【正文】 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 13 1 13 1 1 21 1 0 0 0 1178 0 0 0 0 0 239 18 0 0 1 21 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 7 0 0 0 1 21 0 0 0 0 0 0 1994 0 0 0 0 0 0 0 1 21 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 1 21 1 0 0 0 0 0 0 0 1036 0 18 2 257 20 1 21 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 5 0 12 0 2 10 0 1 22 13 239 7 0 0 18 5 432 0 28 7 2 10 0 0 15 1 18 0 0 0 2 0 0 24 7 1 3 10 0 1 22 13 0 0 0 0 257 12 28 7 432 0 3 10 0 0 15 1 0 0 0 0 20 0 7 1 0 24 總電荷 說(shuō)明： 在程序中出現(xiàn)的是下三角矩陣，上圖中將該矩陣復(fù)原。對(duì)于 OH 的重疊電子密度，則需要考慮所有 O 和 H 軌道有重疊的電子數(shù)目。此方法計(jì)算量較小，但是可能導(dǎo)致能量和其導(dǎo)數(shù)的不連續(xù)性。在模擬中，點(diǎn)電荷一般是通過電荷平衡法（ charge equilibrium）評(píng)價(jià)或者力場(chǎng)定義 的電荷來(lái)分配的。 Q42：為什么我在 手工 使用 Castep 計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒有 Check 文件？ A42： Castep 程序在計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)的時(shí)候，要求讀入上次計(jì)算得到的 Check 文件，遇到這樣的情況，可以手工 將上次計(jì)算得到的 Check 文件改為所需要的 Check 文件名稱 ，這樣就可以繼續(xù)計(jì)算了。例如對(duì)于 O 原子本身，需要考察 O 的各個(gè)軌道上的總電子數(shù)。隨便新建一個(gè)就可以了。 Q37：在使用 CASTEP 進(jìn)行過渡態(tài)（ TS）搜索時(shí)，當(dāng)用 reaction preview 產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對(duì)該軌跡文件進(jìn)行 TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行 save files 時(shí)，卻無(wú)法完成提示 Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. A37： 這實(shí)際上是由于文件名格式的問題，在進(jìn)行 TS Search 的時(shí)候，程序要求生成一個(gè)叫做“ seedname ” 的文件，注意，在 Seedname 和 Trajectory 之間是有空格的，而保存的時(shí)候，正是由于這個(gè)空格導(dǎo)致計(jì)算無(wú)法正常進(jìn)行。而對(duì)于那些原子核半徑與晶胞參數(shù)項(xiàng)比較大的小晶胞而言，最好不要使用此方法。 例如，對(duì)于 ZnO 體系而言，當(dāng)截取 (100)表面，且真空層統(tǒng)一定為 10A 時(shí)，使用 CASTEP 程序進(jìn)行計(jì)算，在考慮自旋極化的情況下。) failed : array services not available， 怎么解決？ A28：這是由于 array 服務(wù)沒有開啟所造成的，解決方案如下： 以 root 登錄，進(jìn)入 /etc/，運(yùn)行： ./array start (開啟 array 服務(wù) ) chkconfig array on (將 array 加入到啟動(dòng)列表中 ) Q29： MS 的 GFA 是怎么對(duì)參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無(wú)關(guān)系？ A29： QSAR 模塊中的 GFA 計(jì)算是需要一定的內(nèi)存的。 注意 ，對(duì)于 DMol 程序還需要注意 MKL 的版本，如果是 以前版本，將無(wú)法正常運(yùn)行 DMol，需要重新安裝 MKL 的補(bǔ)丁。 （ G Vectors 似乎是呈現(xiàn) 1/2 次冪的方式來(lái)增長(zhǎng)的，增長(zhǎng)速度并不很明顯） Temperature Tg Free Volume VolumeDensity Q25：在使用 DMol 計(jì)算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時(shí)，經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個(gè)虛頻，怎么回事？ A25： 在 DMol 計(jì)算過程中，如果 始態(tài)與終態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化不完全，或者反應(yīng)路徑設(shè)計(jì)不合理的話，很可能在過渡態(tài)中帶來(lái)多個(gè)虛頻。 校正的 Cosmo 能量公式如下（以水為例） Total energy corrected (au) [TE(corr)] {TE(corr) = TE + DE(corr) DE} = 對(duì)于包括非靜電溶劑化能的校正分析來(lái)說(shuō)，能量表達(dá)式可以表述為： Total energy corrected (au) [TE(corr)] + Nonelectrostatic Energy = COSMO_RS on （使用此關(guān)鍵詞考慮溶劑的宏觀熱力學(xué)性質(zhì)） Q20：如何使用 MS 軟件計(jì)算高分子的玻璃化溫度？ A20： 這需要計(jì)算高分子的密度 溫度曲線，在得到了相關(guān)曲線后，就可以得到體系的 Tg 溫度以及 Free Volume，具體圖示如下所示： 注意：力場(chǎng)對(duì)計(jì)算結(jié)果非 常重要，可以使用 COMPASS 力場(chǎng)來(lái)計(jì)算密度值。 COSMO_AMatrix_Cutoff （決定了 COSMO 表面靜電相互作用的精確性。 允許的值為： 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922?，F(xiàn)在請(qǐng)使用 Build Crystal 工具搭建晶體結(jié)構(gòu)，請(qǐng)使用相關(guān)的分子點(diǎn)群和晶胞參數(shù)（ Alpha=Beta=Sigma=90）。 注意： 查找原子的 XYZ 坐標(biāo)的目的是為了找到原來(lái)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，如果能夠通過數(shù)學(xué)變化來(lái)的得到的話，也可以直接進(jìn)行數(shù)學(xué)變化。 1）用 reuse reruse 是開始一個(gè)全新的計(jì)算，使用最終結(jié)構(gòu)以及其他的相關(guān)信息。 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場(chǎng)？ A10： 在 DMol 的 Input 文件中加入以下命令： Keywords: Electric_Field x y z 其中 xyz 為電場(chǎng)的方向，例如要沿著 Z 方向加電場(chǎng)，則可輸入 ，其單位為標(biāo)準(zhǔn)單位制 Hartree/Bohr，或者意味著 52V/A（非常大的數(shù)量級(jí)，需要和實(shí)際體系聯(lián)系起來(lái)使用，公式為E=U/l） 。完成后另存到其它目錄。 the default port to use (程序默認(rèn)使用的端口號(hào) ) 將 18888 改為任意端口 1XXXX，保存并退出。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個(gè) 晶胞參數(shù) a、 b、 c， 第二行表示晶胞角度 α、β、 γ。 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分配不同力場(chǎng)類型？ A2： 在 Discover中，使用 Assign按鈕為原子分配不同的力場(chǎng)類型。目 錄 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ ...................................................... 4 Q2：如何在 Discover 計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分 配不同力場(chǎng)類型？ ............................................... 4 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ ...................................................................... 4 Q4：在安裝新的 MS 時(shí)，事先沒有停掉 License Server，在卸載、安裝 MS 后，發(fā)現(xiàn) MS 的 License Server無(wú)法正常啟動(dòng)。因此，計(jì)算后的 Pressure 值和設(shè)定值相同。如果要限制第二個(gè) Al 原子不能沿著 X 方向移動(dòng)，那么在該部分的設(shè)置如下： 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 2 5 Al 2 6 Al 3 7 Al 3 8 Al 3 9 Al 4 10 Al 4 11 Al 4 注意， 編號(hào)要順次后移，否則會(huì)出錯(cuò)，黑色部分分別對(duì)應(yīng)于 x、 y、 z 三個(gè)方向，完成后，使用 Run Files 方式即可進(jìn)行計(jì)算。 如果要改變 Gateway 的端口 18888，在 Linux 下請(qǐng)執(zhí)行以下幾個(gè)命令： 1．進(jìn)入 MS/Gateway 2．運(yùn)行 ./msgateway_control_18888 stop (18888 是程序默認(rèn)端口號(hào) ) 3．運(yùn) 行 ./deconfigureall (刪除已有的 Gateway 信息 ) 4．進(jìn)入 MS/Gateway/config/，找到并修改 ，找到下面這一行： $defs{gw_port} = 18888。 WTR 為水分子的類型，注意 WTR 后有一個(gè)空 格，為四字符格式。上傳時(shí)請(qǐng)采用 ftp 工具，不要使用 MS 自帶 FTP 工具。 Q15：如果 CASTEP 計(jì)算過程中斷電，怎么能夠重新開始計(jì)算呢？在 Keywords 中有兩個(gè)關(guān)鍵詞 Reuse 和 Continuation，它們有什么差異呢？ A15： 這兩個(gè)關(guān)鍵詞都是為了在上一步成功計(jì)算的基礎(chǔ)上，使用最終結(jié)構(gòu)和輸入?yún)?shù)進(jìn)行更進(jìn)一步的計(jì)算的，無(wú)法在斷電未生成 check 文件時(shí)重新開始計(jì)算。 小技巧 ： 可以先剪切平面，選擇要重新定義 u、 v 軸所對(duì)應(yīng)的原子，然后到原來(lái)的晶體中去找該原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，直接輸入 mesh 即可。 Number of atoms Title Coordinate （ A1 X1 Y1 Z1 A2 X2 Y2 Z2） 使用 MS 打開該 .xyz 文件，會(huì)顯示出相關(guān)的原子來(lái)。默認(rèn)設(shè)置為，表示導(dǎo)體，水在室溫下為 ） COSMO_Grid_Size 1082 （程序?qū)γ總€(gè)原子考慮選取多少個(gè)格點(diǎn)來(lái)進(jìn)行計(jì)算。 COSMO_Solvent_Radius （指定溶劑探針的半徑，允許的值在 到 之間） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。對(duì)于陰離子計(jì)算特別重要。在 MS 中， CASTEP 程序是使用 GK 也就是綜合考慮兩者的比例來(lái)確定并行數(shù)的，所以，在分配 CPU 前一定要認(rèn)真考慮。進(jìn)入 ~msi/ms/share/bin 下，修改 文件，找到 mpiroot=/opt/hpmpi mpimand=/opt/hpmpi/bin/mpirun np ，并改為 mpiroot=/usr/bin/ mpimand=/usr/bin/mpirun np 重新啟動(dòng) gateway，并在 Windows 的 server console 中對(duì) mpi 路徑作相關(guān)修改，修改完成后即可順利運(yùn)行。(null)39。 體系所需要的內(nèi)存和硬盤與體系的電子密度的平方倍成正比，如果是同一體系，簡(jiǎn)單來(lái)講計(jì)算量和原子數(shù)目的平方成正比。 內(nèi)存 /原子數(shù)平方 硬盤 /原子數(shù)平方 計(jì)算量 /原子數(shù)立 方 Q33：在 Castep 模塊中， Electronic 中的 Pseudopotential representation，有 Real Space 和Reciprocal space，如何取舍？ A33： Real Space 對(duì)于大體系計(jì)算，性能提升比較大。如果優(yōu)化出來(lái)的過渡態(tài)與反應(yīng)物分子非常相近，那么有可能是因?yàn)閯?shì)能面較為復(fù)雜，在反應(yīng)物附近就有能量較低的一階鞍點(diǎn)，造 成優(yōu)化失敗。 Q39：如何在 Discover 中使用 BTCL 語(yǔ)言進(jìn)行多步 MD 計(jì)算？ A39： 如果只是進(jìn)行 MD 計(jì)算，可以仿照下列格式進(jìn)行： Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ tempera