【正文】 9 Al 4 10 Al 4 11 Al 4 注意， 編號要順次后移，否則會出錯，黑色部分分別對應(yīng)于 x、 y、 z 三個方向，完成后，使用 Run Files 方式即可進行計算。 注意： 在具有周期邊界條件的體系中，在 Nobond 中，選擇 Summation 方式為 Ewald（考慮分子間長程作用） 然后進行計算才能正確 生成 能量表達式，其他方式計算可能會導(dǎo)致錯誤發(fā)生（分母為零）。因此，計算后的 Pressure 值和設(shè)定值相同。(null)39。目 錄 Q1：為什么使用 Discover 進行 Dynamics 計算時，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計算結(jié)果中會出現(xiàn)Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向為 1GPa 的情況？ ...................................................... 4 Q2：如何在 Discover 計算中分別對相同環(huán)境原子分 配不同力場類型？ ............................................... 4 Q3：如何在 CASTEP 計算中限制某個原子的移動方向？ ...................................................................... 4 Q4：在安裝新的 MS 時，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的 License Server無法正常啟動。) failed : array services not available，怎么解決？ ............................... 14 Q29： MS 的 GFA 是怎么對參數(shù)進行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān) 系？ ....................................... 14 Q30： DFT 方法對計算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ .......................................................................... 15 Q31：為什么當(dāng) DMol3 在我機器上運行過的時候，總是出現(xiàn)以下錯誤： floatingpoint assist fault？ ..................................................................................................................................................................... 16 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ .................................. 16 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ ..................................................................................................................................... 17 Q34：如何從 Discover 的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ ............................... 17 Q35：我使用的是 Standalone 方式進行 Castep 和 DMol3 計算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ ............................................................................................................................................................. 17 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個來搜索過渡態(tài)？ ........... 17 Q37：在使用 CASTEP 進行過渡態(tài)（ TS）搜索時，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個軌跡文件之后，對該軌跡文件進行 TS search 運算時，在本機直接計算可以進行，但是進行 save files 時，卻無法完成提 示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. ......................................................................... 18 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ .................................................. 18 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語言進行多步 MD 計算 ？ .......................................................... 18 Q40：如何用 Dmol3 計算 Overlay Matrix，并進一步分析？ ................................................................ 21 Q41：如何使用 Castep 程序計算 IR 振動，為什么計算老是說不收斂？ ............................................ 22 Q42：為什么我在手工使用 Castep 計算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時候，程序始終提示沒有Check 文件？ .............................................................................................................................................. 22 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ ................................................. 22 Q44： Castep 中的 Empty Band 有何用處？怎么設(shè)置？ ......................................................................... 25 Q45： CASTEP 中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ ............................................................................... 25 Q46：如何在 MS 中加入非限制性約束條件，例如約束兩個原子間距離？ ....................................... 26 Q47：如何在 DMol3 中顯示大于 999 號軌道的 Homo 和 Lumo 軌道？ .............................................. 27 Q1：為什么使用 Discover 進行 Dynamics 計算時，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計算結(jié)果中會出現(xiàn) Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向為 1GPa 的情況？ A1： 這是由于在進行 Dynamics 計算時，選用的 Ensemble 不相同，如果選用了 Parrinello 方法，將使用 Stress 來進行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的 Stress與外部 Pressure 相等。 Q2：如何在 Discover 計算中分別對相同環(huán)境原子分配不同力場類型？ A2： 在 Discover中，使用 Assign按鈕為原子分配不同的力場類型。 Q3：如何在 CASTEP 計算中限制某個原子的移動方向？ A3： CASTEP 計算中只支持 Fraction 坐標(biāo)，不支持 Coordinate 坐標(biāo)。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個 晶胞參數(shù) a、 b、 c， 第二行表示晶胞角度 α、β、 γ。 重新啟動機器。 the default port to use (程序默認(rèn)使用的端口號 ) 將 18888 改為任意端口 1XXXX，保存并退出。完成后運行即可。完成后另存到其它目錄。 Q9，如何使用 Standalone 方式運行 DMol 程序？ A9： 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，然后將 .car 和 .input 文件上傳到 Linux 服務(wù)器上。 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ A10： 在 DMol 的 Input 文件中加入以下命令： Keywords: Electric_Field x y z 其中 xyz 為電場的方向，例如要沿著 Z 方向加電場，則可輸入 ，其單位為標(biāo)準(zhǔn)單位制 Hartree/Bohr，或者意味著 52V/A（非常大的數(shù)量級，需要和實際體系聯(lián)系起來使用，公式為E=U/l） 。 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ A14： 首先選擇要優(yōu)化的原子，在 Modify 菜單的 Constrains 中，固定其 XYZ 坐標(biāo)，然后在 DMol的 Calculation 對話框中進行相關(guān)設(shè)置，完成后 Save Files。 1）用 reuse reruse 是開始一個全新的計算，使用最終結(jié)構(gòu)以及其他的相關(guān)信息。 如果要在斷電后重新計算，那么可以采用以下方法。 注意： 查找原子的 XYZ 坐標(biāo)的目的是為了找到原來原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，如果能夠通過數(shù)學(xué)變化來的得到的話，也可以直接進行數(shù)學(xué)變化。 A18： 在這里需要 Word 和 Excel 程序聯(lián)用了?，F(xiàn)在請使用 Build Crystal 工具搭建晶體結(jié)構(gòu)，請使用相關(guān)的分子點群和晶胞參數(shù)（ Alpha=Beta=Sigma=90）。 COSMO on （使用 COSMO 方法考慮溶劑化效應(yīng)） COnductorlike Screening Model 是連續(xù)介質(zhì)模型，用介電常數(shù)的連續(xù)介質(zhì)來反映溶液，而溶質(zhì)分子會形成孔穴。 允許的值為： 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。允許的值為極化作用 溶質(zhì)電荷分布 電解質(zhì) 屏蔽電荷 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。 COSMO_AMatrix_Cutoff （決定了 COSMO 表面靜電相互作用的精確性。 COSMO_Radius_Incr （ 指定構(gòu)造 Cosmo 孔穴時原子半徑的增量） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時更是如此。 校正的 Cosmo 能量公式如下（以水為例） Total energy corrected (au) [TE(corr)] {TE(corr) = TE + DE(corr) DE} = 對于包括非靜電溶劑化能的校正分析來說，能量表達式可以表述為： Total energy corrected (au) [TE(corr)] + Nonelectrostatic Energy = COSMO_RS on （使用此關(guān)鍵詞考慮溶劑的宏觀熱力學(xué)性質(zhì)） Q20：如何使用 MS 軟件計算高分子的玻璃化溫度？ A20： 這需要計算高分子的密度 溫度曲線，在得到了相關(guān)曲線后，就可以得到體系的 Tg 溫度以及 Free Volume，具體圖示如下所示： 注意：力場對計算結(jié)果非 常重要，可以使用 COMPASS 力場來計算密度值。 DOS 可以直接使用 Origin 做圖，而能帶結(jié)構(gòu)則需要認(rèn)真處理 (按照 K 點采樣來處理的 )。 （ G Vectors 似乎是呈現(xiàn) 1/2 次冪的方式來增長的，增長速度并不很明顯） Temperature Tg Free Volume VolumeDensity Q25：在使用 DMol