【正文】 并運行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動 gateway) 經(jīng)過上述步驟后， Gateway 的端口號即被改為 1XXXX。一個簡單的例子如下所示： Task parameters Calculate Molecular_Dynamics Opt_energy_convergence Opt_gradient_convergence A Opt_displacement_convergence A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement A Symmetry on MD and Simulated Annealing Keywords MD_Time_Step MD_Velocity Random 0 MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnd Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid medium Occupation fermi Cutoff_Global angstrom Scf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay Print options Print eigval_last_it Calculated properties Frequency_analysis on Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ A7： 打開 .inp 文件，在文件最后能夠看到 {print history}，將其改為 {print archive}即可，如果只要輸出坐標，那么可以采用 + coordinates 關鍵詞。 Q8：如何使用 rattle 關鍵詞來限制水分子的幾何結構？ A8： 首先打開所需要進行限制的分子結構，在 Dynamics 選項下保存文件，會發(fā)現(xiàn)有一個叫做 .car的文件，打開此文件進行編輯。 WTR 為水分子的類型，注意 WTR 后有一個空 格，為四字符格式。然后重新打開此文件，在此文件的基礎上進行修改，然后在 .inp 文件中加入以下語句： rattle water waterType SPC tolerance 1e4 完成上述操作后，運行此文件即可。 通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結構。采用 dos2unix 命令轉(zhuǎn)換 .input 文件格式。上傳時請采用 ftp 工具，不要使用 MS 自帶 FTP 工具。下面是加了電場和沒加電場得到的數(shù)據(jù)對比： water No EF EF(Z) EF(X) Energy Dipole O Charge H Charge HOMO C nanocube No EF EF Energy Homo Q12，如何以 Standalone 方式運行 Discover 作業(yè)？ A12， 在 MS 中完成 DMol 設置后，保存 Files，對于 MM 和 MD 有不同的處理方式，對 MM，需要上傳 .car 和 .inp 文件到 Linux 操作系統(tǒng)下，使用命令 dos2unix 將 .inp 文件轉(zhuǎn)換為 Unix 格式，再使用 Discover 安裝目錄 /bin/ seedname來運行 MM 計算；對 MD 計算，需要上傳 .car、 .inp 和 .mdf 文件到 Linux 操作系統(tǒng)下，使用命令 dos2unixj 將 .inp 和 .mdf 文件轉(zhuǎn)換為 Unix 格式，再使用 Discover 安裝目錄 /bin/ seedname來運行 MD 計算。通過文本編輯器，可以打開相關的文件，從中可以看到相關的描述說明。 打開 Input 文件，找到下面一行文件： Cartesian constraints Opt_fixed 1 XYZ 其中， XYZ 表示對 XYZ 坐標都進行限制，如果只沿著 Z 方向進行優(yōu)化，那么要將這一行改為1 XY，保存文件，并 Run Files 就可以了。 Q15：如果 CASTEP 計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在 Keywords 中有兩個關鍵詞 Reuse 和 Continuation，它們有什么差異呢？ A15： 這兩個關鍵詞都是為了在上一步成功計算的基礎上，使用最終結構和輸入?yún)?shù)進行更進一步的計算的，無法在斷電未生成 check 文件時重新開始計算。在這里可以對相關設置進行修改已開始其他的計算工作。 注意：使用 reuse 和 continuation 關鍵詞都會使用到 .chk 文件，如果工作計算失敗，并且沒有得到 .chk 文件，那么只能使用第一種方法開始重新計算。 用已經(jīng)部分優(yōu)化了的幾何構型重新交作業(yè) ； 使用的是最后一楨優(yōu)化過的結構，能夠接著上面的工作繼續(xù)開始優(yōu)化，但是第一次 SCF 計算過程會比較長一些，因為要估算受力情況，接下來就進入了正常計算部分 。 小技巧 ： 可以先剪切平面，選擇要重新定義 u、 v 軸所對應的原子，然后到原來的晶體中去找該原子的分數(shù)坐標，直接輸入 mesh 即可。另外，如果為了轉(zhuǎn)換晶胞 (如三斜轉(zhuǎn)換為正交，在 Cleave Surface 的時候需要對 Depth 特別注意，一定要讓上層原子和下層原子完全重合，然后再加 0A 的真空層。 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關的晶體結構。首先 ，將晶體的分數(shù)坐標拷貝到 Word 中，使用“表格 | 轉(zhuǎn)換 | 文本轉(zhuǎn)換為表格”，將文本轉(zhuǎn)換為表格形式。 Number of atoms Title Coordinate （ A1 X1 Y1 Z1 A2 X2 Y2 Z2） 使用 MS 打開該 .xyz 文件，會顯示出相關的原子來。 使用 Lattice Parameter 將相應的 Alpha、 Beta 和 Sigma 調(diào)整至合適角度。 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應？ A19：建立好模型后不要急著計算，請選擇 Save Files，然后在 input 文件中加入相關語句。溶質(zhì)的 電荷分布會使電介質(zhì)發(fā)生發(fā)生極化，而電介質(zhì)的響應 則用孔穴表面所產(chǎn)生的屏蔽（或者極化）電荷來描述。默認設置為，表示導體，水在室溫下為 ） COSMO_Grid_Size 1082 （程序?qū)γ總€原子考慮選取多少個格點來進行計算。 ） COSMO 表面是環(huán)繞著溶質(zhì)分子，以不同原子為中心的球體表面重疊而成的。 ） COSMO_Segments 92 （指定了每個原子表面的最大片段數(shù)。） 程序?qū)⒏顸c分配給不同的片斷，并在不同的片 斷上加屏蔽電荷，電荷個數(shù)等于片段數(shù)。 COSMO_Solvent_Radius （指定溶劑探針的半徑，允許的值在 到 之間） 注意，該參數(shù)用于構造 Cosmo 孔穴，不應該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關鍵詞時更是如此。該參數(shù)不應當小于 ） 表面上電荷之間的靜電相互作用不僅決定于 片 斷而且也和格點有關系，這依賴于該參數(shù)設置的距離大小。在更短距離內(nèi)的格點計算方法將提供更高的精確度。 COSMO_RadCorr_Incr （用來構造外部孔穴，以進行遠離中心 的電荷校正） 注意，該參數(shù)用于構造 Cosmo 孔穴，不應該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關鍵詞時更是如此。對于陰離子計算特別重要。此外，在計算密度時會用到 NPT 系綜，可以選擇各向同性的 Andersen 方法。 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ A22：在 MesoDyn 的隱含文件 中，能看到一個三維矩陣，該矩陣定義了mask 的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種 mask 結構，該文件的格式為： X1 {Y Z} X2 {Y Z} ???? Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ A23：可以，首先使用 MS 做出 Band Structure 和 DOS 圖，并在圖上單擊右鍵選擇 Copy，打開Excel 就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格 。 Q24：怎么樣 能讓 CASTEP 在并行計算時更有效？ A24： CASTEP 是按照兩種方式來并行計算的，分別為 G Vectors 和 K Points 并行。在 MS 中， CASTEP 程序是使用 GK 也就是綜合考慮兩者的比例來確定并行數(shù)的，所以，在分配 CPU 前一定要認真考慮。這時候就要注意振動的模式了，如果只是某些鍵的扭轉(zhuǎn)，或者一些不大的平動，那么基本上就可以忽略過去了。 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補丁加速運算速度？ A26： 首先，正常安裝 ，這時候，一定要確保 CASTEP 和 DMol 可以正常進行并行計算。如果不打補丁，那么請修改 ~msi/ms/share/bin/ 文件，將 globmemory 8000000 改大即可。進入 ~msi/ms/share/bin 下，修改 文件，找到 mpiroot=/opt/hpmpi mpimand=/opt/hpmpi/bin/mpirun np ，并改為 mpiroot=/usr/bin/ mpimand=/usr/bin/mpirun np 重新啟動 gateway，并在 Windows 的 server console 中對 mpi 路徑作相關修改，修改完成后即可順利運行。方法如下：將 文件拷貝到 ~msi/ms/share/lib 下 ，解壓縮替換 ，修改該文件權限為 755，完成后即可。 MAC 地址可 以通過 ifconfig –a (windows 下使用 ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現(xiàn) License 文件出錯，則可使用 ~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe 下使用mshostid 來查看 MAC 地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。 如果還是不行， 那么還可以在安裝 License 文件后使用以下命令來檢查 license 文件的合法性，為 (License 及以前版本 )： source ~msi/License_Pack/msi_lic_cshrc lmstat （查看當前 license 文件是否能夠正常運行） license_verifier (查看當前 License 文件的合法性，如果有問題，會有提示 ) 注意上述兩個命令使用后所出現(xiàn)的結果，并詳細檢查 License 文件格式。(null)39。如果使用 10 個參數(shù)做一個簡單的計算就可以發(fā)現(xiàn)： 參數(shù)數(shù)目 操作 公式 none 10 無操作 n Binary Interaction 55 A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+ 2nC Simple Quadratic 20 A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2n Full Quadratic 65 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and A*C 2n+ 2nC Simple Cubic 20 A, B, C, A^3, B^3, and C^3 2n Full Cubic 285 A,