【正文】 說不收斂？ ............................................ 22 Q42：為什么我在手工使用 Castep 計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒有Check 文件？ .............................................................................................................................................. 22 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ ................................................. 22 Q44： Castep 中的 Empty Band 有何用處？怎么設(shè)置？ ......................................................................... 25 Q45： CASTEP 中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ ............................................................................... 25 Q46：如何在 MS 中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ ....................................... 26 Q47：如何在 DMol3 中顯示大于 999 號軌道的 Homo 和 Lumo 軌道？ .............................................. 27 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會出現(xiàn) Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ A1： 這是由于在進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，選用的 Ensemble 不相同，如果選用了 Parrinello 方法，將使用 Stress 來進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的 Stress與外部 Pressure 相等。 ........................................................................... 9 Q19：如何在 DMol 中考慮溶劑化效應(yīng)？ ............................................................................................... 10 Q20：如何使用 MS 軟件計(jì)算高分子的玻璃化溫度？ ........................................................................... 11 Q21：在使用 MS 進(jìn)行計(jì)算的時(shí)候，中間的 xcd 文件無法及時(shí)更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ ......................................................................................................................................................... 12 Q22：怎么樣在 MesoDyn 中加入各種不同的限制？ ............................................................................. 12 Q23： MS 給出的 DOS 和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ .............................................. 12 Q24：怎么樣能讓 CASTEP 在并行計(jì)算時(shí)更有效？ .............................................................................. 12 Q25：在使用 DMol 計(jì)算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時(shí)，經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個(gè)虛頻，怎么回事？ .................... 13 Q26：怎么在 Altix350 上安裝 MS 的 Castep 和 DMol 的補(bǔ)丁加速運(yùn)算速度？ ................................... 13 Q27：為什么我在 Linux 下安裝 license 的時(shí)候，總是報(bào)錯(cuò)呢？ .......................................................... 13 Q28：在使用 SGI Altix350，打補(bǔ)丁后運(yùn)行 –np n seedname 的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤：MPI： asgetinfo_array(39。目 錄 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會出現(xiàn)Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ ...................................................... 4 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對相同環(huán)境原子分 配不同力場類型？ ............................................... 4 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ ...................................................................... 4 Q4：在安裝新的 MS 時(shí)，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的 License Server無法正常啟動(dòng)。 ............................................................................................................................................ 5 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號： .................................................................................. 5 Q6：如何使用 DMol3 進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ ................................................................................................. 6 Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ ................................................................................................ 7 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ ......................................................................... 7 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ .................................................................................... 7 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ ..................................................................................................... 7 Q12，如何以 Standalone 方式運(yùn)行 Discover 作業(yè)？ ................................................................................. 8 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ ....................................... 8 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進(jìn)行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ ...... 8 Q15：如果 CASTEP計(jì)算過程中斷電，怎么能夠重新開始計(jì)算呢？在 Keywords中有兩個(gè)關(guān)鍵詞 Reuse和 Continuation，它們有什么差異呢？ ...................................................................................................... 8 Q16：如果我在 Cleave 一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長方形的表面來呢？ .................................................................................................... 9 Q17：在使用 DMol 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ ........................................................................ 9 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。(null)39。對于晶體計(jì)算來說，此方法應(yīng)該更加合理。因此，計(jì)算后的 Pressure 值和設(shè)定值相同。在 Setup選項(xiàng)中，將 Automation中的 FF 和 Partial Charge 設(shè)置為 No。 注意： 在具有周期邊界條件的體系中，在 Nobond 中，選擇 Summation 方式為 Ewald（考慮分子間長程作用） 然后進(jìn)行計(jì)算才能正確 生成 能量表達(dá)式，其他方式計(jì)算可能會導(dǎo)致錯(cuò)誤發(fā)生（分母為零）。采用常規(guī)方式無法限制原子的移動(dòng)方向，需要手動(dòng)修改 CASTEP 的 Cell 文件，具體方式如下，在 %BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 中包括每個(gè)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，請留意每個(gè)原子的編號，在下面的計(jì)算中會有所幫助。如果要限制第二個(gè) Al 原子不能沿著 X 方向移動(dòng)，那么在該部分的設(shè)置如下： 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 2 5 Al 2 6 Al 3 7 Al 3 8 Al 3 9 Al 4 10 Al 4 11 Al 4 注意， 編號要順次后移，否則會出錯(cuò)，黑色部分分別對應(yīng)于 x、 y、 z 三個(gè)方向，完成后，使用 Run Files 方式即可進(jìn)行計(jì)算。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為 0。 A4： 在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到 Accelrys License Server 啟動(dòng)，首 先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開始 | 運(yùn)行”中鍵入“ Regedit”命令，查找“ License Server”，多選項(xiàng)只選擇“項(xiàng)”，然后進(jìn)行查找，將“ Server”目錄下的“ Accelrys License Server”全部刪除。按照正常流程啟動(dòng) License Server 即可。 如果要改變 Gateway 的端口 18888，在 Linux 下請執(zhí)行以下幾個(gè)命令： 1．進(jìn)入 MS/Gateway 2．運(yùn)行 ./msgateway_control_18888 stop (18888 是程序默認(rèn)端口號 ) 3．運(yùn) 行 ./deconfigureall (刪除已有的 Gateway 信息 ) 4．進(jìn)入 MS/Gateway/config/，找到并修改 ，找到下面這一行： $defs{gw_port} = 18888。 5．運(yùn)行 ./configure gateway (重新生成 Gateway 信息 ) 6． 進(jìn)入上級目錄，