【正文】 ture_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ 溫度選項 deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 保存 文件為 .his，文件名稱為 readFile history file = frame = 11 讀入 histroy 文件， 文件名稱為 ，第 11 楨 Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 保存文件為 .his， 文件名稱為 注意， 完成后由于后面的 his 文件沒有 .car 文件，需要手動生成 car 文件。 如果要考察不同原子，如 O 原子本身的重疊電子密度以及 OH 間的重疊電子密度，則需要考慮不同軌道重疊的具體情況。如果在 50 步范圍之內(nèi)未收斂，可以通過在 SCF 中調(diào)大迭代步數(shù)，或者將 Density Mixing 的 Spin 值調(diào)大的方式來幫助體系收斂。點電荷實際上反映了分子中不同原子的電負性。當(dāng)原子對間距離在 Cut Off 半徑附近變化時，由于前一步考慮了原子對之間的相互作用，而后一步不考慮，由此會導(dǎo)致能量發(fā)生跳躍。根據(jù)以上規(guī)則，我們可以得到 O、 H 之間的電子密度值。在“電子重疊矩陣”部分，所有數(shù)據(jù)反映各軌道上的電子數(shù)目，其數(shù)據(jù)為真實值乘以 1000，在處理時需要注意一下。 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ A38： Castep 的 Check 文件是一個二進制文件，打開也是亂碼文件了。 Q35：我使用的是 Standalone 方式進行 Castep 和 DMol3 計算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ A35： 可以按照以下方式處理此類問題： 1. 建立模型，并在設(shè)置計算參數(shù)； 2. 保存文件，會生成一個新的目錄（ 該目錄不能夠刪除，否則會影響以后的計算 ） ； 3. 以 standalone 方式進行運算，完成后將所有生成文件拷貝并覆蓋原有文件夾中的文件； 4. 在 Project Explorer 上選擇 Refresh，并雙擊激活原有的 xsd 文件； 5. 打開 Analysis 對話框，選擇 Structure，按下 Update 按鈕可以更新結(jié)構(gòu)文件，按下 Create按鈕可以產(chǎn)生軌跡文件。 備注： 對于 CASTEP 程序而言，除了和原子的數(shù)量有關(guān)外，還和 空體積數(shù)有關(guān)。此時，應(yīng)該已經(jīng)達到了 GFA 在 1G 內(nèi)存機器上處理體系的上限值。 MAC 地址可 以通過 ifconfig –a (windows 下使用 ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現(xiàn) License 文件出錯，則可使用 ~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe 下使用mshostid 來查看 MAC 地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補丁加速運算速度？ A26： 首先，正常安裝 ，這時候，一定要確保 CASTEP 和 DMol 可以正常進行并行計算。 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ A22：在 MesoDyn 的隱含文件 中，能看到一個三維矩陣，該矩陣定義了mask 的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種 mask 結(jié)構(gòu)，該文件的格式為： X1 {Y Z} X2 {Y Z} ???? Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ A23：可以，首先使用 MS 做出 Band Structure 和 DOS 圖，并在圖上單擊右鍵選擇 Copy，打開Excel 就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格 。在更短距離內(nèi)的格點計算方法將提供更高的精確度。 ） COSMO_Segments 92 （指定了每個原子表面的最大片段數(shù)。 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應(yīng)？ A19：建立好模型后不要急著計算，請選擇 Save Files，然后在 input 文件中加入相關(guān)語句。 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。 注意：使用 reuse 和 continuation 關(guān)鍵詞都會使用到 .chk 文件，如果工作計算失敗，并且沒有得到 .chk 文件，那么只能使用第一種方法開始重新計算。通過文本編輯器，可以打開相關(guān)的文件，從中可以看到相關(guān)的描述說明。 通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結(jié)構(gòu)。一個簡單的例子如下所示： Task parameters Calculate Molecular_Dynamics Opt_energy_convergence Opt_gradient_convergence A Opt_displacement_convergence A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement A Symmetry on MD and Simulated Annealing Keywords MD_Time_Step MD_Velocity Random 0 MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnd Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid medium Occupation fermi Cutoff_Global angstrom Scf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay Print options Print eigval_last_it Calculated properties Frequency_analysis on Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ A7： 打開 .inp 文件，在文件最后能夠看到 {print history}，將其改為 {print archive}即可，如果只要輸出坐標，那么可以采用 + coordinates 關(guān)鍵詞。 A4： 在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到 Accelrys License Server 啟動，首 先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開始 | 運行”中鍵入“ Regedit”命令，查找“ License Server”，多選項只選擇“項”，然后進行查找，將“ Server”目錄下的“ Accelrys License Server”全部刪除。 注意： 在具有周期邊界條件的體系中，在 Nobond 中，選擇 Summation 方式為 Ewald（考慮分子間長程作用） 然后進行計算才能正確 生成 能量表達式，其他方式計算可能會導(dǎo)致錯誤發(fā)生（分母為零）。(null)39。) failed : array services not available，怎么解決？ ............................... 14 Q29： MS 的 GFA 是怎么對參數(shù)進行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān) 系？ ....................................... 14 Q30： DFT 方法對計算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ .......................................................................... 15 Q31：為什么當(dāng) DMol3 在我機器上運行過的時候，總是出現(xiàn)以下錯誤： floatingpoint assist fault？ ..................................................................................................................................................................... 16 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ .................................. 16 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ ..................................................................................................................................... 17 Q34：如何從 Discover 的輸出文件中查看每楨中原子的坐標以及速率等信息？ ............................... 17 Q35：我使用的是 Standalone 方式進行 Castep 和 DMol3 計算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ ............................................................................................................................................................. 17 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個來搜索過渡態(tài)？ ........... 17 Q37：在使用 CASTEP 進行過渡態(tài)（ TS）搜索時，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個軌跡文件之后，對該軌跡文件進行 TS search 運算時，在本機直接計算可以進行，但是進行 save files 時，卻無法完成提 示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. ......................................................................... 18 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ .................................................. 18 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語言進行多步 MD 計算 ？ .......................................................... 18 Q40：如何用 Dmol3 計算 Overlay Matrix，并進一步分析？ ................................................................ 21 Q41：如何使用 Castep 程序計算 IR 振動，為什么計算老是說不收斂？ ............................................ 22 Q42：為什么我在手工使用 Castep 計算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時候，程序始終提示沒有Check 文件？ ........