最新一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物設(shè)計(jì)、blast序列比對(duì)等-全文預(yù)覽
【正文】 提供了很多序列，下面我們還是要初步篩選我們需要的序列。第三部分 運(yùn)用STS 查找已經(jīng)公布的引物序列 STS，序列標(biāo)簽位點(diǎn)（Sequence Tagged Site）：一段短的DNA 序列（200－500 個(gè)堿基對(duì)），這種序列在染色體上只出現(xiàn)一次，其位置和堿基順序都是已知的。一步就不做貼圖演示了吧， 呵呵。點(diǎn)擊后如圖所示（只抓取其中一部分） 查找 mRNA、蛋白序列 回到步驟 1 點(diǎn)擊“Go”之后出現(xiàn)的頁面，點(diǎn)擊目的基因的名字，出現(xiàn)以下頁面 (只抓取相關(guān)部分)：頁面的下半部分，即可以獲取 mRNA和蛋白序列的部分：找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分為幾個(gè)板塊，第一個(gè)“mRNA and Protein ”區(qū)可以讓我們找到連續(xù)的編碼 mRNA 序列和蛋白序列。希望大家可以發(fā)帖交流，讓我們把 NCBI 用的更好！ 6 第二部分 如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人類的 IL6 為例） 1．進(jìn)入NCBI 主頁：在 search 后面選擇 Gene，在 for 后面填寫需要查找的基因的名字。 說到這里，可能很多朋友都已經(jīng)明白了 promoter 即啟動(dòng)子區(qū)域在哪里了。 6．在 Sequence Format 后選擇 GenBank，然后點(diǎn)擊下面的 Display，目的基因的相關(guān)信息和序列就出現(xiàn)在眼前了?，F(xiàn)在普遍采用的是最上面的那個(gè)序列，這一條是世界范圍的生物科學(xué)家用計(jì)算機(jī)合成的一個(gè)序列。 第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、啟動(dòng)子（Promoter） 下面以人的 IL6（白細(xì)胞介素 6）為例講述一下具體的操作步驟 1． 打開Map viewer 頁面， 網(wǎng)址為： 在 search 的下拉菜單里選擇物種，for 后面填寫你的目的基因。一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物設(shè)計(jì)、BLAST 序列比對(duì)等 最近看到很多戰(zhàn)友在論壇上詢問如何查詢基因序列、如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)、如何使用BLAST 進(jìn)行序列比對(duì)……，這些問題在 NCBI 上都可以方便的找到答案。關(guān)于NCBI 其他方面的使用也請(qǐng)水平較高的戰(zhàn)友給予補(bǔ)充 First of all，還是讓我們從查找基因序列開始。盡管你分別點(diǎn)擊后，序列代碼、序列代碼等有所差異，但堿基基本一致，不影響大家研究分析序列。我推薦大家選擇 GenBnak格式，因?yàn)檫@個(gè)格式提供了很多該基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。 CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
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