連續(xù)介質(zhì)模型，用介電常數(shù)的連續(xù)介質(zhì)來反映溶液，而溶質(zhì)分子會(huì)形成孔穴。 如果要在斷電后重新計(jì)算，那么可以采用以下方法。 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ A9： 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，然后將 .car 和 .input 文件上傳到 Linux 服務(wù)器上。 重新啟動(dòng)機(jī)器。) failed : array services not available，怎么解決？ ............................... 14 Q29： MS 的 GFA 是怎么對(duì)參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān) 系？ ....................................... 14 Q30： DFT 方法對(duì)計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ .......................................................................... 15 Q31：為什么當(dāng) DMol3 在我機(jī)器上運(yùn)行過的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤： floatingpoint assist fault？ ..................................................................................................................................................................... 16 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ .................................. 16 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ ..................................................................................................................................... 17 Q34：如何從 Discover 的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ ............................... 17 Q35：我使用的是 Standalone 方式進(jìn)行 Castep 和 DMol3 計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ ............................................................................................................................................................. 17 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來搜索過渡態(tài)？ ........... 17 Q37：在使用 CASTEP 進(jìn)行過渡態(tài)（ TS）搜索時(shí)，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對(duì)該軌跡文件進(jìn)行 TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行 save files 時(shí)，卻無法完成提 示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. ......................................................................... 18 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ .................................................. 18 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語言進(jìn)行多步 MD 計(jì)算 ？ .......................................................... 18 Q40：如何用 Dmol3 計(jì)算 Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ ................................................................ 21 Q41：如何使用 Castep 程序計(jì)算 IR 振動(dòng)，為什么計(jì)算老是說不收斂？ ............................................ 22 Q42：為什么我在手工使用 Castep 計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒有Check 文件？ .............................................................................................................................................. 22 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ ................................................. 22 Q44： Castep 中的 Empty Band 有何用處？怎么設(shè)置？ ......................................................................... 25 Q45： CASTEP 中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ ............................................................................... 25 Q46：如何在 MS 中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ ....................................... 26 Q47：如何在 DMol3 中顯示大于 999 號(hào)軌道的 Homo 和 Lumo 軌道？ .............................................. 27 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn) Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ A1： 這是由于在進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，選用的 Ensemble 不相同，如果選用了 Parrinello 方法，將使用 Stress 來進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的 Stress與外部 Pressure 相等。 注意： 在具有周期邊界條件的體系中，在 Nobond 中，選擇 Summation 方式為 Ewald（考慮分子間長程作用） 然后進(jìn)行計(jì)算才能正確 生成 能量表達(dá)式，其他方式計(jì)算可能會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤發(fā)生（分母為零）。一個(gè)簡單的例子如下所示： Task parameters Calculate Molecular_Dynamics Opt_energy_convergence Opt_gradient_convergence A Opt_displacement_convergence A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement A Symmetry on MD and Simulated Annealing Keywords MD_Time_Step MD_Velocity Random 0 MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnd Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid medium Occupation fermi Cutoff_Global angstrom Scf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay Print options Print eigval_last_it Calculated properties Frequency_analysis on Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ A7： 打開 .inp 文件，在文件最后能夠看到 {print history}，將其改為 {print archive}即可，如果只要輸出坐標(biāo)，那么可以采用 + coordinates 關(guān)鍵詞。通過文本編輯器，可以打開相關(guān)的文件，從中可以看到相關(guān)的描述說明。 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。 ） COSMO_Segments 92 （指定了每個(gè)原子表面的最大片段數(shù)。 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ A22：在 MesoDyn 的隱含文件 中，能看到一個(gè)三維矩陣，該矩陣定義了mask 的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種 mask 結(jié)構(gòu)，該文件的格式為： X1 {Y Z} X2 {Y Z} ???? Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ A23：可以，首先使用 MS 做出 Band Structure 和 DOS 圖，并在圖上單擊右鍵選擇 Copy，打開Excel 就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格 。 MAC 地址可 以通過 ifconfig –a (windows 下使用 ipco