【正文】 ） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。如果兩個(gè)片段間的距離小于設(shè)置的 Cutoff 值，那么片段間的相互作用就會(huì)使用格點(diǎn)來(lái)進(jìn)行計(jì)算。 COSMO_AMatrix_Cutoff （決定了 COSMO 表面靜電相互作用的精確性。這是Cosmo 方法中的主要參數(shù)，它決定了 COSMO 方法的主要性能。允許的值為極化作用 溶質(zhì)電荷分布 電解質(zhì) 屏蔽電荷 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。球體依靠離散點(diǎn)來(lái)描述，所以稱之為 Basis Grid。 允許的值為： 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。詳細(xì)的機(jī)理如下圖所示： COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來(lái)表示不同溶劑。 COSMO on （使用 COSMO 方法考慮溶劑化效應(yīng)） COnductorlike Screening Model 是連續(xù)介質(zhì)模型，用介電常數(shù)的連續(xù)介質(zhì)來(lái)反映溶液，而溶質(zhì)分子會(huì)形成孔穴。 最后請(qǐng)使用 Find Symmetry 工具再次確實(shí)空間群?，F(xiàn)在請(qǐng)使用 Build Crystal 工具搭建晶體結(jié)構(gòu)，請(qǐng)使用相關(guān)的分子點(diǎn)群和晶胞參數(shù)（ Alpha=Beta=Sigma=90）。將數(shù)據(jù)拷貝到 Excel 中，并 使用晶胞參數(shù)將分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標(biāo)（注意，這里不用管 Alpha、 Beta 和 Sigma 的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標(biāo)，并將其拷貝到任意文本中，并保存為 .xyz 格式文件。 A18： 在這里需要 Word 和 Excel 程序聯(lián)用了。 ) Q17：在使用 DMol 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候 失敗，通過(guò)對(duì)軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ A17： 在使用 DMol 進(jìn)行優(yōu)化的時(shí)候，可以在 Optimization 的設(shè)置中，將 Max Step Size 調(diào)小，默認(rèn)值為 ，可以改為 或者 ，從而使計(jì)算收斂。 注意： 查找原子的 XYZ 坐標(biāo)的目的是為了找到原來(lái)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，如果能夠通過(guò)數(shù)學(xué)變化來(lái)的得到的話，也可以直接進(jìn)行數(shù)學(xué)變化。 Q16：如果我在 Cleave 一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來(lái)就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長(zhǎng)方形的表面來(lái)呢？ A16： 首先 Cleave 所需要的米勒面，例如 (111)面，然后使用 Lattice 工具將此表面放大，找出垂直于 U 或者 V 軸的某個(gè)垂線上的原子 X，將該原子 X 作為新的 V 軸或者 U 軸的末端點(diǎn)，并找到相應(yīng)的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)， 然后在 Cleave 工具的 Surface Mesh 中定義 U、 V 取向即可。 如果要在斷電后重新計(jì)算，那么可以采用以下方法。 2）用 continuation 也是開始一個(gè)新的計(jì)算工作，會(huì)使用到最終結(jié)構(gòu)，參數(shù)設(shè)置和上次工作的幾乎完全一致。 1）用 reuse reruse 是開始一個(gè)全新的計(jì)算，使用最終結(jié)構(gòu)以及其他的相關(guān)信息。 如果 2 代表的原子不清楚，那么請(qǐng)打開 mdf 文件去查詢。 Q14：如何在 DMol 模塊中，對(duì)某一分子只允許其沿著 Z 方向進(jìn)行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ A14： 首先選擇要優(yōu)化的原子，在 Modify 菜單的 Constrains 中，固定其 XYZ 坐標(biāo)，然后在 DMol的 Calculation 對(duì)話框中進(jìn)行相關(guān)設(shè)置，完成后 Save Files。 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無(wú)法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ A13： 使用這兩種描述符需要在 QSAR 模塊中引入引入新的 QSAR 模塊，具體方法是：打開QSAR 模塊，在右側(cè)工具欄上選擇 Import Model，在 MS 安裝目錄 /Data/Resources/QSAR/Model中，選擇 、 和 ，導(dǎo)入即可使用相關(guān)模塊。 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場(chǎng)？ A10： 在 DMol 的 Input 文件中加入以下命令： Keywords: Electric_Field x y z 其中 xyz 為電場(chǎng)的方向，例如要沿著 Z 方向加電場(chǎng)，則可輸入 ，其單位為標(biāo)準(zhǔn)單位制 Hartree/Bohr，或者意味著 52V/A（非常大的數(shù)量級(jí)，需要和實(shí)際體系聯(lián)系起來(lái)使用，公式為E=U/l） 。完成后，使用 –np n seedname 來(lái)運(yùn)行即可。 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ A9： 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，然后將 .car 和 .input 文件上傳到 Linux 服務(wù)器上。需要注意的有兩點(diǎn)： 1. 水分子必須是單獨(dú)的結(jié)構(gòu)，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個(gè)分子以 end 結(jié)束）； 2. 修改完 .car 文件后，建議將原來(lái)的目錄完全刪除，這樣再次打開的文件后綴將是 .xsd 文件，否則可能為 .car。完成后另存到其它目錄。其中，關(guān)于水分子的部分按照如下方式進(jìn)行修改： H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end 注意紅色顯示部分。完成后運(yùn)行即可。 Q6：如何使用 DMol3 進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ A6：需要使用命令行的方式進(jìn)行提交，幾個(gè)關(guān)鍵詞是： MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細(xì)地設(shè)置請(qǐng)參看： ， user： science， passwd： faster。 the default port to use (程序默認(rèn)使用的端口號(hào) ) 將 18888 改為任意端口 1XXXX，保存并退出。 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號(hào)： A5： 在 License 文件中，第一行能夠看到以下信息： SERVER Itanium 00306EF38B48 1715 其中， Itanium 是 機(jī)器的主機(jī)名稱 (Hostname)， 00306EF38B48 是機(jī)器網(wǎng)卡的物理地址 (MAC 地址 )，而 1715 表示的是 License Server 的端口號(hào)，可以在這里將端口號(hào)改為任意端口 XXXX(大于1000)，按照標(biāo)準(zhǔn)方式安裝 License 文件，此時(shí)，開放的端口就是所指定的端口 XXXX 了。 重新啟動(dòng)機(jī)器。 Q4：在安裝新的 MS 時(shí)，事先沒(méi)有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的License Server 無(wú)法正常啟動(dòng)。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個(gè) 晶胞參數(shù) a、 b、 c， 第二行表示晶胞角度 α、β、 γ。 在 Cell 文件中，關(guān)于原子坐標(biāo)限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行編號(hào)（紫色），原子類型（紅色），原子編號(hào)（綠色）和需要限制的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)（黑色）。 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ A3： CASTEP 計(jì)算中只支持 Fraction 坐標(biāo)，不支持 Coordinate 坐標(biāo)。然后進(jìn)行計(jì)算即可。 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分配不同力場(chǎng)類型？ A2： 在 Discover中，使用 Assign按鈕為原子分配不同的力場(chǎng)類型。而 Andersen 方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時(shí)使用 Pressure 來(lái)作為判斷標(biāo)準(zhǔn)。) failed : array services not available，怎么解決？ ............................... 14 Q29： MS 的 GFA 是怎么對(duì)參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無(wú)關(guān) 系？ ....................................... 14 Q30： DFT 方法對(duì)計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ .......................................................................... 15 Q31：為什么當(dāng) DMol3 在我機(jī)器上運(yùn)行過(guò)的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤： floatingpoint assist fault？ ..................................................................................................................................................................... 16 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ .................................. 16 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ ..................................................................................................................................... 17 Q34：如何從 Discover 的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ ............................... 17 Q35：我使用的是 Standalone 方式進(jìn)行 Castep 和 DMol3 計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ ............................................................................................................................................................. 17 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來(lái)搜索過(guò)渡態(tài)？ ........... 17 Q37：在使用 CASTEP 進(jìn)行過(guò)渡態(tài)（ TS）搜索時(shí)，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對(duì)該軌跡文件進(jìn)行 TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行 save files 時(shí)，卻無(wú)法完成提 示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. ......................................................................... 18 Q38：在 Castep 中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ .................................................. 18 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語(yǔ)言進(jìn)行多步 MD 計(jì)算 ？ .......................................................... 18 Q40：如何用 Dmol3 計(jì)算 Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ ................................................................ 21 Q41：如何使用 Castep 程序計(jì)算 IR 振動(dòng)，為什么計(jì)算老是