【正文】 . 27 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn) Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ A1： 這是由于在進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，選用的 Ensemble 不相同，如果選用了 Parrinello 方法，將使用 Stress 來進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的 Stress與外部 Pressure 相等。對(duì)于晶體計(jì)算來說，此方法應(yīng)該更加合理。而 Andersen 方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時(shí)使用 Pressure 來作為判斷標(biāo)準(zhǔn)。因此，計(jì)算后的 Pressure 值和設(shè)定值相同。 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分配不同力場(chǎng)類型？ A2： 在 Discover中，使用 Assign按鈕為原子分配不同的力場(chǎng)類型。在 Setup選項(xiàng)中，將 Automation中的 FF 和 Partial Charge 設(shè)置為 No。然后進(jìn)行計(jì)算即可。 注意： 在具有周期邊界條件的體系中，在 Nobond 中，選擇 Summation 方式為 Ewald（考慮分子間長(zhǎng)程作用） 然后進(jìn)行計(jì)算才能正確 生成 能量表達(dá)式，其他方式計(jì)算可能會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤發(fā)生（分母為零）。 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ A3： CASTEP 計(jì)算中只支持 Fraction 坐標(biāo)，不支持 Coordinate 坐標(biāo)。采用常規(guī)方式無法限制原子的移動(dòng)方向，需要手動(dòng)修改 CASTEP 的 Cell 文件，具體方式如下，在 %BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 中包括每個(gè)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，請(qǐng)留意每個(gè)原子的編號(hào)，在下面的計(jì)算中會(huì)有所幫助。 在 Cell 文件中，關(guān)于原子坐標(biāo)限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行編號(hào)（紫色），原子類型（紅色），原子編號(hào)（綠色）和需要限制的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)（黑色）。如果要限制第二個(gè) Al 原子不能沿著 X 方向移動(dòng)，那么在該部分的設(shè)置如下： 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 2 5 Al 2 6 Al 3 7 Al 3 8 Al 3 9 Al 4 10 Al 4 11 Al 4 注意， 編號(hào)要順次后移，否則會(huì)出錯(cuò)，黑色部分分別對(duì)應(yīng)于 x、 y、 z 三個(gè)方向，完成后，使用 Run Files 方式即可進(jìn)行計(jì)算。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個(gè) 晶胞參數(shù) a、 b、 c， 第二行表示晶胞角度 α、β、 γ。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為 0。 Q4：在安裝新的 MS 時(shí)，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的License Server 無法正常啟動(dòng)。 A4： 在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到 Accelrys License Server 啟動(dòng)，首 先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開始 | 運(yùn)行”中鍵入“ Regedit”命令，查找“ License Server”，多選項(xiàng)只選擇“項(xiàng)”，然后進(jìn)行查找，將“ Server”目錄下的“ Accelrys License Server”全部刪除。 重新啟動(dòng)機(jī)器。按照正常流程啟動(dòng) License Server 即可。 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號(hào)： A5： 在 License 文件中，第一行能夠看到以下信息： SERVER Itanium 00306EF38B48 1715 其中， Itanium 是 機(jī)器的主機(jī)名稱 (Hostname)， 00306EF38B48 是機(jī)器網(wǎng)卡的物理地址 (MAC 地址 )，而 1715 表示的是 License Server 的端口號(hào)，可以在這里將端口號(hào)改為任意端口 XXXX(大于1000)，按照標(biāo)準(zhǔn)方式安裝 License 文件，此時(shí)，開放的端口就是所指定的端口 XXXX 了。 如果要改變 Gateway 的端口 18888，在 Linux 下請(qǐng)執(zhí)行以下幾個(gè)命令： 1．進(jìn)入 MS/Gateway 2．運(yùn)行 ./msgateway_control_18888 stop (18888 是程序默認(rèn)端口號(hào) ) 3．運(yùn) 行 ./deconfigureall (刪除已有的 Gateway 信息 ) 4．進(jìn)入 MS/Gateway/config/，找到并修改 ，找到下面這一行： $defs{gw_port} = 18888。 the default port to use (程序默認(rèn)使用的端口號(hào) ) 將 18888 改為任意端口 1XXXX，保存并退出。 5．運(yùn)行 ./configure gateway (重新生成 Gateway 信息 ) 6． 進(jìn)入上級(jí)目錄，并運(yùn)行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動(dòng) gateway) 經(jīng)過上述步驟后， Gateway 的端口號(hào)即被改為 1XXXX。 Q6：如何使用 DMol3 進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ A6：需要使用命令行的方式進(jìn)行提交，幾個(gè)關(guān)鍵詞是： MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細(xì)地設(shè)置請(qǐng)參看： ， user： science， passwd： faster。一個(gè)簡(jiǎn)單的例子如下所示： Task parameters Calculate Molecular_Dynamics Opt_energy_convergence Opt_gradient_convergence A Opt_displacement_convergence A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement A Symmetry on MD and Simulated Annealing Keywords MD_Time_Step MD_Velocity Random 0 MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnd Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid medium Occupation fermi Cutoff_Global angstrom Scf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay Print options Print eigval_last_it Calculated properties Frequency_analysis on Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ A7： 打開 .inp 文件，在文件最后能夠看到 {print history}，將其改為 {print archive}即可，如果只要輸出坐標(biāo)，那么可以采用 + coordinates 關(guān)鍵詞。完成后運(yùn)行即可。 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ A8： 首先打開所需要進(jìn)行限制的分子結(jié)構(gòu)，在 Dynamics 選項(xiàng)下保存文件，會(huì)發(fā)現(xiàn)有一個(gè)叫做 .car的文件，打開此文件進(jìn)行編輯。其中，關(guān)于水分子的部分按照如下方式進(jìn)行修改： H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end 注意紅色顯示部分。 WTR 為水分子的類型，注意 WTR 后有一個(gè)空 格，為四字符格式。完成后另存到其它目錄。然后重新打開此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進(jìn)行修改，然后在 .inp 文件中加入以下語句： rattle water waterType SPC tolerance 1e4 完成上述操作后，運(yùn)行此文件即可。需要注意的有兩點(diǎn)： 1. 水分子必須是單獨(dú)的結(jié)構(gòu)，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個(gè)分子以 end 結(jié)束）； 2. 修改完 .car 文件后，建議將原來的目錄完全刪除，這樣再次打開的文件后綴將是 .xsd 文件，否則可能為 .car。 通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結(jié)構(gòu)。 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ A9： 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，然后將 .car 和 .input 文件上傳到 Linux 服務(wù)器上。采用 dos2unix 命令轉(zhuǎn)換 .input 文件格式。完成后，使用 –np n seedname 來運(yùn)行即可。上傳時(shí)請(qǐng)采用 ftp 工具，不要使用 MS 自帶 FTP 工具。 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場(chǎng)？ A10： 在 DMol 的 Input 文件中加入以下命令： Keywords: Electric_Field x y z 其中 xyz 為電場(chǎng)的方向，例如要沿著 Z 方向加電場(chǎng)，則可輸入 ，其單位為標(biāo)準(zhǔn)單位制 Hartree/Bohr，或者意味著 52V/A（非常大的數(shù)量級(jí)，需要和實(shí)際體系聯(lián)系起來使用，公式為E=U/l） 。下面是加了電場(chǎng)和沒加電場(chǎng)得到的數(shù)據(jù)對(duì)比： water No EF EF(Z) EF(X) Energy Dipole O Charge H C