【正文】 用 Lattice 工具將此表面放大，找出垂直于 U 或者 V 軸的某個垂線上的原子 X，將該原子 X 作為新的 V 軸或者 U 軸的末端點，并找到相應(yīng)的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)， 然后在 Cleave 工具的 Surface Mesh 中定義 U、 V 取向即可。 2）用 continuation 也是開始一個新的計算工作，會使用到最終結(jié)構(gòu)，參數(shù)設(shè)置和上次工作的幾乎完全一致。 如果 2 代表的原子不清楚，那么請打開 mdf 文件去查詢。 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ A13： 使用這兩種描述符需要在 QSAR 模塊中引入引入新的 QSAR 模塊，具體方法是：打開QSAR 模塊，在右側(cè)工具欄上選擇 Import Model，在 MS 安裝目錄 /Data/Resources/QSAR/Model中，選擇 、 和 ，導(dǎo)入即可使用相關(guān)模塊。完成后，使用 –np n seedname 來運行即可。需要注意的有兩點： 1. 水分子必須是單獨的結(jié)構(gòu)，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個分子以 end 結(jié)束）； 2. 修改完 .car 文件后，建議將原來的目錄完全刪除，這樣再次打開的文件后綴將是 .xsd 文件，否則可能為 .car。其中，關(guān)于水分子的部分按照如下方式進行修改： H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end 注意紅色顯示部分。 Q6：如何使用 DMol3 進行動力學(xué)計算？ A6：需要使用命令行的方式進行提交，幾個關(guān)鍵詞是： MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細(xì)地設(shè)置請參看： ， user： science， passwd： faster。 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號： A5： 在 License 文件中，第一行能夠看到以下信息： SERVER Itanium 00306EF38B48 1715 其中， Itanium 是 機器的主機名稱 (Hostname)， 00306EF38B48 是機器網(wǎng)卡的物理地址 (MAC 地址 )，而 1715 表示的是 License Server 的端口號，可以在這里將端口號改為任意端口 XXXX(大于1000)，按照標(biāo)準(zhǔn)方式安裝 License 文件，此時，開放的端口就是所指定的端口 XXXX 了。 Q4：在安裝新的 MS 時，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的License Server 無法正常啟動。 在 Cell 文件中，關(guān)于原子坐標(biāo)限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行編號（紫色），原子類型（紅色），原子編號（綠色）和需要限制的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)（黑色）。然后進行計算即可。而 Andersen 方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時使用 Pressure 來作為判斷標(biāo)準(zhǔn)。 ........................................................................... 9 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應(yīng)？ ............................................................................................... 10 Q20：如何使用 MS 軟件計算高分子的玻璃化溫度？ ........................................................................... 11 Q21：在使用 MS 進行計算的時候，中間的 xcd 文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ ......................................................................................................................................................... 12 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ ............................................................................. 12 Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ .............................................. 12 Q24：怎么樣能讓 CASTEP 在并行計算時更有效？ .............................................................................. 12 Q25：在使用 DMol 計算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時，經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個虛頻，怎么回事？ .................... 13 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補丁加速運算速度？ ................................... 13 Q27：為什么我在 Linux 下安裝 license 的時候，總是報錯呢？ .......................................................... 13 Q28：在使用 SGI Altix350，打補丁后運行 –np n seedname 的時候，出現(xiàn)錯誤：MPI： asgetinfo_array(39。 ............................................................................................................................................ 5 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號： .................................................................................. 5 Q6：如何使用 DMol3 進行動力學(xué)計算？ ................................................................................................. 6 Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ ................................................................................................ 7 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ ......................................................................... 7 Q9，如何使用 Standalone 方式運行 DMol 程序？ .................................................................................... 7 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ ..................................................................................................... 7 Q12，如何以 Standalone 方式運行 Discover 作業(yè)？ ................................................................................. 8 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ ....................................... 8 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ ...... 8 Q15：如果 CASTEP計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在 Keywords中有兩個關(guān)鍵詞 Reuse和 Continuation，它們有什么差異呢？ ...................................................................................................... 8 Q16：如果我在 Cleave 一個平面的時候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？ .................................................................................................... 9 Q17：在使用 DMol 進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個分子在平面上下進行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ ........................................................................ 9 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。對于晶體計算來說，此方法應(yīng)該更加合理。在 Setup選項中，將 Automation中的 FF 和 Partial Charge 設(shè)置為 No。采用常規(guī)方式無法限制原子的移動方向，需要手動修改 CASTEP 的 Cell 文件，具體方式如下，在 %BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 中包括每個原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，請留意每個原子的編號，在下面的計算中會有所幫助。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為 0。按照正常流程啟動 License Server 即可。 5．運行 ./configure gateway (重新生成 Gateway 信息 ) 6． 進入上級目錄，并運行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動 gateway) 經(jīng)過上述步驟后， Gateway 的端口號即被改為 1XXXX。 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ A8： 首先打開所需要進行限制的分子結(jié)構(gòu)，在 Dynamics 選項下保存文件，會發(fā)現(xiàn)有一個叫做 .car的文件，打開此文件進行編輯。然后重新打開此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進行修改，然后在 .inp 文件中加入以下語句： rattle water waterType SPC tolerance 1e4 完成上述操作后，運行此文件即可。采用 dos2unix 命令轉(zhuǎn)換 .input 文件格式。下面是加了電場和沒加電場得到的數(shù)據(jù)對比： water No EF EF(Z) EF(X) Energy Dipole O Charge H Charge HOMO C nanocube No EF EF Energy Homo Q12，