生物化學(xué)第5章蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)-資料下載頁
2025-08-04 18:09本頁面
【正文】 折疊的酶有蛋白質(zhì)二硫鍵異構(gòu)酶，肽基脯氨酰異構(gòu)酶；分子伴侶起初是作為熱休克蛋白（ heat shock protein） 而發(fā)現(xiàn)的 ,它們協(xié)助蛋白質(zhì)折疊的機(jī)理還不清楚。 十、亞基締合和四級結(jié)構(gòu)(有關(guān)四級結(jié)構(gòu)的一些概念 ) 亞基（ isomer）： 一般是一條肽鏈，折疊成球狀，若干個(gè)亞基通過非共價(jià)鍵聚集成一個(gè)多亞基蛋白質(zhì)，這種蛋白質(zhì)叫寡聚蛋白質(zhì)或多聚蛋白質(zhì)，由兩個(gè)亞基組成的蛋白質(zhì)稱為二聚體蛋白質(zhì)，由四個(gè)亞基組成的蛋白質(zhì)稱為四聚體蛋白質(zhì)。有些多聚蛋白質(zhì)只由一種亞基組成，稱為同多聚蛋白質(zhì)；有些由兩種以上的亞基組成，稱為雜多聚蛋白質(zhì)。 單體和原體 亞基有時(shí)也稱為 單體（ monomer）， 對于雜多聚蛋白質(zhì)來說，不同種類的一套亞基組成一個(gè)不對稱結(jié)構(gòu)，稱為原體（ protomer）， 若干個(gè)原體再組成對稱的多聚蛋白質(zhì)。對于同多聚蛋白質(zhì)來說，一個(gè)單體也就是一個(gè)原體。比如血紅蛋白，由 4個(gè)亞基組成，兩個(gè) α亞基，兩個(gè) β亞基。其中 αβ就是 一個(gè)原體，一共兩個(gè)原體。 四級締合的驅(qū)動(dòng)力 主要是疏水作用使亞基締合在一起，還有極性基團(tuán)之間的作用。極性基團(tuán)之間的作用決定亞基間締合的專一性。雖說亞基間的締合是非共價(jià)鍵，但也有很多亞基間有共價(jià)鍵交聯(lián)的情況，主要是亞基間形成二硫鍵，形成二硫鍵可以增加亞基間的穩(wěn)定性。 亞基相互作用的方式 Ⅰ假設(shè)的單體 C2對稱 C3對稱亞基相互作用的方式 ⅡC4對稱 D2對稱 D3對稱對稱的類型 當(dāng)一個(gè)物體有這樣一個(gè)軸，繞軸旋轉(zhuǎn)一定角度（小于 360176。）可以恢復(fù)原樣，這個(gè)軸就是它的對稱軸。這個(gè)最小的、可以恢復(fù)原樣的角度 α稱為基轉(zhuǎn)角，2π/α=n， n是物體繞軸一圈時(shí)與原物體重合的次數(shù)，這個(gè)物體就是 Cn對稱（ n重環(huán)狀對稱）。 如果一個(gè)物體含有一個(gè) Cn對稱軸，并且在一個(gè)垂直于該旋轉(zhuǎn)軸的平面內(nèi)存在著 n個(gè)與該軸相交的 C2軸，則稱這個(gè)物體具有二面體對稱，用 Dn表示。 除了以軸線為對稱元素外，還有螺旋對稱，即旋轉(zhuǎn)一定角度再加上軸向平移一段距離。亞基相互作用的方式 Ⅲ四面體對稱 八面體對稱亞基相互作用的方式 Ⅳ螺旋對稱 二十面體對稱亞基相互作用的方式 Ⅴ前清蛋白二聚體亞基相互作用的方式 Ⅵ微管蛋白締合成微管 人免疫缺陷病毒的結(jié)構(gòu)D3對稱和螺旋對稱D3對稱 螺旋對稱四級結(jié)構(gòu)的對稱性 由于多肽鏈的所有 α碳是不對稱的，并且多肽鏈幾乎總是折疊成不對稱或低對稱的結(jié)構(gòu)，因此單體蛋白質(zhì)和亞基都是手性分子，而大多數(shù)寡聚蛋白質(zhì)的亞基排列是對稱的。 對稱性是四級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)最重要的性質(zhì)之一。 四級締合在結(jié)構(gòu)和功能上的優(yōu)越性 216。增強(qiáng)穩(wěn)定性：比表面積減小，減少了與水的相互作用。216。提高遺傳經(jīng)濟(jì)性和效率：用較少的遺傳物質(zhì)產(chǎn)生較多的蛋白質(zhì)。216。使催化基團(tuán)匯集在一起：有些酶的催化基團(tuán)位于不同的亞基上，形成寡聚體后，這些基團(tuán)匯集到一起，形成活性中心。216。具有協(xié)同性和別構(gòu)效應(yīng)。 Knot type31 41 52List of known knots ⅠProtein Species PDB code Length KnotYbeAlike 1ns5 153 31 1o6d 147 31 1vh0 157 31 1to0 148 31SpoUlike RNA 239。O ribose mtf. 1v2x 191 31 1j85 156 31 1ipa 258 31 1gz0 242 31A. aeolicus 1zjr 197 31S. viridochromog. 1x7p 267 31List of known knots ⅡProtein Species PDB code Length KnottRNA(m1G37)methyltransferase TrmD 1uaj 241 31 1p9p 235 31YggJ Cterminal domainlike 1nxz 246 31 1vhk 235 31 1v6z 227 31Hypothetical protein MTH1 (MT0001) . thermoautotr. 1k3r 262 31Carbonic Anhydrases: 31Carbonic Anhydrase II 1lug 259 31Bos Taurus 1v9e 259 31Dunaliella salina 1y7w 274 31List of known knots ⅢProtein Species PDB code Length KnotCarbonic Anhydrase N. gonorrhoeae 1kop 223 31Carbonic Anhydrase I 1hcb 258 31Carbonic Anhydrase III Rattus norv. 1flj 259 31H. sapiens 1z93 263 31Carbonic Anhydrase IV 1znc 262 31Carbonic Anhydrase V Mus musculus 1keq 238 31Carbonic Anhydrase VII 1jd0 260 31Carbonic Anhydrase XIV Mus Musculus 1rj6 259 31Miscellaneous: 31Ubiquitin Hydrolase UCHL3 1xd3 229 52 (synth.) 1cmx 214 31List of known knots ⅣProtein Species PDB code Length KnotUbiquitin Hydrolase UCHL1 2etl 219 52Sadenosylmethionine synthetase 1fug 383 31rattus norv. 1qm4 368 31H. sapiens 2hj2 380 31Class II ketolacid reductoisomerase Spinacia oleracea 1yve 513 41 1yrl 487 41Transcarbamylase 1js1 324 31 1yh0 328 31Methyltransferase 2ha8 159 31P. gingivalis 2i6d 231
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