【正文】 計算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時，經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個虛頻，怎么回事？ A25： 在 DMol 計算過程中，如果 始態(tài)與終態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化不完全，或者反應(yīng)路徑設(shè)計不合理的話，很可能在過渡態(tài)中帶來多個虛頻。 注意 ：此時， CASTEP 和 DMol 可能在進行超過 8CPUs 并行計算時出錯，不用管它，只要能夠在 2CPUs 以上并行正常就可以打補丁了，打完補丁后，遇到的問題就可以解決了。 注意 ，對于 DMol 程序還需要注意 MKL 的版本，如果是 以前版本，將無法正常運行 DMol，需要重新安裝 MKL 的補丁。 DAEMON 表示后臺程序的位置，主要指定的是 msid 這個后臺程序的位置，對于 32 位和 64 位Linux 機器，位置一般為 /home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。) failed : array services not available， 怎么解決？ A28：這是由于 array 服務(wù)沒有開啟所造成的，解決方案如下： 以 root 登錄，進入 /etc/，運行： ./array start (開啟 array 服務(wù) ) chkconfig array on (將 array 加入到啟動列表中 ) Q29： MS 的 GFA 是怎么對參數(shù)進行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān)系？ A29： QSAR 模塊中的 GFA 計算是需要一定的內(nèi)存的。 提示： 在實際進行 QSAR 研究時， 160 個參數(shù)已經(jīng)是非常多的體系了，建議在進行處理之前，先使用相關(guān)性矩陣將所有的參數(shù)進行排序，剔除出那些相關(guān)性非常高的參數(shù)，這樣，在進行 GFA分析時會大大降低參數(shù)的數(shù)目，同時，也會幫助我們對得到的回歸方程進行分析。 例如，對于 ZnO 體系而言，當(dāng)截取 (100)表面，且真空層統(tǒng)一定為 10A 時，使用 CASTEP 程序進行計算，在考慮自旋極化的情況下。其關(guān)系為線形增長，即計算時間與體積成線形增長，內(nèi)存也與體積成線形。而對于那些原子核半徑與晶胞參數(shù)項比較大的小晶胞而言，最好不要使用此方法。 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個來搜索過渡態(tài)？ A36： 在做過渡態(tài)搜索時候，有幾種方法，一種是使用得 QST2 的方法，即知道了反應(yīng)物和產(chǎn)物，通過搜索反應(yīng)路徑上的一階鞍點來搜尋過渡態(tài)的方法，在 DMol3 里，即為 TS Search，另一種是直接從單個分子出發(fā)，搜索可能的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)，此方法單純計算能量的二階導(dǎo)數(shù)，看是否有只有一個虛頻點，在 DMol 中，即為 TS Optimization。 Q37：在使用 CASTEP 進行過渡態(tài)（ TS）搜索時，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個軌跡文件之后，對該軌跡文件進行 TS search 運算時，在本機直接計算可以進行，但是進行 save files 時，卻無法完成提示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. A37： 這實際上是由于文件名格式的問題，在進行 TS Search 的時候，程序要求生成一個叫做“ seedname ” 的文件，注意，在 Seedname 和 Trajectory 之間是有空格的，而保存的時候，正是由于這個空格導(dǎo)致計算無法正常進行。但是， Castep 可以將電子密度輸出為 .charg_frm 文件，該文件是可讀的。隨便新建一個就可以了?！败壍馈币豁棻砻鞑煌姆肿榆壍溃?10 表示 1S 軌道， 21 則表示 2P 軌道。例如對于 O 原子本身，需要考察 O 的各個軌道上的總電子數(shù)。 Full Mulliken population analysis O H H O H H 有了這個表，就可以對各個原子間的鍵級來進行分析了。 Q42：為什么我在 手工 使用 Castep 計算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時候，程序始終提示沒有 Check 文件？ A42： Castep 程序在計算能帶結(jié)構(gòu)的時候，要求讀入上次計算得到的 Check 文件，遇到這樣的情況，可以手工 將上次計算得到的 Check 文件改為所需要的 Check 文件名稱 ，這樣就可以繼續(xù)計算了。當(dāng)然，對于較小的體系，則可以設(shè)置足夠大的 Cutoff半徑來保證所有的相互作用都被考慮進來。在模擬中，點電荷一般是通過電荷平衡法（ charge equilibrium）評價或者力場定義 的電荷來分配的。甚至在電中性的物種中也存在點電荷，例如水分子。此方法計算量較小，但是可能導(dǎo)致能量和其導(dǎo)數(shù)的不連續(xù)性。 注意 ，在計算 IR 的時候， SCF 的收斂誤差雖然給的是 ，但在實際計算的時候發(fā)現(xiàn)，只有當(dāng)兩次 SCF 之間的差值小于 以后，才能夠順利開始計算體系的 IR 值。對于 OH 的重疊電子密度，則需要考慮所有 O 和 H 軌道有重疊的電子數(shù)目。對各個軌道上電子的加合即為該軌道上的電子總數(shù)，例如對 O 的 1S 軌道進行加合，最終結(jié)果為 個電子。 H2O 分子使用 DMol3 模塊，在 BLYP/DN 基組下計算得到 的 Mulliken Analysis 結(jié)果： 對于 Overlay Matrix，實際上是一個下三角矩陣，實際形狀如下（重疊矩陣上的數(shù)據(jù)要除以 1000 才能得到最終值）： 原子編號 軌道 軌道伸展方向 電子數(shù)目 電子重疊矩陣 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 10 20 20 21 21 21 21 21 21 10 10 10 10 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 10 0 2 2022 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 20 0 0 2022 0 0 0 0 0 0 0 22 15 22 15 1 20 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 13 1 13 1 1 21 1 0 0 0 1178 0 0 0 0 0 239 18 0 0 1 21 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 7 0 0 0 1 21 0 0 0 0 0 0 1994 0 0 0 0 0 0 0 1 21 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 1 21 1 0 0 0 0 0 0 0 1036 0 18 2 257 20 1 21 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 5 0 12 0 2 10 0 1 22 13 239 7 0 0 18 5 432 0 28 7 2 10 0 0 15 1 18 0 0 0 2 0 0 24 7 1 3 10 0 1 22 13 0 0 0 0 257 12 28 7 432 0 3 10 0 0 15 1 0 0 0 0 20 0 7 1 0 24 總電荷 說明： 在程序中出現(xiàn)的是下三角矩陣，上圖中將該矩陣復(fù)原。 如果要驗證，有一個很簡單的方法，即將所有格點的電荷相加，再除以所取格點的總數(shù)，這樣得到的數(shù)目和體系的總價電子數(shù)目相等。完成后，用標(biāo)準命令啟動 Standalone 計算即可。 TS Optimization 一般是對過渡態(tài)結(jié)構(gòu)進行精修時使用，不過由于此方法并不能判斷過渡態(tài)是否連接反應(yīng)物與產(chǎn)物，只能作為輔助手段。 Q34：如何從 Discover 的輸出文件 中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ A34： 請使用 文件，參看 F:\Shiwei\Materials Studio\Bug and Patch\ 需要執(zhí)行以下命令： （動力學(xué)后會產(chǎn)生一個隱含的 *.his 文件，假設(shè)名字為 ） 在命令行方式下 打開 文件 test（回車） 不需要打后綴 得到的 ascii 文件名為 fhis 文件為 ASCII 格式文件，可以直接讀取，文件格式請參看 F:\Shiwei\Materials Studio\Info form Accelrys\Common File 。 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ A32：在 input 文件中使用 Vibration_Restart 關(guān)鍵詞， 就可以重新開始頻率計算了，文件的格式為： on 重新開始頻率計算，需要 文件 off 不重新開始頻率計算 file 重新開始頻率計算，需 要從下一行讀入數(shù)據(jù)。這樣，才能比較好的利用計算資源。如果是同一體系，簡單來講計算量和原子數(shù)目的立方成正比。 實際測試發(fā)現(xiàn)，當(dāng) 參數(shù)的數(shù)目增加到 160 個的時候，所需要的內(nèi)存達到了 900M左右，此時， CPU 的使用率保持在 99%以上。 在 License 中，以上的命令改為： 進入 MS 安裝目錄 /bin/下，運行 lp_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license 文件位置 (安裝 license 文件 ) lp_server c porthostname (配置 license server) lp_server –s (啟動 license server) lp_server x (關(guān)閉 license server) lp_tester (檢測 license 是否合法 ) Q28：在使用 SGI Altix350，打補丁后運行 –np n seedname 的時候，出現(xiàn)錯誤： MPI： asgetinfo_array(39。 Q27：為什么我在 Linux 下安裝 license 的時候，總是報錯呢？ A27： License 文件的格式如下： SERVER Altix 08006911E33A 1715 DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid 其中， Server 表示 License Server 的主機名稱與網(wǎng)卡的 MAC 地址，其中主機名稱可以自行修改，而 MAC 地址是萬萬動不了的，否則會報錯。 正常安裝 MS 后，請按照以下流程打補丁： 1． root 登錄，運行 rpm –qa glibc，察看 glibc 版本，并選擇相對應(yīng)的 CASTEP 和 DMol 補丁，如 的選擇 的補?。? 2．使用補丁包中的 文件替換 ~msi/ms/CASTEP/bin/ 文件；同樣的使用 文件替換 ~msi/ms/DMol3/bin/ 文件； 3． msi 登錄，運行 which mpirun，并記錄相關(guān)目錄。在計算過渡態(tài)的時候，最重要的是虛頻最大的振動，一定要在始態(tài)和終態(tài)之間振蕩，這樣才能保證過渡態(tài)基本合理，此判據(jù)也用到某些原子必須固定的優(yōu)化計算中，例如沸石分子篩的催化反應(yīng)等。 GVectors表示 FFT 格點， K Points 表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。 Q21： 在使用 MS 進行計算的時候，中間的 xcd 文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ A21： 如果遇到這種情況，那么請檢查初始的 xsd 文件中是不是中間有小數(shù)點 (.)，如果有小數(shù)點的話，那么可以正常進行計算，但是表格文件無法正常更新，并且只能出現(xiàn)小數(shù)點前的文件名稱。 是一個非常重要的校正，用于解決耗散到 孔穴邊界外部的 電子密度 。如果兩個片段間的距離小于設(shè)置的 Cutoff 值，那么片段間的相互作用就會使用格點來進行計算。這是Cosmo 方法中的主要參數(shù)，它決定了 COSMO 方法的主要性能。球體依靠離散點來描述，所以稱之為 Basis Grid。詳細的機理如下圖所示： COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來表示不同溶劑。 最后請使用 Find Symmetry 工具再次確實空間群。將數(shù)據(jù)拷貝到 Excel 中，并 使用晶胞參數(shù)將分數(shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標(biāo)（注意，這里不用管 Alpha、 Beta 和 Sigma 的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標(biāo)，并將其拷貝到任意文本中，并保存為 .xyz 格式文件。 ) Q17：在使用 DMol 進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時候 失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個分子在平面上下進行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ A17： 在使用 DMol 進行優(yōu)化的時候，可以在 Optimization 的設(shè)置中，將 Max Step Size 調(diào)小，默認值為 ，可以改為 或者 ，從而使計算收斂。 Q16：如果我在 Cleave 一個平面的時候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？ A16： 首先 Cleave 所需要的米勒面，例如 (111)面，然后使