最新一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物設(shè)計(jì)、blast序列比對(duì)等-資料下載頁(yè)
2025-06-30 03:17本頁(yè)面
【正文】 些特殊目的的 BLAST，如 IgBLAST、SNP 等等，這個(gè)時(shí)候你就需要在 Specialized BLAST部分做出適當(dāng)?shù)倪x擇了。 總之， 這是一個(gè)導(dǎo)航頁(yè)面， 它的目的是讓你根據(jù)自己的比對(duì)目的選擇相應(yīng)的 BLAST 途徑。 下面以最基本的核酸序列比對(duì)來(lái)談一下 BLAST的使用， 期間我也會(huì)含沙射影的說(shuō)一下其他序列比對(duì)的方法。2． 點(diǎn)擊Basic BLAST部分的nucleotide blast 鏈接到一個(gè)新的頁(yè)面。打開(kāi)后如圖所示：介紹一下上述頁(yè)面： Enter Query Sequence 部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進(jìn)去，也可以上傳序列，還可以選擇你要比對(duì)的序列的范圍（留空就代表要比對(duì)你要輸入的整個(gè)序列） 。Job Title 部分還可以為本次工作命一個(gè)名字。 Choose Search Set 部分是讓我們選擇要與目的序列比對(duì)的物種或序列種類(lèi)（genome DNA、mRNA 等等） 。如果是人或老鼠的話(huà)，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇“others”了，這時(shí)候網(wǎng)頁(yè)會(huì)主動(dòng)跳出一個(gè)下拉對(duì)話(huà)框和一個(gè)輸入式對(duì)話(huà)框，你可以分別選擇和輸入要跟你的序列比對(duì)的序列種類(lèi)和物種。下面的 Entrez Query 可以對(duì)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行適當(dāng)?shù)南拗啤? Program Selection 部分其實(shí)是讓我們選擇本次比對(duì)的精確度，種內(nèi)種間等等。 在 BLAST 按鈕下面有一個(gè)“Algorithm parameters” ，這是參數(shù)設(shè)置選項(xiàng)，一般用戶(hù)使用不到此項(xiàng)，所以它比較隱蔽，點(diǎn)擊，原網(wǎng)頁(yè)下方即可增加了 Algorithm parameters 的內(nèi)容。大部分戰(zhàn)友都用不到更改這里面的選項(xiàng)，我也不多說(shuō)了，有興趣的朋友可以自己研究一下。3．依次填寫(xiě)上述網(wǎng)頁(yè)必須部分，點(diǎn)擊 BLAST 按鈕后，出現(xiàn)如下界面（只截取其中一部分） ：出現(xiàn)的這個(gè)結(jié)果頁(yè)面信息含量非常大，如果我們用心觀察，還是可以發(fā)現(xiàn)其中的一些主要指標(biāo)的。列舉上圖也是為了給大家展示一下這些評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。其中 Description 部分推薦大家詳細(xì)看一下，另外說(shuō)一下“E value” 這個(gè)指標(biāo)與其他指標(biāo)不同，它的數(shù)值越小相似程度越高，其他幾個(gè)（如 Totle score）都是數(shù)值越高相似度越高。 在這個(gè)圖示的表格下方就是具體的相似性的核酸序列了，還配合著各種參數(shù)的得分。 好了，各位親愛(ài)的戰(zhàn)友，我的 BLAST 就發(fā)到這里為止了，更具體的東西有待大家一起去努力研究。伴隨著 BLAST 的終結(jié)，我的“一步一步教你使用 NCBI”也要暫時(shí)告一段落了，很高興自己發(fā)第一個(gè)帖子時(shí)說(shuō)的話(huà)今天終于做到了。 以后如果我有新的 NCBI 使用方法的話(huà)，我還會(huì)添加到這里來(lái)，但我想這一陣子是不會(huì)接著發(fā)了，呵呵。原始版本下載：
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